2、Tophat align_summary.txt and samtools flagstat accepted_hits.bam disagree
###https://www.biostars.org/p/195758/
Left reads:
Input : 49801387
Mapped : 46258301 (92.9% of input)
of these: 1703360 ( 3.7%) have multiple alignments (103886 have >20)
Right reads:
Input : 49801387
Mapped : 45542088 (91.4% of input)
of these: 1680180 ( 3.7%) have multiple alignments (103887 have >20)
92.2% overall read mapping rate. Aligned pairs: 44100265
of these: 1622622 ( 3.7%) have multiple alignments
261400 ( 0.6%) are discordant alignments
88.0% concordant pair alignment rate.
1、解释计算原理：(44100265 - 261400) / 49801387= 88%` ；1622622/1622622 = 3.7% ；
2、If I needed to report a number, I'd report the 92.2% overall alignment rate. You can probably get something similar withsamtools view -c -F 260 accepted_hits.bam.（得到输入left和\
right的比对数目）/49801387 *2
3、samtools flagstat accepted_hits.bam
2、Tophat align_summary.txt and samtools flagstat accepted_hits.bam disagree的更多相关文章
- samtools flagstat
samtools flagstat命令简介: 统计输入文件的相关数据并将这些数据输出至屏幕显示.每一项统计数据都由两部分组成,分别是QC pass和QC failed,表示通过QC的reads数据量和 ...
- SAMTOOLS使用 SAM BAM文件处理
[怪毛匠子 整理] samtools学习及使用范例,以及官方文档详解 #第一步:把sam文件转换成bam文件,我们得到map.bam文件 system"samtools view -bS m ...
- 1、Question: prep_reads.info vs. align_summary.txt
###参考:https://www.biostars.org/p/163356/ used TopHat to map my reads against their relative referenc ...
- Linux 编译工具 gcc/g++、Make/Makefile、CMake/CMakeLists.txt、qmake
前言 编译器的主要工作流程: 源码(Source Code)>> 预处理器(Preprocessor)>> 编译器(Compiler)>> 汇编程序(Assembl ...
- 解析搜狗实验室精简版数据：1、批量将.txt编码格式转化为utf8 2、解析提取数据
在搜狗实验室里下载了精简版的数据,解压后是一个文件,里面有很多个.txt文档,里面编码格式都是ASCII.现需要将这些编码格式转化为utf-8,以下是python3语言编写的脚本,一般只需改变path ...
- jmeter分布式导致重复登录的问题、以及写txt、csv、统计行数
经常收到微信好友的各种问题咨询,今天分享一个比较有代表性的,希望对大家有所帮助. 一位微信好友的提问 问题如下: 问题分析 先简单介绍下服务端的处理逻辑,关于登录,服务端的逻辑一般是:校验用户名.密码 ...
- 转载:python生成以及打开json、csv和txt文件
原文地址:https://blog.csdn.net/weixin_42555131/article/details/82012642 生成txt文件: mesg = "hello worl ...
- 重定向管道流读取TXT文本第一次读取为""空字符串、type xxx.txt | go run . 报错、BOM头、[239,186,191] 字节数组
重定向管道流读取TXT文本第一次读取为""空字符串.type xxx.txt | go run . 报错.BOM头.[239 186 191] 字节数组
- samtools常用命令详解
samtools的说明文档:http://samtools.sourceforge.net/samtools.shtmlsamtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集.包含有许多命令.以下 ...
随机推荐
- python编写脚本应用实例
这里主要记录工作中应用python编写脚本的实例.由于shell脚本操作数据库(增.删.改.查)并不是十分直观方便,故这里采用python监控mysql状态,然后将状态保存到数据库中,供前台页面进行调 ...
- Python 案例一（计算人体体脂率）
#计算人体体脂率 #输入部分 #身高 personHeight = input("请输入你的身高(m):") personHeight = float(personHeight) ...
- Logstash添加Protobuf解析插件
logstash收集日志时,日志部分是由google的protobuf工具打印的,直接利用json解析会造成部分无法解析的问题 搜索后发现有个logstash的protobuf插件 在logstash ...
- 什么是tmpfs
什么是tmpfs tmpfs是Linux/Unix系统上的一种基于内存的文件系统.tmpfs可以使用您的内存或swap分区来存储文件. 实现原理:基于VM子系统 tmpfs是基于Linux的虚拟内存管 ...
- 剑指offer之 二叉搜索树与双向链表
class TreeNode { int val = 0; TreeNode left = null; TreeNode right = null; public TreeNode(int val) ...
- HDU 4417 Super Mario（2012杭州网络赛 H 离线线段树）
突然想到的节约时间的方法,感觉6翻了 给你n个数字,接着m个询问.每次问你一段区间内不大于某个数字(不一定是给你的数字)的个数 直接线段树没法做,因为每次给你的数字不一样,父节点无法统计.但是离线一 ...
- Linux- AWS之EC2大数据集群定时开关机
众所周知,云计算就是在计算你的钱,每当ec2开起来就要开始计费.当用户购买了一个庞大的与服务器做一个集群,尤其是用来做大数据集群,这些服务器的配置相当高,每台服务器所需要的费用不菲.其实在很多时候没能 ...
- Spark- 优化后的 shuffle 操作原理剖析
在spark新版本中,引入了 consolidation 机制,也就是说提出了ShuffleGroup的概念.一个 ShuffleMapTask 将数据写入 ResultTask 数量的本地文本,这个 ...
- node 渲染html模板配置
node 渲染html模板配置 安装swig模块 npm install swig--save - dev 加载swig模块 var swig = require('swig'); 模板配置 //第一 ...
- ZSetOperations
有序集合,默认按照score升序排列,存储格式K(1)==V(n),V(1)=S(1)(K=key,V=value,S=score) 1.add(K,V,S):添加 2.count(K,Smin,Sm ...