###https://www.biostars.org/p/195758/

Left reads:

          Input     :  49801387

           Mapped   :  46258301 (92.9% of input)

            of these:   1703360 ( 3.7%) have multiple alignments (103886 have >20)

Right reads:

          Input     :  49801387

           Mapped   :  45542088 (91.4% of input)

            of these:   1680180 ( 3.7%) have multiple alignments (103887 have >20)

92.2% overall read mapping rate.

Aligned pairs:  44100265

     of these:   1622622 ( 3.7%) have multiple alignments

                  261400 ( 0.6%) are discordant alignments

88.0% concordant pair alignment rate.
1、解释计算原理：(44100265 - 261400) / 49801387 = 88%` ；1622622/1622622 = 3.7% ；
2、If I needed to report a number, I'd report the 92.2% overall alignment rate. You can probably get something similar with samtools view -c -F 260 accepted_hits.bam.（得到输入left和\
right的比对数目）/49801387 *2 
3、samtools flagstat accepted_hits.bam

2、Tophat align_summary.txt and samtools flagstat accepted_hits.bam disagree的更多相关文章

  1. samtools flagstat

    samtools flagstat命令简介: 统计输入文件的相关数据并将这些数据输出至屏幕显示.每一项统计数据都由两部分组成,分别是QC pass和QC failed,表示通过QC的reads数据量和 ...

  2. SAMTOOLS使用 SAM BAM文件处理

    [怪毛匠子 整理] samtools学习及使用范例,以及官方文档详解 #第一步:把sam文件转换成bam文件,我们得到map.bam文件 system"samtools view -bS m ...

  3. 1、Question: prep_reads.info vs. align_summary.txt

    ###参考:https://www.biostars.org/p/163356/ used TopHat to map my reads against their relative referenc ...

  4. Linux 编译工具 gcc/g++、Make/Makefile、CMake/CMakeLists.txt、qmake

    前言 编译器的主要工作流程: 源码(Source Code)>> 预处理器(Preprocessor)>> 编译器(Compiler)>> 汇编程序(Assembl ...

  5. 解析搜狗实验室精简版数据：1、批量将.txt编码格式转化为utf8 2、解析提取数据

    在搜狗实验室里下载了精简版的数据,解压后是一个文件,里面有很多个.txt文档,里面编码格式都是ASCII.现需要将这些编码格式转化为utf-8,以下是python3语言编写的脚本,一般只需改变path ...

  6. jmeter分布式导致重复登录的问题、以及写txt、csv、统计行数

    经常收到微信好友的各种问题咨询,今天分享一个比较有代表性的,希望对大家有所帮助. 一位微信好友的提问 问题如下: 问题分析 先简单介绍下服务端的处理逻辑,关于登录,服务端的逻辑一般是:校验用户名.密码 ...

  7. 转载:python生成以及打开json、csv和txt文件

    原文地址:https://blog.csdn.net/weixin_42555131/article/details/82012642 生成txt文件: mesg = "hello worl ...

  8. 重定向管道流读取TXT文本第一次读取为""空字符串、type xxx.txt | go run . 报错、BOM头、[239,186,191] 字节数组

    重定向管道流读取TXT文本第一次读取为""空字符串.type xxx.txt | go run . 报错.BOM头.[239 186 191] 字节数组

  9. samtools常用命令详解

    samtools的说明文档:http://samtools.sourceforge.net/samtools.shtmlsamtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集.包含有许多命令.以下 ...

随机推荐

  1. flex TweenLite

    本贴已在 AS天地会转发,大家可以参考:http://bbs.actionscript3.cn/viewthread.php?tid=11090&pid=91142&page=1&am ...

  2. Python 3 mysql 表操作

    Python 3 mysql 表操作 表相当于文件,表中的一条记录就相当于文件的一行内容,不同的是,表中的一条记录有对应的标题,称为表的字段 id,name,qq,age称为字段,其余的,一行内容称为 ...

  3. 新手用的git配置命令

    新手用的git配置命令 /**第一次链接远程仓库 本地已有项目需要上传码云 */ //1.配置码云用户名 git config --global user.name "昵称" // ...

  4. Android系统Recovery模式的工作原理【转】

    本文转载自:http://blog.csdn.net/mu0206mu/article/details/7464987  在使用update.zip包升级时怎样从主系统(main system)重启进 ...

  5. BestCoder Round #4 之 Miaomiao's Geometry（2014/8/10）

    最后收到邮件说注意小数的问题!此代码并没有过所有数据,请读者参考算法, 自己再去修改一下吧!注意小数问题! Miaomiao's Geometry Time Limit: 2000/1000 MS ( ...

  6. 算法（Algorithms）第4版 练习 1.4.1

    =N(N-1)(N-2)/6

  7. IE Firefox css 差别

    1.单位问题 问题:任何距离的数值ie可以不加单位,ff必须要求写单位(0除外) 解决:写全单位如padding:0px; 2.水平居中 问题:div里的内容,ie默认为center,而ff默认lef ...

  8. 【遍历二叉树】02二叉树的中序遍历【Binary Tree Inorder Traversal】

    ++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++ 给定一个二叉树,返回他的中序遍历的 ...

  9. JEECG datagrid 列表检索条件 添加下拉级联功能

    $("#communityId").change( function(){ var id = $(this).children('option:selected').val(); ...

  10. ACM学习历程—HDU5407 CRB and Candies（数论）

    Problem Description CRB has N different candies. He is going to eat K candies.He wonders how many co ...