2、Tophat align_summary.txt and samtools flagstat accepted_hits.bam disagree
###https://www.biostars.org/p/195758/
Left reads:
Input : 49801387
Mapped : 46258301 (92.9% of input)
of these: 1703360 ( 3.7%) have multiple alignments (103886 have >20)
Right reads:
Input : 49801387
Mapped : 45542088 (91.4% of input)
of these: 1680180 ( 3.7%) have multiple alignments (103887 have >20)
92.2% overall read mapping rate. Aligned pairs: 44100265
of these: 1622622 ( 3.7%) have multiple alignments
261400 ( 0.6%) are discordant alignments
88.0% concordant pair alignment rate.
1、解释计算原理：(44100265 - 261400) / 49801387= 88%` ；1622622/1622622 = 3.7% ；
2、If I needed to report a number, I'd report the 92.2% overall alignment rate. You can probably get something similar withsamtools view -c -F 260 accepted_hits.bam.（得到输入left和\
right的比对数目）/49801387 *2
3、samtools flagstat accepted_hits.bam
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