修改正负链用到的参数为--flip

假定trial.bim的内容如下：

trial.bim
1 rs142578063 0 732746 G A
1 rs144022023 0 732801 G A
1 rs12131618 0 732809 C T
1 rs369225293 0 732909 A G
1 rs373491075 0 732935 C G
1 rs369030935 0 732989 T C
1 rs4951860 0 733013 C T
1 rs367917297 0 733429 T G
1 rs376492866 0 733895 G A

现在要把修改rs142578063、rs367917297这两个位点的正负链；即rs142578063的G变为C, A变为T，rs367917297的T 变为A, G变为 C, 则需要用到以下命令
/software/plink --bfile trial --flip test.missnp --make-bed --out test

其中，test.missnp的内容如下：

test.missnp
rs142578063
rs367917297

修改后的结果如下：

test.bim
1 rs142578063 0 732746 C T
1 rs144022023 0 732801 G A
1 rs12131618 0 732809 C T
1 rs369225293 0 732909 A G
1 rs373491075 0 732935 C G
1 rs369030935 0 732989 T C
1 rs4951860 0 733013 C T
1 rs367917297 0 733429 A C
1 rs376492866 0 733895 G A

plink修改正负链(--flip, change the positive and negative stand)的更多相关文章

  1. 基因型数据正负链怎么翻转(snp flip)

    在合并数据过程当中,经常会发现不同来源的数据正负链不是统一的,这是一件很头疼的事. 正负链没有统一的情况下直接合并在一起会产生什么后果呢. 举个最简单的例子,假如我们从小明和小红分别拿到了一批基因型数 ...

  2. Lintcode: Interleaving Positive and Negative Numbers 解题报告

    Interleaving Positive and Negative Numbers 原题链接 : http://lintcode.com/zh-cn/problem/interleaving-pos ...

  3. Interleaving Positive and Negative Numbers

    Given an array with positive and negative integers. Re-range it to interleaving with positive and ne ...

  4. [LintCode] Interleaving Positive and Negative Numbers

    Given an array with positive and negative integers. Re-range it to interleaving with positive and ne ...

  5. Facebook Gradient boosting 梯度提升 separate the positive and negative labeled points using a single line 梯度提升决策树 Gradient Boosted Decision Trees (GBDT)

    https://www.quora.com/Why-do-people-use-gradient-boosted-decision-trees-to-do-feature-transform Why ...

  6. R语言实现两文件对应行列字符替换(解决正负链统一的问题)

    假设存在文件file1.xlsx,其内容如下: 存在文件file2.xlsx,其内容如下: 现在我想从第七列开始,将file2所有的字符替换成file1一样的,即第七.八.九.十列不需要改变,因为fi ...

  7. ndk-build 修改输出so位置 (change ndk-build output so lib file path )

    期望的目录结构: Folder --- | --- build.bat | --- Source | --- All sources codes *.cpp *.h | --- Android --- ...

  8. What are the advantages of different classification algorithms?

    What are the advantages of different classification algorithms? For instance, if we have large train ...

  9. py-faster-rcnn 训练参数修改(转)

    faster rcnn默认有三种网络模型 ZF(小).VGG_CNN_M_1024(中).VGG16 (大) 训练图片大小为500*500,类别数1. 一. 修改VGG_CNN_M_1024模型配置文 ...

随机推荐

  1. 堆优化Prim 最小生成树 模板

    #include <bits/stdc++.h> using namespace std; const int MAXN = 5005; const int MAXM = 200005; ...

  2. 使用自签CA,Server,client证书和双向认证

    服务端代码 package main import ( "crypto/tls" "crypto/x509" "google.golang.org/g ...

  3. mysql 8.0.17 安装配置方法图文教程

    1.URL:https://www.jb51.net/article/167782.htm 2.装好之后需要使用add user中的用户名和密码登录(之前安装数据库时出现的) 使用navicat连接时 ...

  4. Win32 Error Code COM Error Code NTSTATUS的区别、转换

    这三种码其实都是Windows系统错误码,只是对应不同API和使用场景.它们既有区别,又相互有联系. 一.区别和联系 都是32位值 Win32 Error Code和NTSTATUS位域组成相同,但W ...

  5. 在Ubuntu 或 Debian 系统环境安装MYSQL数据库

    一.第一步下载myslq安装程序 sudo apt-get install mysql-server mysql-client apt-get程序会自动下载安装最新的mysql版本.在安装的最后,它会 ...

  6. 关于css3属性filter

    今天看百度百科,看到其中一页所有图片背景全都设置为了灰白色,于是研究了番,发现是应用了filter滤镜这个属性. // 修改所有图片的颜色为黑白 (100% 灰度): img { -webkit-fi ...

  7. NOIP前做题记录

    鉴于某些原因(主要是懒)就不一题一题写了,代码直接去\(OJ\)上看吧 CodeChef Making Change 传送门 完全没看懂题解在讲什么(一定是因为题解公式打崩的原因才不是曲明英语太差呢- ...

  8. js off 缓动动画

    动画也有很多种,一起来学习,缓动动画吧 缓动动画 1.缓动动画原理=盒子位置+(目标盒子位置-现在盒子位置)/10 2.步长越来越小 3.让步长越来越小的公式      步长=(目标位置-本身位置)/ ...

  9. Java 死锁以及死锁的产生

    public class DeadLockSample { public static void main(String[] args) { DeadLock d1 = new DeadLock(tr ...

  10. BufferedReader和BufferedWriter简介

    BufferedReader和BufferedWriter简介 为了提高字符流读写的效率,引入了缓冲机制,进行字符批量的读写,提高了单个字符读写的效率.BufferedReader用于加快读取字符的速 ...