修改正负链用到的参数为--flip

假定trial.bim的内容如下：

trial.bim
1 rs142578063 0 732746 G A
1 rs144022023 0 732801 G A
1 rs12131618 0 732809 C T
1 rs369225293 0 732909 A G
1 rs373491075 0 732935 C G
1 rs369030935 0 732989 T C
1 rs4951860 0 733013 C T
1 rs367917297 0 733429 T G
1 rs376492866 0 733895 G A

现在要把修改rs142578063、rs367917297这两个位点的正负链；即rs142578063的G变为C, A变为T，rs367917297的T 变为A, G变为 C, 则需要用到以下命令
/software/plink --bfile trial --flip test.missnp --make-bed --out test

其中，test.missnp的内容如下：

test.missnp
rs142578063
rs367917297

修改后的结果如下：

test.bim
1 rs142578063 0 732746 C T
1 rs144022023 0 732801 G A
1 rs12131618 0 732809 C T
1 rs369225293 0 732909 A G
1 rs373491075 0 732935 C G
1 rs369030935 0 732989 T C
1 rs4951860 0 733013 C T
1 rs367917297 0 733429 A C
1 rs376492866 0 733895 G A

plink修改正负链(--flip, change the positive and negative stand)的更多相关文章

  1. 基因型数据正负链怎么翻转(snp flip)

    在合并数据过程当中,经常会发现不同来源的数据正负链不是统一的,这是一件很头疼的事. 正负链没有统一的情况下直接合并在一起会产生什么后果呢. 举个最简单的例子,假如我们从小明和小红分别拿到了一批基因型数 ...

  2. Lintcode: Interleaving Positive and Negative Numbers 解题报告

    Interleaving Positive and Negative Numbers 原题链接 : http://lintcode.com/zh-cn/problem/interleaving-pos ...

  3. Interleaving Positive and Negative Numbers

    Given an array with positive and negative integers. Re-range it to interleaving with positive and ne ...

  4. [LintCode] Interleaving Positive and Negative Numbers

    Given an array with positive and negative integers. Re-range it to interleaving with positive and ne ...

  5. Facebook Gradient boosting 梯度提升 separate the positive and negative labeled points using a single line 梯度提升决策树 Gradient Boosted Decision Trees (GBDT)

    https://www.quora.com/Why-do-people-use-gradient-boosted-decision-trees-to-do-feature-transform Why ...

  6. R语言实现两文件对应行列字符替换(解决正负链统一的问题)

    假设存在文件file1.xlsx,其内容如下: 存在文件file2.xlsx,其内容如下: 现在我想从第七列开始,将file2所有的字符替换成file1一样的,即第七.八.九.十列不需要改变,因为fi ...

  7. ndk-build 修改输出so位置 (change ndk-build output so lib file path )

    期望的目录结构: Folder --- | --- build.bat | --- Source | --- All sources codes *.cpp *.h | --- Android --- ...

  8. What are the advantages of different classification algorithms?

    What are the advantages of different classification algorithms? For instance, if we have large train ...

  9. py-faster-rcnn 训练参数修改(转)

    faster rcnn默认有三种网络模型 ZF(小).VGG_CNN_M_1024(中).VGG16 (大) 训练图片大小为500*500,类别数1. 一. 修改VGG_CNN_M_1024模型配置文 ...

随机推荐

  1. redis 缓存问题，转载：https://www.cnblogs.com/liangsonghua/p/www_liangsonghua_me_22.html

    缓存穿透: 缓存穿透是指查询一个一定不存在的数据,由于缓存是不命中时被动写的,并且处于容错考虑,如果从存储层查不到数据则不写入缓存,这将导致这个不存在的数据每次请求都要到存储层去查询,失去了缓存的意义 ...

  2. 多线程实现的方式二实现Rannable

    package thread; class Thread2 implements Runnable{ private String name; public Thread2(String name) ...

  3. Nutch2.1+solr3.6.1+mysql5.6问题

    1.Nutch2.1问题 1.1 问题:导入完成后,Nutch2.1里面runtime仍旧不能运行,出现jobfailed等错误. 解决:runtime里的nutch调试过程和导入Eclipse差不多 ...

  4. 获取当前时间减去 xx时，xx分，xx秒

    使用  datetime  模块来获取当前详细时间,并将当前时间减去或增加多少 import datetime # 当前时间减去两分钟 ctime = datetime.datetime.now() ...

  5. 08 node.js 的使用

    创建包 目录结构 cmd   cd 到当前目录:  \ 执行 npm init //创建一个包 1 2. 3. 4.包的安装 npm install jquery --save npm install ...

  6. 012——matlab判断变量是否存在

    (一)参考文献:https://www.ilovematlab.cn/thread-48319-1-1.html (二) clc clear a = exist('a') ans =1 clc cle ...

  7. 2019 icpc 徐州 解题报告

    A.Cat 题库链接 给定区间[l,r],求一个最长子区间,使得区间异或和小于等于s,(结论)偶数和偶数后三个数的异或和等于0 #include <bits/stdc++.h> using ...

  8. P4425 【[HNOI/AHOI2018]转盘】

    颂魔眼中的一眼题我大湖南竟无一人\(AC\) 首先我们考虑一个性质:我们肯定存在一种最优解,满足从某个点出发,一直往前走,不停下来. 证明:我们假设存在一种最优解,是在\(t_i\)的时候到达\(a\ ...

  9. 利用HTML和CSS设计一个静态的“小米商城官网首页”

    一.小项目说明 这是个例行的小项目练习,主要利用html和css的基础知识,复刻一个缩减版的小米商城网页.包括[导航栏].[头部logo区,快捷键.搜索框].[网页主体].[网页尾部]几个部分.目前只 ...

  10. Spark设置自定义的InputFormat读取HDFS文件

    本文通过MetaWeblog自动发布,原文及更新链接:https://extendswind.top/posts/technical/problem_spark_reading_hdfs_serial ...