将fasta文件线性化处理

  1. awk '/^>/ {printf("%s%s\t",(N>0?"\n":""),$0);N++;next;} {printf("%s",$0);} END {printf("\n");}' < input.fa
  2. cat Rmh.fasta | awk '{printf("%s%s",$0,((NR+1)%2==1?"\n":"\t"));}' | less -S
  3. curl -s  "ftp://ftp.uniprot.org/pub/databases/uniprot/current_release/knowledgebase/complete/uniprot_sprot.fasta.gz" | gunzip -c | awk '/^>/ {printf("%s%s\t",(N>0?"\n":""),$0);N++;next;} {printf("%s",$0);} END {printf("\n");}'  | less -S
  4. cat input.fasta | paste - - | less -S

将fastq文件线性化处理

  1. cat Rmh.fastq | awk '{printf("%s%s",$0,((NR+1)%4==1?"\n":"\t"));}' | less -S
  2. cat input.fastq | paste - - - - | less -S

将fasta fastq文件线性化处理的更多相关文章

  1. 利用kseq.h parse fasta/fastq 文件

    在分析中经常需要统计fasta/fastq文件的序列数和碱基数, 但是没有找到一些专门做这件事的小工具,可能是这个功能太简单了: 之前用自己写的perl的脚本统计这些信息, 当fastq文件非常大时, ...

  2. fastx tookit 操作fasta/fastq 文件 (1)

    准备测试文件 test.fq, 包含4条fastq 文件,碱基编码格式为phred64; @FC12044_91407_8_200_406_24 NTTAGCTCCCACCTTAAGATGTTTA + ...

  3. seqtk 一款快速处理fasta/fastq 文件的小程序

    seqtk 的 GitHub 官网 https://github.com/lh3/seqtk 安装 git clone https://github.com/lh3/seqtk.git cd seqt ...

  4. 利用Bioperl的SeqIO模块解析fastq文件

    测序数据中经常会接触到fastq格式的文件,比如说拿到fastq格式的原始数据后希望查看测序碱基的质量并去除低质量碱基.一般而言大家都是用现有的工具,比如说fastqc这个Java写的小程序,确实很好 ...

  5. fasta/fastq格式解读

    1)知识简介--------------------------------------------------------1.1)测序质量值 首先在了解fastq,fasta之前,了解一下什么是质量 ...

  6. fastq文件基本信息统计工具

    之前写的一个小工具,写的很简陋,名字取的也很随意就叫skr,哈哈.主要是fq转fa.合并多个染色体的vcf文件等,功能不多(主要是C写起来太操蛋了T_T),通常我也只用来统计fastq文件信息: 这里 ...

  7. perl 截取 fastq文件

    #!/usr/bin/perl -w use warnings; use strict; input_fastq trim_length}; ; my ($fastq, $trim_length) = ...

  8. 统计 fastq 文件 q20 , GC 含量的软件

    二代测序的分析过程中,经常需要统计原始下机数据的数据量,看数据量是否符合要求:另外还需要统计q20,q30,GC含量等反应测序质量的指标: 在kseq.h 的基础上稍加改造,就可以实现从fastq 文 ...

  9. perl练习——FASTA格式文件中序列GC含量计算&perl数组排序如何获得下标或者键

    一.关于程序: FUN:计算FASTA文件中每条序列中G和C的含量百分比,输出最大值及其id INPUT:FASTA格式文件 >seq1 CGCCGAGCGCTTGACCTCCAGCAAGACG ...

随机推荐

  1. leetcode不同路径

    62. 一个机器人位于一个 m x n 网格的左上角 (起始点在下图中标记为“Start” ). 机器人每次只能向下或者向右移动一步.机器人试图达到网格的右下角(在下图中标记为“Finish”). 问 ...

  2. windows10 edge浏览器关闭没有提示如何解决

    通常情况下,用户在win10 edge中打开多个窗口,点击关闭按钮就会出现“要关闭所有标签”提示,然后可以点击 取消来取消关闭edge.不过,最近一位windows10系统用户反馈自己在一次勾选“总是 ...

  3. 设计模式之（十一）代理模式（Proxy）

    软件开发行业有一个观点:任务问题都可以添加一个中间层来解决.代理模式也是这个思想下的产物. 首先看下代理模式的定义:为其他对象提供一种代理以控制对这个对象的访问.就是把类委托给另外一个类,用这个类来控 ...

  4. 掌握 Async/Await

    摘要: 还不用Async/Await就OUT了.. 原文:掌握 Async/Await 作者:Jartto Fundebug经授权转载,版权归原作者所有. 前端工程师肯定都经历过 JS 回调链狱的痛苦 ...

  5. Excel分列，Excel 列拆分，Excel根据分隔符号拆分某列

    解决方案: https://zhidao.baidu.com/question/572807483.html 步骤:数据--分列--下一步--其它---下一步-- 注意的此操作会覆盖当前列和后n列(根 ...

  6. vue用async、await实现同步请求

    以下是vue method的demo: loadTableData : async function() { var reses = await $.ajax({ type:'post', url:' ...

  7. MySQL5.7 安装和配置环境变量

    安装 1.下载安装包 官网地址:https://dev.mysql.com/downloads/mysql/ 2.选择 Custom,自定义 3.根据自己系统选择 x64还是x86,然后点击第一个箭头 ...

  8. CentOS 7 使用Nexus3搭建maven私服

    安装jdk(略) 安装maven wget http://mirrors.hust.edu.cn/apache/maven/maven-3/3.5.4/binaries/apache-maven-3. ...

  9. Linux操作系统的日志管理之rsyslog实战案例

    Linux操作系统的日志管理之rsyslog实战案例 作者:尹正杰 版权声明:原创作品,谢绝转载!否则将追究法律责任. 一.日志介绍 1>.什么是日志 历史事件: 时间,地点,人物,事件 日志级 ...

  10. sftp常用命令

    help 查看sftp支持哪些命令 ls  查看当前目录下文件 cd 指定目录 lcd 更改和/或打印本地工作目录 pwd 查看当前目录 lpwd 打印本地工作目录 get xxx.txt 下载xxx ...