将fasta文件线性化处理

awk '/^>/ {printf("%s%s\t",(N>0?"\n":""),$0);N++;next;} {printf("%s",$0);} END {printf("\n");}' < input.fa

cat Rmh.fasta | awk '{printf("%s%s",$0,((NR+1)%2==1?"\n":"\t"));}' | less -S

curl -s  "ftp://ftp.uniprot.org/pub/databases/uniprot/current_release/knowledgebase/complete/uniprot_sprot.fasta.gz" | gunzip -c | awk '/^>/ {printf("%s%s\t",(N>0?"\n":""),$0);N++;next;} {printf("%s",$0);} END {printf("\n");}'  | less -S

cat input.fasta | paste - - | less -S

将fastq文件线性化处理

cat Rmh.fastq | awk '{printf("%s%s",$0,((NR+1)%4==1?"\n":"\t"));}' | less -S

cat input.fastq | paste - - - - | less -S

将fasta fastq文件线性化处理的更多相关文章

  1. 利用kseq.h parse fasta/fastq 文件

    在分析中经常需要统计fasta/fastq文件的序列数和碱基数, 但是没有找到一些专门做这件事的小工具,可能是这个功能太简单了: 之前用自己写的perl的脚本统计这些信息, 当fastq文件非常大时, ...

  2. fastx tookit 操作fasta/fastq 文件 (1)

    准备测试文件 test.fq, 包含4条fastq 文件,碱基编码格式为phred64; @FC12044_91407_8_200_406_24 NTTAGCTCCCACCTTAAGATGTTTA + ...

  3. seqtk 一款快速处理fasta/fastq 文件的小程序

    seqtk 的 GitHub 官网 https://github.com/lh3/seqtk 安装 git clone https://github.com/lh3/seqtk.git cd seqt ...

  4. 利用Bioperl的SeqIO模块解析fastq文件

    测序数据中经常会接触到fastq格式的文件,比如说拿到fastq格式的原始数据后希望查看测序碱基的质量并去除低质量碱基.一般而言大家都是用现有的工具,比如说fastqc这个Java写的小程序,确实很好 ...

  5. fasta/fastq格式解读

    1)知识简介--------------------------------------------------------1.1)测序质量值 首先在了解fastq,fasta之前,了解一下什么是质量 ...

  6. fastq文件基本信息统计工具

    之前写的一个小工具,写的很简陋,名字取的也很随意就叫skr,哈哈.主要是fq转fa.合并多个染色体的vcf文件等,功能不多(主要是C写起来太操蛋了T_T),通常我也只用来统计fastq文件信息: 这里 ...

  7. perl 截取 fastq文件

    #!/usr/bin/perl -w use warnings; use strict; input_fastq trim_length}; ; my ($fastq, $trim_length) = ...

  8. 统计 fastq 文件 q20 , GC 含量的软件

    二代测序的分析过程中,经常需要统计原始下机数据的数据量,看数据量是否符合要求:另外还需要统计q20,q30,GC含量等反应测序质量的指标: 在kseq.h 的基础上稍加改造,就可以实现从fastq 文 ...

  9. perl练习——FASTA格式文件中序列GC含量计算&perl数组排序如何获得下标或者键

    一.关于程序: FUN:计算FASTA文件中每条序列中G和C的含量百分比,输出最大值及其id INPUT:FASTA格式文件 >seq1 CGCCGAGCGCTTGACCTCCAGCAAGACG ...

随机推荐

  1. 使用 Python 获取 Windows 聚焦图片

    Windows 聚焦图片会定期更新,拿来做壁纸不错,它的目录是: %localappdata%\Packages\Microsoft.Windows.ContentDeliveryManager_cw ...

  2. 将本地代码提交到github上

    首先点击new,创建一个github仓库. 设置仓库名称. 这时候你需要创建一个ssh密匙,桌面右键Git Bash Here.敲入命令.cd ~/.ssh/,如果提示"no such&qu ...

  3. git commit 统计

    git log --author="username" --pretty=tformat: --numstat | awk '{ add += $1; subs += $2; lo ...

  4. tkiner将字典用在单选上

    from tkinter import * def printSelection(): print(cities[int(var.get())]) lab.config(text="你选择了 ...

  5. QQuickPaintedItem鼠标精准拾取（pick/select）研究

    QT C++在2D图形方面已经做的很完善了,在PC端(Windows.Linux和MaC)上都有很好的表现. QT中的QML特别适合于移动端应用的开发,QML中的一些基本形状类型并不是一一地与Qt C ...

  6. swagger页面详细讲解

  7. OGG 源端与目标端 约束不一致

    需求: 请在生产库执行下面的脚本 --删除主键并新增复合主键              alter table XXXXX  drop constraint PK_USERCHNL cascade; ...

  8. 三、python对字符串和集合的内存垃圾回收机制

    变量声明: name1 = "andy" name2 = name1   这个时候我把name1的值给改成了“tom”,问现在name2的值是什么?为什么? 答:andy,因为你把 ...

  9. 五、Xpath与lxml类库

    什么是XML XML 指可扩展标记语言(EXtensible Markup Language) XML 是一种标记语言,很类似 HTML XML 的设计宗旨是传输数据,而非显示数据 XML 的标签需要 ...

  10. Linux（Centos7）安装Oracle11.2.0数据字典初始化，监听，网络，创建用户等部分配置

    #创建数据字典和pl/sql包 @/u01/app/oracle/product/11.2.0/db_1/rdbms/admin/catalog.sql; @/u01/app/oracle/produ ...