出现这种问题说明bam/cram文件没有进行index.

Samtool能解决这个问题,以bam文件为例,输入以下命令行即可解决问题:

/path/to/your/samtools index file.bam

  

外显子分析弹错解决方案:Invalid command line: Cannot process the provided BAM/CRAM file(s) because they were not indexed.的更多相关文章

  1. 外显子分析弹错解决方案:Exception in thread "main" picard.PicardException: New reference sequence does not contain a matching contig for NC_007605

    最近从公共数据库下载了一堆bam文件和reference 基因组文件,重新分析外显子流程时,跑出了“Exception in thread "main" picard.Picard ...

  2. 外显子分析报错解决方案bin field of BAM record does not equal value computed based on alignment start and end, and length of sequence to which read is aligned

    以下链接给出了解决方案:https://gatkforums.broadinstitute.org/gatk/discussion/4290/sam-bin-field-error-for-the-g ...

  3. python安装locustio报错error: invalid command 'bdist_wheel'的解决方法

    locust--scalable user load testing tool writen in Python(是用python写的.规模化.可扩展的测试性能的工具) 安装locustio需要的环境 ...

  4. Apache启动报错:Invalid command 'AuthType', perhaps misspelled or defined by a module not included in it

    在apache配置文件里面加了AuthType PFApacheAgent,,结果重启apache的时候歇菜了,,总是报上面的错, <Directory />AllowOverride n ...

  5. Win7系统64位环境下使用Apache——安装Apache2.4时报错“Invalid command Order”问题的解决

    之前在文章Win7系统64位环境下使用Apache--Apache2.4整合Tomcat与mod_jk提到了安装Apache2.4时有可能报错: Invalid command 'Order', pe ...

  6. IAR Build from the command line 环境变量设置

    http://supp.iar.com/Support/?Note=47884 Technical Note 47884 Build from the command line The alterna ...

  7. Cookies with curl the command line tool

    w https://curl.haxx.se/docs/http-cookies.html curl has a full cookie "engine" built in. If ...

  8. How to deploy a Delphi OSX project from the command line

    Delphi has a well developed command line build process (via MSBuild) for Windows projects. After the ...

  9. 运行springboot项目报错 Error running 'ResourceApplication': Command line is too long. Shorten comma

    方法1 IDEA 运行报错:Error running '***': Command line is too long 技术标签: IDEA     Error running 'Test': Com ...

随机推荐

  1. ssh登陆服务器locale告警(-bash: warning: setlocale:)的处理方法

    使用ssh远程登陆 IDC机房服务器,发现老是出现如下告警信息: -bash: warning: setlocale: LC_CTYPE: cannot change locale (en_US.UT ...

  2. #个人博客作业Week1——流行的源程序版本管理软件和项目管理软件

    1.TFS(Team Foundation Server)(1)定义:TFS是一个高可扩展.高可用.高性能.面向互联网服务的分布式文件系统,主要针对海量的非结构化数据,          它构筑在普通 ...

  3. 小学四则运算APP 第三阶段冲刺-第一天

    团队成员:陈淑筠.杨家安.陈曦 团队选题:小学四则运算APP 第三次冲刺阶段时间:12.12~12.19 本次发布的是音乐播放功能,可以根据用户需求一边播放音乐一边做题,也拥有暂停播放音乐的功能,增强 ...

  4. PHP文件下载功能实现

    客户端的浏览器通过HTTP协议可以实现文件下载: 方法一: 能提供用户下载的最简单的方法就是使用一个<a></a>标签,比如在页面中添加这么一行代码 <a href=&q ...

  5. U 盘安装 CentOS的方法

    1. 刻录U盘 我使用的工具是 UltralISO 2. 打开ISO 3. 使用<启动>-<写入磁盘映像> 根据U盘的性能 可能好事 5min-15min左右 4.找到想要安装 ...

  6. Fidder 网络抓包调试工具

    可参考文章:[HTTP]Fiddler(二) - 使用Fiddler做抓包分析 fiddler2抓包工具使用图文教程

  7. C++ 动态内存分配(6种情况,好几个例子)

    1.堆内存分配 : C/C++定义了4个内存区间: 代码区,全局变量与静态变量区,局部变量区即栈区,动态存储区,即堆(heap)区或自由存储区(free store). 堆的概念: 通常定义变量(或对 ...

  8. 简介浏览器内核与JavaScript引擎

    本文介绍了常用浏览器内核与JavaScript引擎 一.浏览器内核 Rending Engine, 顾名思义,称之为渲染网页内容的,将网页的代码转换为你看得见的页面,因为是排版,所以排版,所以肯定会有 ...

  9. codeforces166E

    Tetrahedron CodeForces - 166E You are given a tetrahedron. Let's mark its vertices with letters A, B ...

  10. git-stash用法小结

    [时间:2016-10] [状态:Open] [关键词:git,版本控制,版本管理,stash,git储藏] 缘起 今天在看一个bug,之前一个分支的版本是正常的,在新的分支上上加了很多日志没找到原因 ...