外显子分析弹错解决方案:Invalid command line: Cannot process the provided BAM/CRAM file(s) because they were not indexed.
出现这种问题说明bam/cram文件没有进行index.
Samtool能解决这个问题,以bam文件为例,输入以下命令行即可解决问题:
/path/to/your/samtools index file.bam
外显子分析弹错解决方案:Invalid command line: Cannot process the provided BAM/CRAM file(s) because they were not indexed.的更多相关文章
- 外显子分析弹错解决方案:Exception in thread "main" picard.PicardException: New reference sequence does not contain a matching contig for NC_007605
最近从公共数据库下载了一堆bam文件和reference 基因组文件,重新分析外显子流程时,跑出了“Exception in thread "main" picard.Picard ...
- 外显子分析报错解决方案bin field of BAM record does not equal value computed based on alignment start and end, and length of sequence to which read is aligned
以下链接给出了解决方案:https://gatkforums.broadinstitute.org/gatk/discussion/4290/sam-bin-field-error-for-the-g ...
- python安装locustio报错error: invalid command 'bdist_wheel'的解决方法
locust--scalable user load testing tool writen in Python(是用python写的.规模化.可扩展的测试性能的工具) 安装locustio需要的环境 ...
- Apache启动报错:Invalid command 'AuthType', perhaps misspelled or defined by a module not included in it
在apache配置文件里面加了AuthType PFApacheAgent,,结果重启apache的时候歇菜了,,总是报上面的错, <Directory />AllowOverride n ...
- Win7系统64位环境下使用Apache——安装Apache2.4时报错“Invalid command Order”问题的解决
之前在文章Win7系统64位环境下使用Apache--Apache2.4整合Tomcat与mod_jk提到了安装Apache2.4时有可能报错: Invalid command 'Order', pe ...
- IAR Build from the command line 环境变量设置
http://supp.iar.com/Support/?Note=47884 Technical Note 47884 Build from the command line The alterna ...
- Cookies with curl the command line tool
w https://curl.haxx.se/docs/http-cookies.html curl has a full cookie "engine" built in. If ...
- How to deploy a Delphi OSX project from the command line
Delphi has a well developed command line build process (via MSBuild) for Windows projects. After the ...
- 运行springboot项目报错 Error running 'ResourceApplication': Command line is too long. Shorten comma
方法1 IDEA 运行报错:Error running '***': Command line is too long 技术标签: IDEA Error running 'Test': Com ...
随机推荐
- ssh登陆服务器locale告警(-bash: warning: setlocale:)的处理方法
使用ssh远程登陆 IDC机房服务器,发现老是出现如下告警信息: -bash: warning: setlocale: LC_CTYPE: cannot change locale (en_US.UT ...
- #个人博客作业Week1——流行的源程序版本管理软件和项目管理软件
1.TFS(Team Foundation Server)(1)定义:TFS是一个高可扩展.高可用.高性能.面向互联网服务的分布式文件系统,主要针对海量的非结构化数据, 它构筑在普通 ...
- 小学四则运算APP 第三阶段冲刺-第一天
团队成员:陈淑筠.杨家安.陈曦 团队选题:小学四则运算APP 第三次冲刺阶段时间:12.12~12.19 本次发布的是音乐播放功能,可以根据用户需求一边播放音乐一边做题,也拥有暂停播放音乐的功能,增强 ...
- PHP文件下载功能实现
客户端的浏览器通过HTTP协议可以实现文件下载: 方法一: 能提供用户下载的最简单的方法就是使用一个<a></a>标签,比如在页面中添加这么一行代码 <a href=&q ...
- U 盘安装 CentOS的方法
1. 刻录U盘 我使用的工具是 UltralISO 2. 打开ISO 3. 使用<启动>-<写入磁盘映像> 根据U盘的性能 可能好事 5min-15min左右 4.找到想要安装 ...
- Fidder 网络抓包调试工具
可参考文章:[HTTP]Fiddler(二) - 使用Fiddler做抓包分析 fiddler2抓包工具使用图文教程
- C++ 动态内存分配(6种情况,好几个例子)
1.堆内存分配 : C/C++定义了4个内存区间: 代码区,全局变量与静态变量区,局部变量区即栈区,动态存储区,即堆(heap)区或自由存储区(free store). 堆的概念: 通常定义变量(或对 ...
- 简介浏览器内核与JavaScript引擎
本文介绍了常用浏览器内核与JavaScript引擎 一.浏览器内核 Rending Engine, 顾名思义,称之为渲染网页内容的,将网页的代码转换为你看得见的页面,因为是排版,所以排版,所以肯定会有 ...
- codeforces166E
Tetrahedron CodeForces - 166E You are given a tetrahedron. Let's mark its vertices with letters A, B ...
- git-stash用法小结
[时间:2016-10] [状态:Open] [关键词:git,版本控制,版本管理,stash,git储藏] 缘起 今天在看一个bug,之前一个分支的版本是正常的,在新的分支上上加了很多日志没找到原因 ...