出现这种问题说明bam/cram文件没有进行index.

Samtool能解决这个问题，以bam文件为例，输入以下命令行即可解决问题：

/path/to/your/samtools index file.bam

　　

外显子分析弹错解决方案：Invalid command line: Cannot process the provided BAM/CRAM file(s) because they were not indexed.的更多相关文章

  1. 外显子分析弹错解决方案：Exception in thread "main" picard.PicardException: New reference sequence does not contain a matching contig for NC_007605

    最近从公共数据库下载了一堆bam文件和reference 基因组文件,重新分析外显子流程时,跑出了“Exception in thread "main" picard.Picard ...

  2. 外显子分析报错解决方案bin field of BAM record does not equal value computed based on alignment start and end, and length of sequence to which read is aligned

    以下链接给出了解决方案:https://gatkforums.broadinstitute.org/gatk/discussion/4290/sam-bin-field-error-for-the-g ...

  3. python安装locustio报错error: invalid command 'bdist_wheel'的解决方法

    locust--scalable user load testing tool writen in Python(是用python写的.规模化.可扩展的测试性能的工具) 安装locustio需要的环境 ...

  4. Apache启动报错：Invalid command 'AuthType', perhaps misspelled or defined by a module not included in it

    在apache配置文件里面加了AuthType PFApacheAgent,,结果重启apache的时候歇菜了,,总是报上面的错, <Directory />AllowOverride n ...

  5. Win7系统64位环境下使用Apache——安装Apache2.4时报错“Invalid command Order”问题的解决

    之前在文章Win7系统64位环境下使用Apache--Apache2.4整合Tomcat与mod_jk提到了安装Apache2.4时有可能报错: Invalid command 'Order', pe ...

  6. IAR Build from the command line 环境变量设置

    http://supp.iar.com/Support/?Note=47884 Technical Note 47884 Build from the command line The alterna ...

  7. Cookies with curl the command line tool

    w https://curl.haxx.se/docs/http-cookies.html curl has a full cookie "engine" built in. If ...

  8. How to deploy a Delphi OSX project from the command line

    Delphi has a well developed command line build process (via MSBuild) for Windows projects. After the ...

  9. 运行springboot项目报错 Error running 'ResourceApplication': Command line is too long. Shorten comma

    方法1 IDEA 运行报错:Error running '***': Command line is too long 技术标签: IDEA     Error running 'Test': Com ...

随机推荐

  1. Ubuntu16.04下安装QQ的完整操作记录（经验证可用）

    本机安装了Ubuntu16.04系统,用于日常运维办公.打算在Ubuntu上安装QQ,如下操作记录也使用于Ubuntu18.04: 1)先下载特制的QQ程序包(其实就是基于Wine容器做了一些封装,程 ...

  2. Jenkins新建项目中源码管理Repository URL使用Git报错：Failed to connect to repository : Command "git ls-remote -h......

    之前部署了Gitlab+Gerrit+Jenkins持续集成环境,但在Jenkins中新建项目的源码管理"Repository URL"中添加git地址环节出现了问题,信息为&qu ...

  3. Pupet自动化管理环境部署记录

    废话不多说了,下面记录下Puppet在Centos下的部署过程: puppet是什么puppet是一种基于ruby语言开发的Lnux.Unix.windows平台的集中配置管理系统.它使用自有的pup ...

  4. Python常见字符编码间的转换

    主要内容:     1.Unicode 和 UTF-8的爱恨纠葛     2.字符在硬盘上的存储     3.编码的转换     4.验证编码是否转换正确     5.Python bytes类型 前 ...

  5. A. A Prank

    题意 有数列从小到大排列,都是不同范围1~ 1000,问你最多去掉多少个数字还能复原 由于wrong很多发所以写一下 链接 [http://codeforces.com/contest/1062/pr ...

  6. 实验三 Java敏捷开发与xp实现

    实验内容: 1. XP基础 2. XP核心实践 3. 相关工具 实验要求 1.没有Linux基础的同学建议先学习<Linux基础入门(新版)><Vim编辑器> 课程 2.完成实 ...

  7. Activiti的部署问题

    http://www.kafeitu.me/activiti/2012/03/22/workflow-activiti-action.html 既可以通过每次Spring应用程序启动时,执行部署命令. ...

  8. OA实例

    let express = require('express'); let consolidate = require('consolidate'); let bodyParser = require ...

  9. Oracle 和 SQLSERVER 重新获取统计信息的方法

    1. Oracle 重新获取统计信息的命令 exec dbms_stats.gather_schema_stats(ownname =>) # 需要修改 ownername options 指定 ...

  10. Angular factory自定义服务

    <!DOCTYPE html><html ng-app="myApp"><head lang="en"> <meta ...