出现这种问题说明bam/cram文件没有进行index.

Samtool能解决这个问题，以bam文件为例，输入以下命令行即可解决问题：

/path/to/your/samtools index file.bam

　　

外显子分析弹错解决方案：Invalid command line: Cannot process the provided BAM/CRAM file(s) because they were not indexed.的更多相关文章

  1. 外显子分析弹错解决方案：Exception in thread "main" picard.PicardException: New reference sequence does not contain a matching contig for NC_007605

    最近从公共数据库下载了一堆bam文件和reference 基因组文件,重新分析外显子流程时,跑出了“Exception in thread "main" picard.Picard ...

  2. 外显子分析报错解决方案bin field of BAM record does not equal value computed based on alignment start and end, and length of sequence to which read is aligned

    以下链接给出了解决方案:https://gatkforums.broadinstitute.org/gatk/discussion/4290/sam-bin-field-error-for-the-g ...

  3. python安装locustio报错error: invalid command 'bdist_wheel'的解决方法

    locust--scalable user load testing tool writen in Python(是用python写的.规模化.可扩展的测试性能的工具) 安装locustio需要的环境 ...

  4. Apache启动报错：Invalid command 'AuthType', perhaps misspelled or defined by a module not included in it

    在apache配置文件里面加了AuthType PFApacheAgent,,结果重启apache的时候歇菜了,,总是报上面的错, <Directory />AllowOverride n ...

  5. Win7系统64位环境下使用Apache——安装Apache2.4时报错“Invalid command Order”问题的解决

    之前在文章Win7系统64位环境下使用Apache--Apache2.4整合Tomcat与mod_jk提到了安装Apache2.4时有可能报错: Invalid command 'Order', pe ...

  6. IAR Build from the command line 环境变量设置

    http://supp.iar.com/Support/?Note=47884 Technical Note 47884 Build from the command line The alterna ...

  7. Cookies with curl the command line tool

    w https://curl.haxx.se/docs/http-cookies.html curl has a full cookie "engine" built in. If ...

  8. How to deploy a Delphi OSX project from the command line

    Delphi has a well developed command line build process (via MSBuild) for Windows projects. After the ...

  9. 运行springboot项目报错 Error running 'ResourceApplication': Command line is too long. Shorten comma

    方法1 IDEA 运行报错:Error running '***': Command line is too long 技术标签: IDEA     Error running 'Test': Com ...

随机推荐

  1. 解决error while loading shared libraries: libXXX.so.X: cannot open shared object file: No such file

    原文地址:http://blog.csdn.net/yjk13703623757/article/details/53217377 一.问题 运行hydra时,提示错误: hydra : error ...

  2. 详解centos7配置本地yum源的方法

    近在使用虚拟机时遇到一些麻烦,因为公司内部有网络管理,所以vm连接不上外网,yum无法安装软件,怎么解决呢?–使用iso做本地yum源,可以解决大部份的包安装. vm安装的是centos7. 1.挂载 ...

  3. Visual Studio2015安装过程以及单元测试

    安装环境: 安装版本: Visual Studio2015 安装过程: 因为我是在第一次老师安排的作业的时候感觉VC++6.0不如VS方便所以才装的Visual Studio2015,又安装了点插件, ...

  4. 【Beta阶段】第七次Scrum Meeting！

    每日任务内容: 本次会议为第七次Scrum Meeting会议~ 由于本次会议项目经理召开时间为10:00,在宿舍召开,召开时长约20分钟. 队员 昨日完成任务 明日要完成任务 刘乾 #177(未完成 ...

  5. Java开发异常

    1.org.apache.catalina.LifecycleException 报错信息如下: 警告: Error during context [/wxqhbcloud] restart org. ...

  6. Beta阶段敏捷冲刺二

    一.举行站立式会议 1.当天站立式会议照片一张 2.团队成员报告 林楚虹 (1) 昨天已完成的工作:连接上数据库 (2) 今天计划完成的工作:修改学习界面单词获取 (3) 工作中遇到的困难:虽然前天询 ...

  7. Golang 数组、切片、映射

    定义数组 var arr1 [5]int //整型类型 fmt.Println(arr1) //[0 0 0 0 0] //赋值 arr1 = [5]int{1, 2, 3, 4, 5} fmt.Pr ...

  8. 兼容IE-FireFox-Chrome的背景音乐播放

    以music目录下的kn.mp3文件为例: <bgsound src="music/kn.mp3" loop="-1"/> <audio sr ...

  9. C#微信公众号开发入门教程

    首先打开开发文档: 微信公众号开发者文档:http://mp.weixin.qq.com/wiki/home/index.html 一.创建测试账号 可以先申请一个开发者测试账号

  10. Linux初学笔记---关于进程管理等

    菜鸟初学: 1. 查看进程用的命令: ps 具体用法 ps -A ro ps -e 显示所有进程 ps -u root 显示root 用户的进程 ps -u root -N 显示非root用户的进程 ...