kmer分析其实是非常耗费计算资源的，如果我们自己写脚本来分析kmer的话，首先要将所有的序列打断成一定长度的kmer，然后将所有的kmer存储起来，最后统计每个kmer出现的频率，或者统计出现指定次数的kmer一共有多少个。

为了节省资源，我们可以使用 Jellyfish 这个现成的软件来分析。

JELLYFISH - Fast, Parallel k-mer Counting for DNA

Jellyfish mer counter  （原来和MaSuRCA是一个开发单位，我说怎么这么眼熟呢）

JELLYFISH - Fast, Parallel k-mer Counting for DNA的更多相关文章

  1. [Agc005D]K Perm Counting

    [Agc005D] K Perm Counting Description 糟糕爷特别喜爱排列.他正在构造一个长度为N的排列.但是他特别讨厌正整数K.因此他认为一个排列很糟糕,当且仅当存在至少一个i( ...

  2. AGC 005 D - ~K Perm Counting

    D - ~K Perm Counting 链接 题意: 求有多少排列对于每个位置i都满足$|ai−i|!=k$.n<=2000 分析: 容斥+dp. $answer = \sum\limits_ ...

  3. 题解-Atcoder_agc005D ~K Perm Counting

    Problem AtCoder-agc005D 题意概要:给出\(n,k\),求合法的排列个数,其中合法定义为任何数字所在位置与自身值差的绝对值不为\(k\)(即求排列\(\{A_i\}\),使得\( ...

  4. AGC 005D.~K Perm Counting(容斥 DP 二分图)

    题目链接 \(Description\) 给定\(n,k\),求 满足对于所有\(i\),\(|a_i-i|\neq k\)的排列的个数. \(2\leq n\leq 2000,\quad 1\leq ...

  5. [AGC005D] ~K Perm Counting [dp]

    题面 传送门 思路 首先可以明确的一点是,本题中出现不满足条件的所有的数,都是分组的 只有模$K$意义下相同的数之间才会出现不满足条件的情况,而且仅出现在相邻的情况 那么我们考虑把这个性质利用起来 我 ...

  6. [AT2062] ~K Perm Counting

    AT2602 , Luogu 求对于 \(n\) 个数的排列 , 有多少种方案满足对于所有的 \(i\) , \(|P_i - i| != K\) , 答案对 \(924844033\) 取模 . \ ...

  7. 【agc005d】~K Perm Counting

    题目大意 求有多少中1~n的排列,使得\(abs(第i个位置的值-i)!=k\) 解题思路 考虑容斥,\(ans=\sum_{i=0}^{n}(-1)^ig[i](n-i)!(g[i]表示至少有i个位 ...

  8. GNU Parallel Tutorial

    GNU Parallel Tutorial Prerequisites Input sources A single input source Multiple input sources Linki ...

  9. Fast Paxos 和 Paxos的区别

    详见:http://blog.yemou.net/article/query/info/tytfjhfascvhzxcyt373 自从Lamport在1998年发表Paxos算法后,对Paxos的各种 ...

随机推荐

  1. 浏览器内核控制标签meta说明

    由于众所周知的原因,国内的主流浏览器都是双核浏览器:基于Webkit的内核用于常用网站的高速浏览,基于IE的内核主要用于部分网银.政府.办公系统等网站的正常使用.以360浏览器为例,我们优先通过Web ...

  2. python 命令执行文件传递参数

    import os,sys for root,dirs,files in os.walk(sys.argv[1]): for name in files: print(os.path.join(roo ...

  3. window开机启动项设置和取消方法

    window开机启动项1.添加开机启动项:开始-->所有程序-->启动-->双击(xp系统)或右键打开,把需要启动的软件快捷键拖放进去即可,遇到安全软件的拦截,只需选择 " ...

  4. js监听页面是否在浏览器当前页面

    在最近的一个socket项目中,需要监听客户端是否已读客服端发送的消息. 这里用到了html5中document新增了一个事件 visibilitychange,这个事件在页面前台或后台切换时被触发, ...

  5. bzoj1654 / P2863 [USACO06JAN]牛的舞会The Cow Prom

    P2863 [USACO06JAN]牛的舞会The Cow Prom 求点数$>1$的强连通分量数,裸的Tanjan模板. #include<iostream> #include&l ...

  6. JavaScript DOM 元素属性 状态属性

    JavaScript DOM 元素属性 状态属性 版权声明:未经允许,严禁转载! 元素的属性 核心 DOM 为我们提供了操作元素标准属性的统一 API. 所有属性节点都储存在元素的 attribute ...

  7. 08: 查看Linux系统基本信息和硬盘CPU等

    目录: 1.1 查看Linux系统基本信息 1.2 查看三秒内的平均CPU 1.3 查看内存使用情况 1.4 查看当前系统负载 1.1 查看Linux系统基本信息返回顶部 1.查看Linux系统uui ...

  8. 20145337 《网络对抗技术》Web基础

    20145337 <网络对抗技术>Web基础 一.实验后回答问题 什么是表单? 表单是HTML的一个重要部分,主要用于将用户输入的信息提交到服务器.如果是普通的HTML页面,则当浏览器提出 ...

  9. linux网络编程--网络编程的基本函数介绍与使用【转】

    本文转载自:http://blog.csdn.net/yusiguyuan/article/details/17538499 我们深谙信息交流的价值,那网络中进程之间如何通信,如我们每天打开浏览器浏览 ...

  10. sublimeText3最新教程-自带插件汉化（sublime-text_build-3175_amd64）

    一.可用注册码 1.更改dns 在linux下的目录是     /etc/hosts 在win7中,hosts文件的位置:C:\Windows\System32\drivers\etc 127.0.0 ...