【基因组组装】HiC挂载Juicebox纠错补充

目录

• 1. 主要纠错类型
  • misjoins
  • translocations
  • inversions
  • chromosome boundaries
• 2. 其他有用操作
  • 撤销与反撤销
  • 移到边角料

1. 主要纠错类型

上篇HiC挂载软件以及如何用Juice_box手工纠错？我吐槽了Juicebox操作麻烦，且没有详细文档。今天在3d-dna流程3D de novo assembly (3D-DNA) pipeline中，终于找到Juicebox的官方文档了：http://aidenlab.org/assembly/manual_180322.pdf

第1-4章主要说明3d-dna流程，第5章介绍了Juicebox，文中说得比较详细。



关于纠错的操作，主要有以下几类：

misjoins

translocations

inversions

chromosome boundaries

转折符号即可，比昨天记录的操作要简单多了。

2. 其他有用操作

撤销与反撤销

• 操作撤销：右击选择，或者快捷键（ctrl+u撤销，ctrl+r反撤销）。
• zoom撤销：放大放小也要经常操作，右击选择。

移到边角料

当基因组要求准确性比覆盖度需求更高时，将边角料debris移到组装最末端，尤其对于稀疏热图或模糊信号。

如下图：

另外，除了上次提到的0-2.hic和0-2.assembly，如果一开始要追求一个好的染色体边界，可用rawchrom.assembly和rawchrom.hc试试。

基本上操作已经熟练了，最重要的也是最难的部分是人眼识别错误，并进行合理修正。如果觉得很烦，可参考徐州更发布的治愈系视频用juicerbox分析HIC数据，可能心情会好点。