什么是soft-clipped reads

当基因组发生某一段的缺失，或转录组的剪接，在测序过程中，横跨缺失位点及剪接位点的reads回帖到基因组时，一条reads被切成两段，匹配到不同的区域，这样的reads叫做soft-clipped reads，这些reads对于鉴定染色体结构变异及外源序列整合具有重要作用。

什么是multi-hits reads

由于大部分测序得到的reads较短，一个reads能够匹配到基因组多个位置，无法区分其真实来源的位置。一些工具根据统计模型，如将这类reads分配给reads较多的区域。

理解soft-clipped reads的更多相关文章

  1. Bowtie2的安装与使用

    Bowtie2的安装与使用  2017-06-15 18:58:52     342     0     0 Bowtie2用来快速比对短reads(50-100bp)与参考基因组,与常规的比对软件不 ...

  2. bowtie2用法

    bowtie2的功能:短序列的比对 用法:bowtie2 [options]* -x <bt2-idx> {-1 <m1> -2 <m2> | -U <r&g ...

  3. shell十三问

    1) 为何叫做 shell ?在介绍 shell 是甚幺东西之前,不妨让我们重新检视使用者与计算机系统的关系:图(FIXME)我们知道计算机的运作不能离开硬件,但使用者却无法直接对硬件作驱动,硬件的驱 ...

  4. 转:shell 经典, shell 十三问

      原文链接:http://blog.csdn.net/freexploit/article/details/626660 我在 CU 的日子并不长,有幸在 shell 版上与大家结缘.除了跟众前辈学 ...

  5. linux shell中的单引号与双引号的区别(看完就不会有引号的疑问了)(转)

    tips: ============================= IFS - LINUX字段分隔符,内部字段分隔符 IFS(Internal Field Seperator)在Linux的she ...

  6. <转>shell经典,shell十三问

    (注:关于变量概念,我们留到下两章才跟大家说明.) 好了,更多的关于 command line 的格式,以及 echo 命令的选项,就请您自行多加练习.运用了... ----------------- ...

  7. [转帖]""(双引号) 与''(单引号) 差在哪？

    ""(双引号) 与''(单引号) 差在哪? http://wiki.jikexueyuan.com/project/13-questions-of-shell/double-sin ...

  8. shell十三问？

    shell 十三问: 1) 为何叫做 shell ?  2) shell prompt(PS1) 与 Carriage Return(CR) 的关系?  3) 别人 echo.你也 echo ,是问 ...

  9. linux系统中的单引号和双引号

    一.为什么用quoting 前面说到,命令行在内容上主要由literal(一般文字)和meta(元字符)组成,而meta又由IFS.CR和其他字符组成(如=,$, > 等),通常这些原元字符都有 ...

  10. shell单引号双引号详解

    linux shell中的单引号与双引号的区别(看完就不会有引号的疑问了) " "(双引号)与 ' '(单引号)的区别    你在shell prompt(shell 提示)后面敲 ...

随机推荐

  1. C++小常识笔记

    1.C++的继承保护级别最好是显示的写出来.(注:class 的默认继承为private,struct的默认继承为public). 例: class Base{/**/}; struct D1 : B ...

  2. 为 Linux 应用程序编写 DLL[转]

    自:http://www.ibm.com/developerworks/cn/linux/sdk/dll/index.html 在仅仅只会编写插件的时候为什么要编写整个应用程序? 插件和 DLL 通常 ...

  3. linux 目录下文件批量植入和删除，按日期打包

    linux目录下文件批量植入 [root@greymouster http2]# find /usr/local/http2/htdocs/ -type f|xargs sed -i "   ...

  4. tp框架总结（二）

    一.函数库和类库 项目中的常用的函数库要封装到项目Common/function.php中  在项目中可以直接调用  [ 函数();] import方法是ThinkPHP内建的类库导入方法,提供了方便 ...

  5. Java程序员必须知道的10个调试技巧

    调试可以帮助识别和解决应用程序缺陷,在本文中,将使用大家常用的的开发工具Eclipse来调试Java应用程序. 但这里介绍的调试方法基本都是通用的,也适用于NetBeans IDE,我们会把重点放在运 ...

  6. 实数---Currency讲解

      Currency 实际上是 Int64 的变体,Int64/10000 就是实际的值 

  7. maven本地安装jar包同时生成pom文件

    maven 本地安装jar包:mvn install:install-file -Dfile=本地路径/ojdbc12.jar -DgroupId=com.oracle -DartifactId=oj ...

  8. Content has been consumed

    if(response.getEntity() != null && response.getEntity().getContent() != null) { message = IO ...

  9. Loadrunner不能调用IE解决方法大全

    在使用loadrunner进行性能调试时,录制脚本的时候,发现loadrunner不能调用IE.不能自动启动IE,还有一种情况是可以启动,但是录制不到内容,action的内容为空. 一般遇到这种情况, ...

  10. ASP.NET MVC 介绍

    ASP.NET分为WebForm(数据访问层 界面层 业务逻辑层)和MVC MVC : Model(模型)是应用程序中用于处理应用程序数据逻辑的部分. 通常模型对象负责在数据库中存取数据. View( ...