[BZOJ4892][TJOI2017]DNA(后缀数组)

题目描述

加里敦大学的生物研究所，发现了决定人喜不喜欢吃藕的基因序列S,有这个序列的碱基序列就会表现出喜欢吃藕的性状，但是研究人员发现对碱基序列S,任意修改其中不超过3个碱基，依然能够表现出吃藕的性状。现在研究人员想知道这个基因在DNA链S0上的位置。所以你需要统计在一个表现出吃藕性状的人的DNA序列S0上，有多少个连续子串可能是该基因，即有多少个S0的连续子串修改小于等于三个字母能够变成S。

输入输出格式

输入格式：

第一行有一个数T,表示有几组数据 每组数据第一行一个长度不超过10^5的碱基序列S0

每组数据第二行一个长度不超过10^5的吃藕基因序列S

输出格式：

共T行，第i行表示第i组数据中，在S0中有多少个与S等长的连续子串可能是表现吃藕性状的碱基序列

输入输出样例

输入样例#1： 复制

1
ATCGCCCTA
CTTCA

输出样例#1： 复制

2

说明

对于20%的数据，S0,S的长度不超过10^4

对于20%的数据，S0,S的长度不超过10^5，0<T<=10

两个串连起来中间插个特殊字符然后后缀数组求四次LCP即可。

启示：永远不要低估SA模板的默写难度。

 #include<cstdio>
 #include<cstring>
 #include<algorithm>
 #define rep(i,l,r) for (int i=l; i<=r; i++)
 typedef long long ll;
 using namespace std;

 const int N=;
 int n,m,T,ans,x[N],y[N],sa[N],log[N],c[N],rk[N],h[N],st[N][];
 char s[N],s1[N],S[N];

 int Cmp(int a,int b,int l){ return y[a]==y[b] && y[a+l]==y[b+l]; }

 void build(int m){
    memset(y,,sizeof(y));
    rep(i,,m) c[i]=;
    rep(i,,n) c[x[i]]++;
    rep(i,,m) c[i]+=c[i-];
    for (int i=n; i; i--) sa[c[x[i]]--]=i;
    for (int k=,p=; p<n; k<<=,m=p){
       p=;
       rep(i,n-k+,n) y[++p]=i;
       rep(i,,n) if (sa[i]>k) y[++p]=sa[i]-k;
       rep(i,,m) c[i]=;
       rep(i,,n) c[x[y[i]]]++;
       rep(i,,m) c[i]+=c[i-];
       for (int i=n; i; i--) sa[c[x[y[i]]]--]=y[i];
       rep(i,,n) y[i]=x[i]; p=; x[sa[]]=;
       rep(i,,n) x[sa[i]]=Cmp(sa[i-],sa[i],k) ? p : ++p;
    }
 }

 void get(){
    int k=;
    rep(i,,n) rk[sa[i]]=i;
    rep(i,,n){
       for (int j=sa[rk[i]-]; i+k<=n && j+k<=n && S[i+k]==S[j+k]; k++);
       h[rk[i]]=k; if (k) k--;
    }
 }

 void rmq(){
    rep(i,,n) st[i][]=h[i];
    rep(i,,log[n])
       rep(j,,n-(<<i)+) st[j][i]=min(st[j][i-],st[j+(<<(i-))][i-]);
 }

 int ask(int l,int r){
    if (l>r) swap(l,r);
    l++; int t=log[r-l+];
    return min(st[l][t],st[r-(<<t)+][t]);
 }

 int main(){
     log[]=; rep(i,,N-) log[i]=log[i>>]+;
     for (scanf("%d",&T); T--; ){
         scanf("%s",s+); scanf("%s",s1+);
         int n0=strlen(s+),n1=strlen(s1+);
         rep(i,,n0) S[i]=s[i]; S[strlen(s+)+]='$';
         rep(i,,n1) S[strlen(s+)+i+]=s1[i];
         n=n0+n1+;
         rep(i,,n) x[i]=(int)S[i];
         build(); get(); rmq(); ans=;
         rep(i,,n0-n1+){
             int a=i,b=n0+,f=;
             rep(j,,){
                 int t=ask(rk[a],rk[b]);
                 if (b+t>n) { f=; break; }
                 if (i+t>n0) break;
                 a+=t+; b+=t+;
             }
             if (f) ans++;
         }
         printf("%d\n",ans);
     }
     return ;
 }