The Biological Observation Matrix (BIOM) format http://biom-format.org/

biom-format有两种方式安装:

1. python pkg:

pip install numpy

由于最新版的biom-format还不支持python3,所以需要切换到python2

sudo update-alternatives --config python

然后安装

pip install biom-format

为了处理BIOM 2.0+的文件,需要安装这个:

pip install h5py

2. R pkg:

百度,找安装包,安装好依赖即可。

版本:

版本1.0基于JSON格式开发。

版本2.0和2.1基于HDF格式开发。(HDF格式专门存储大规模、多对象的科学研究数据)

开发目的:

1. 存储和操作大规模的稀疏的生物数据列联表(列联表是观测数据按两个或更多属性(定性变量)分类时所列出的频数表,其实就是通常的统计表格);

2. 将核心元数据(contingency table data and sample/observation metadata)封装到单个文件中;

3. 便于在不同工具见交流(如 QIIME/MG-RAST/VAMPS)。

支持 BIOM格式的软件:

QIIME,MG-RAST,PICRUSt,Mothur,phyloseq,MEGAN,VAMPS,metagenomeSeq,

Phinch,RDP Classifier

OTU table:

两种都支持,但>=85%的是0再用sparse更合适。

dense

sparse

***************************************************************************************************************************************
操作

Parse
a table from an open file object:

from
biom import parse_table

with
open('path/to/table.biom') as f:

table
= parse_table(f)

Parse
a table from a path:

from
biom import load_table

table
= load_table('path/to/table.biom')

生物信息学练习2- Biom-format的更多相关文章

  1. Spring resource bundle多语言,单引号format异常

    Spring resource bundle多语言,单引号format异常 前言 十一假期被通知出现大bug,然后发现是多语言翻译问题.法语中有很多单引号,单引号在format的时候出现无法匹配问题. ...

  2. c# 字符串连接使用“+”和string.format格式化两种方式

    参考文章:http://www.liangshunet.com/ca/201303/218815742.htm 字符串之间的连接常用的两种是:“+”连接.string.format格式化连接.Stri ...

  3. PAT甲级 1001. A+B Format (20)

    题目原文: Calculate a + b and output the sum in standard format -- that is, the digits must be separated ...

  4. Conversion to Dalvik format failed: Unable to execute dex: Multiple dex files define ...

    Conversion to Dalvik format failed: Unable to execute dex: Multiple dex files define ... 这个错误是因为有两个相 ...

  5. 【转】string.Format对C#字符串格式化

    转自:http://blog.csdn.net/samsone/article/details/7556781 1.格式化货币(跟系统的环境有关,中文系统默认格式化人民币,英文系统格式化美元) str ...

  6. VBA 格式化字符串 - Format大全

    VBA 格式化字符串 VBA 的 Format 函数与工作表函数 TEXT 用法基本相同,但功能更加强大,许多格式只能用于VBA 的 Format 函数,而不能用于工作表函数 TEXT ,以下是本人归 ...

  7. [Erlang 0111] Erlang Abstract Format , Part 2

       上回书,我们说到飞天玉虎蒋伯芳来到蜈蚣岭,不是,重来,上回咱们说到可以在Erlang Shell里面手工构造,加载并调用一个模块.在那个demo里面,我把多个Form单独生成出来,最后放在一起做 ...

  8. [Erlang 0110] Erlang Abstract Format , Part 1

    Erlang Abstract Format并不难懂,只是枯燥一点罢了,如果把Abstract Format的文档翻译出来,其实就是Erlang教科书中语法入门的部分. Erlang Abstract ...

  9. C#中string.format用法详解

    C#中string.format用法详解 本文实例总结了C#中string.format用法.分享给大家供大家参考.具体分析如下: String.Format 方法的几种定义: String.Form ...

随机推荐

  1. 洛谷1052(路径压缩后简单dp)

    同POJ3744写法都是一样的. 距离太长无意义可以压缩,注意不是随便压的,想一想可以跟%T发生关系. #include <cstdio> #include <cctype> ...

  2. 关于Mybatis的一点小记录(parameterType)

    1.Mybatis的parameterType有两个比较常用的,一个是类的对象,还有一个就是Map,然后取值的方法也很简单: 基本数据类型:#{参数} 获取参数中的值 复杂数据类型:#{属性名} ,m ...

  3. 排序算法(C语言+Python版)宝宝再也不怕面试官写排序算法了

    直接插入排序 过程: 1. 数据可分看成两个部分,前面的数据是有序的 2. 从后面的数据取出一个元素,插到前面有序数据的合适位置 从右端开始查找,到找到比此元素大的时候,则此元素向后移动,以空出多余的 ...

  4. TreeView显示数据

    1.添加默认节点 private void Form1_Load(object sender, EventArgs e) { TreeNode tn = new TreeNode("默认节点 ...

  5. hihocoder1080 更为复杂的买卖房屋姿势

    思路: 线段树区间修改,需要使用两个懒标记set和add.处理好两个标记的优先级即可(set之前的set和add是没有作用的). 实现: #include <bits/stdc++.h> ...

  6. Hibernate框架关系映射一对多双向关联

    直入主题,首先大配置常规配置, 这里住要说关联关系,大配置不多少,而且jar包默认添加好,笔者用的是idea2016. 然后我们知道关联关系主要是在小配置添加节点来配置属性.个人认为关联映射,就是对应 ...

  7. uvm_verision——告诉我你几岁了?

    uvm_version 定义了UVM相关的版本信息,而具体的uvm_revision则是通过在src/macros/uvm_version_defines.svh实现的. uvm_revision_s ...

  8. java代码(ascii与字母互转)

    package test; /** * Java中将一个字符与对应Ascii码互转 * 1 byte = 8bit 可以表示 0-127 */ public class GetCharAscii { ...

  9. SAP CRM中间件下载equipment时遇到的一个错误

    在CRM开发系统上进行equipment下载,发现不工作.调试发现错误信息在下图定96行的WHEN default分支抛出的: MESSAGE ID 'AZ' ... 通过阅读源代码发现,ERP端支持 ...

  10. iOS开发资源:推送通知相关开源项目--PushSharp、APNS-PHP以及Pyapns等

    PushSharp  (github) PushSharp是一个实现了由服务器端向移动客户端推送消息的开源C#库,支持 iOS (iPhone/iPad APNS). Android (C2DM/GC ...