pacbio bax.h5文件处理及ccs计算
1.NCBI文件格式如下：
2.格式转换
(1) bas.h5 -> ccs
source /share/nas2/genome/biosoft/smrtanalysis/2.3.0/smrtanalysis/current/etc/setup.sh
bash5tools.py --readType subreads --outType fasta /path/to/bas.h5
(2) bax.h5 -> ccs
需要各个文件进行转换并进行合并
source /opt/smrtanalysis/install/smrtanalysis_2.3.0.140936/etc/setup.sh
3.文件格式
PacBio CCS (Circular Consensus Sequence) or RoI (Read of Insert) read
PacBio CCS subread
pacbio bax.h5文件处理及ccs计算的更多相关文章
- pacbio 原始下机数据h5 文件简介
pacbio 采用hdf5文件格式保存原始的下机数据,对于RS 测序系统而言,会产生一个 bas.h5 的文件; 以bas.h5 文件为例,看一下有下机数据中保存了那些信息 h5dump 工具可以用来 ...
- hdf 5文件格式及python中利用h5py模块读写h5文件
h5文件格式,HDF 的版本 5(HDF 版本 5不与 HDF 版本 4 及早期版本兼容)．HDF是什么呢?就是Hierarchical Data Format,可以存储不同类型的图像和数码数据的文件 ...
- ac命令根据/var/log/wtmp文件登录退出时间计算用户连接时间
ac命令根据/var/log/wtmp文件登录退出时间计算用户连接时间
- Python：遍历一个目录下所有的文件及文件夹，然后计算每个文件的字符和line的小程序
编写了一个遍历一个目录下所有的文件及文件夹,然后计算每个文件的字符和line的小程序,先把程序贴出来. #coding=utf-8 ''' Created on 2014年7月14日 @author: ...
- Keras查看model weights .h5 文件的内容
Keras的模型是用hdf5存储的,如果想要查看模型,keras提供了get_weights的函数可以查看: for layer in model.layers: weights = layer.ge ...
- 利用Python 脚本生成 .h5 文件 代码
利用Python 脚本生成 .h5 文件 import os, json, argparse from threading import Thread from Queue import Queue ...
- h5文件（.h5和.hdf5）
HDF5 (.h5, .hdf5) HDF 是 Hierarchical Data Format(分层数据格式)的缩写 HDF 版本 5不与 HDF 版本 4 及早期版本兼容. HDF5 (.h5, ...
- Atitit .h5文件上传 v3
Atitit .h5文件上传 v3 1. 上传原理1 2. V3版新特性1 3. Html1 4. Js2 5. uploadV2.js2 6. upServlet & FileUploadS ...
- Atitit .h5文件上传
Atitit .h5文件上传 1. 上传原理1 2. Html1 3. Js2 4. uploadV2.js2 5. upServlet & FileUploadService {3 6. 注 ...
随机推荐
- Collections.sort 的日期排序
public static void main(String[] args) throws ParseException { // sort降序排列 List<Date> dates = ...
- Python events
Events不同线程之间同步对象 参数说明: # 实例化event对象 event = threading.Event() # 等待检测标志位被设定,标志位设置后就不阻塞了 # 客户机线程可以等待设置 ...
- ORA-00600: internal error code, arguments: [kcblin_3], [103], [253952], [8192], [32769], [312], [640], [], [], [], [], []解决方法
昨晚,一SQL执行的时候报了ORA-00600: internal error code, arguments: [kcblin_3], [103], [253952], [8192], [32769 ...
- 基本数据类型大总结(int,str,list,dict,tuple)
python基本数据类型 int==>整数,主要用来进行数学运算 str==>字符串,可以保存单一数值 bool==>判断真假,true,false list==>存储大量数据 ...
- C++类的大小计算
转自http://www.tuicool.com/articles/uiUJry 一个空的class在内存中多少字节?如果加入一个成员函数后是多大?这个成员函数存储在内存中什么部分? 一个Class对 ...
- 使用metrics统计接口tps
metrics的简单介绍 metrics是一种性能指标工具,有很多开源工具使用之来来作为其性能监控,如Hadoop,Kafka,Spark,JStorm等. metrics使用最主要有三个东西: Me ...
- Token国内地铁使用城市
天津 广州 深圳 南京 武汉 台北 高雄
- android ------- 开发者的 RxJava 详解
在正文开始之前的最后,放上 GitHub 链接和引入依赖的 gradle 代码: Github: https://github.com/ReactiveX/RxJava https://github. ...
- 7.3 GRASP原则三: 低耦合 Low Coupling
3.GRASP原则三: 低耦合 Low Coupling How to support low dependency, low change impact and increased reuse? ...
- python scrapy同时执行spiders多个爬虫
假设spiders文件夹下多个文件: name.py name = 'name' name1.py name = 'name1' name2.py name = 'name2' . ...