cst(constraint file)文件示例:

CST::BEGIN
TEMPLATE:: ATOM_MAP: atom_name: C6 O4 O2
TEMPLATE:: ATOM_MAP: residue3: D2N TEMPLATE:: ATOM_MAP: atom_type: Nhis,
TEMPLATE:: ATOM_MAP: residue1: H CONSTRAINT:: distanceAB: 2.00 0.30 100.00
CONSTRAINT:: angle_A: 105.10 6.00 100.00 360.00
CONSTRAINT:: angle_B: 116.90 5.00 50.00 360.00
CONSTRAINT:: torsion_A: 105.00 10.00 50.00 360.00
CONSTRAINT:: torsion_B: 180.00 10.00 25.00 180.00
CONSTRAINT:: torsion_AB: 0.00 45.00 0.00 180.00
CST::END

上述是一个经典的cst文件的示例,res1为三字符的D2N,res2为单字符的氨基酸缩写H(HIS)。

1. cst文件以CST::BEGIN开始,以CST::END结束;

2. TEMPLATE:: ATOM_MAP: 记录什么原子被限制及残基名称,后面只能跟1或者2,代表限制的双方,"atom_name"代表三个被限制原子,本示例中,atom1为C6,atom2为O4,atom3为O2,"atom_type"代表限制的原子类型,因为不同氨基酸可能有相同的原子类型,所以"atom_type"比"atom_name"使用更加灵活,本例中为Nhis,具体第一二三个原子可见rosetta对原子类型的规定(.param文件ICOOR);

3. residue3指的是输入三字符残基名称,residue1指的是输入单字符残基名称(氨基酸单字符缩写);

4. CONSTRAINT:: 代表具体限制类型,共分为distanceAB, angle_A, angle_B, torsion_A, torsion_B, torsion_AB五项,具体计算方法为:

  distanceAB  Res1:Atom1 - Res2:Atom1
  angle_A   Res1:Atom2 - Res1:Atom1 - Res2:Atom1
  angle_B   Res1:Atom1 - Res2:Atom1 - Res2:Atom2
  torsion_A   Res1:Atom3 - Res1:Atom2 - Res1:Atom1 - Res2:Atom1
  torsion_B   Res1:Atom1 - Res2:Atom1 - Res2:Atom2 - Res2:Atom3
  torsion_AB  Res1:Atom2 - Res1:Atom1 - Res2:Atom1 - Res2:Atom2

  最后五列数字代表的含义:

  distanceAB   距离x0   公差xtol  力常数k  价键  无意义
  angle_A 角度x0   公差xtol  力常数k  周期  取样点数
  angle_A 角度x0   公差xtol  力常数k  周期  取样点数
  torsion_A 二面角x0  公差xtol  力常数k  周期  取样点数
  torsion_B 二面角x0  公差xtol  力常数k  周期  取样点数
  torsion_AB 二面角x0  公差xtol  力常数k  周期  取样点数

  其中,公差指的就是允许的范围,例如距离x0-xtol < x < x0+xtol;力常数指的是0 if |x - x0| < xtol and k * ( |x - x0| - xtol ) otherwise,此项仅用于endes,当k为0时,是最为宽松的限制模式;价键指的是共价键为1,非共价键0,共价键时不计算vdw;周期,当x0为120,周期为360时,x即为120,周期为180时,x为120,300,周期为120时,x为120,240,360;取样点数指的是在x0-xtol到x0+xtol之间取样的点数,例如angle_A,x0为105.1,xtol为6,取样点为1,即99.10, 105.10和111.10,又如torsion_A,取样点数为3,即95, 100, 105, 110和115,总取样数位2n+1,取样点数仅用于match。

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