Dnasp计算LD
Dnasp计算LD
Table of Contents
1 Dnasp 计算LD
Dnasp有很多的功能,现在主要来记录其计算LD的功能。 首先File——然后打开data——然后在Data中Format里设 置格式,也就是你读入的文件是什么样子的,进行一个 描述。我们这里选DNA,Haploid(单倍体),然后OK,然后到Ana lysis找到Linkage Disequilibrium.这里要注意的是 生成的文件会非常的大。因为这是两两对比得到的结果。 得到的结果,里面有详细的解释。我们接着File——Clos e DataFile就可以了。
Dnasp计算LD的更多相关文章
- LD SCore计算基因多效性、遗传度、遗传相关性(the LD Score regression intercept, heritability and genetic correlation)
这篇文章是对之前啊啊救救我,为何我的QQ图那么飘(全基因组关联分析)这篇文章的一个补坑. LD SCore除了查看显著SNP位点对表型是否为基因多效性外,还额外补充了怎么计算表型的遗传度和遗传相关性. ...
- LD算法获取字符串相似度
一个如何识别相似语句的问题,于是上网找了找,一个叫Levenshtein Distance的算法比较简单,就写了段代码实现了一下,效果还不错. 这个算法是一个俄国人Lvenshtein提出的,用于计算 ...
- GWAS | 全基因组关联分析 | Linkage disequilibrium (LD)连锁不平衡 | 曼哈顿图 Manhattan_plot | QQ_plot | haplotype phasing
现在GWAS已经属于比较古老的技术了,主要是碰到严重的瓶颈了,单纯的snp与表现的关联已经不够,需要具体的生物学解释,这些snp是如何具体导致疾病的发生的. 而且,大多数病找到的都不是个别显著的snp ...
- 常见算法是js实现汇总(转载)
常见算法是js实现汇总 /*去重*/ <script> function delRepeat(arr){ var newArray=new Array(); var len=arr.len ...
- Js常见算法实现汇总
/*去重*/ <script> function delRepeat(arr){ var newArray=new Array(); var len=arr.length; for(var ...
- plink计算两个SNP位点的连锁不平衡值(LD)
PLINK提供了“--ld”的参数计算两个SNP位点的连锁不平衡值. 命令如下: plink --file file --ld rs123 rs134 --out rs123_rs134 生成如下数据 ...
- iOS之计算上次日期距离现在多久, 如 xx 小时前、xx 分钟前等
/** * 计算上次日期距离现在多久 * * @param lastTime 上次日期(需要和格式对应) * @param format1 上次日期格式 * @para ...
- 利用Levenshtein Distance (编辑距离)实现文档相似度计算
1.首先将word文档解压缩为zip /** * 修改后缀名 */ public static String reName(String path){ File file=new File(path) ...
- 一个简单的代码计算行数demo编写
最近手头的项目基本上已经完结,历经了5个月的开发和迭代,各种的需求调整,想对自己的代码量进行一个客观的计算,于是抽了点时间写下了这个小demo,朋友们有需要的可以看看,很简单. 基本的思想就是:根目录 ...
随机推荐
- 【译】在ASP.NET中创建PDF-iTextSharp起步
原文 [译]在ASP.NET中创建PDF-iTextSharp起步 .Net framework 中自身并不包含可以和pdf打交道的方法.所以,当你需要你的ASP.Net Web应用程序中包含创建或与 ...
- CairoSVG - Convert SVG to PNG or PDF - Contents
CairoSVG - Convert SVG to PNG or PDF - Contents User Documentation Author Guillaume Ayoub Date 2011- ...
- c#基础练习之if结构
using System; using System.Collections.Generic; using System.Linq; using System.Text; namespace if语句 ...
- PHP - 拒绝低版本PHP
//判断PHP版本是否太低 if (PHP_VERSION < '4.1.0') { echo 'Version is to Low!'; exit; }
- Eclipse用法和技巧二十八:Eclipse插件Easy Explore的今世
先说明一下easyexplore插件的功能,easyexplore是一个类似于 Windows Explorer的Eclipse插件,它可以帮助你在不退出Eclipse的环境下迅速浏览本地文件系统. ...
- iOS依据字符串计算UITextView高度
iOS计算字符串高度,有须要的朋友能够參考下. 方法一:ios7.0之前适用 /** @method 获取指定宽度width,字体大小fontSize,字符串value的高度 @param value ...
- check————身份证
-- Access 不支持 Substring 查询,可以替换为 mid 查询. select 序号,姓名,身份证号,性别from 身份表where (len(身份证号)<>15 and ...
- 图解C#_事件
概述 今天用来演示事件的例子是模拟实现一个文件下载类,在这个类中我将定义一个DownLoad事件,这个事件用来在文件下载的过程中,向订阅这个事件的用户发出消息,而这个消息将用DownLoadEvent ...
- 重操JS旧业第五弹:函数
函数在任何编程语言中起着非常重要的位置,因为他是功能的最小单元,在js中函数是一种类型 Function 1 申明与定义 显示声明:function cc(){};函数名其实是函数的一个指针,函数名某 ...
- Silverlight技术调查(2)——跨域访问
原文 Silverlight技术调查(2)——跨域访问 此调查web容器采用的是Tomcat,若允许所有域访问,只需在webapps下的根应用ROOT中,加入配置文件:clientaccesspoli ...