Dnasp计算LD
Dnasp计算LD
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1 Dnasp 计算LD
Dnasp有很多的功能,现在主要来记录其计算LD的功能。 首先File——然后打开data——然后在Data中Format里设 置格式,也就是你读入的文件是什么样子的,进行一个 描述。我们这里选DNA,Haploid(单倍体),然后OK,然后到Ana lysis找到Linkage Disequilibrium.这里要注意的是 生成的文件会非常的大。因为这是两两对比得到的结果。 得到的结果,里面有详细的解释。我们接着File——Clos e DataFile就可以了。
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