使用AMBER中遇到的一些问题
1.读取蛋白问题
读取无配体pdb文件(loadpdb complex.pdb)时,出现一堆 FATAL: Atom .R<ARG >.A<HD1 > does not have a type 错误,导致 check不过关,也无法 saveamberparm:
错误原因:AMBER不能识别用户PDB文件里特定残基(<ARG 18>)的H原子
解决方法:我遇到的问题是很多H原子都无法被识别,所以解决方法比较直接,删除所有氢,再根据AMBER的规则,重新添加H:
1) 使用pdb4amber删除所有氨基酸的H:
pdb4amber -i WT.pdb -o WT_noH.pdb -y --dry
pdb4amber的帮助信息如下:
$ pdb4amber -h Options:
--version show program's version number and exit
-h, --help show this help message and exit
-i FILE, --in=FILE PDB input file (default: stdin)
-o FILE, --out=FILE PDB output file (default: stdout)
-y, --nohyd remove all hydrogen atoms (default: no)
-d, --dry remove all water molecules (default: no)
-p, --prot keep only Amber-compatible residues (default: no)
--noter remove TER, MODEL, ENDMDL cards (default: no)
--constantph rename GLU,ASP,HIS for constant pH simulation
--most-populous keep most populous alt. conf. (default is to keep 'A')
--reduce Run Reduce first to add hydrogens. (default: no)
--model=MODEL Model to use from a multi-model pdb file (integer).
(default: use all models)
2) 使用reduce添加H原子:
reduce WT_noH.pdb > WT_H.pdb
3) 使用pdb4amber对加氢后的pdb文件进行规划化处理:
pdb4amber -i WT_H.pdb -o WT_new.pdb
2.小分子文件准备问题:
非标准残基或者小分子文件,若想被amber读入,则需要对小分子文件进行定义及分配力场参数。
简单来说,需要以下两类文件:
AGI.frcmod
AGI.lib
1.先对小分子文件加氢:
reduce AGI.pdb > AGI_h.pdb
2.加氢完毕转换为mol2格式:
antechamber -i AGI_new.pdb -fi pdb -o AGI.mol2 -fo mol2 -c bcc -s
3.用parmchk检查参数的可用性,产生frcmod力场参数文件:
parmchk -i AGI.mol2 -f mol2 -o AGI.frcmod
4.加载AGI.frcmod和mol2文件到tleap中,产生lib库文件:
$ tleap -f oldff/leaprc.ff99SB
> source leaprc.gaff
> AGI = loadmol2 AGI.mol2
> check AGI
> loadamberparams AGI.frcmod
> saveoff AGI AGI.lib
可以参考另外一篇博客https://www.cnblogs.com/wq242424/p/9157072.html
3. GPU加速及多GPU运行问题:
拥有多GPU card时,使用 export CUDA_VISIBLE_DEVICES 命令指定使用哪张显卡,
1.使用命令前先用 unset CUDA_VISIBLE_DEVICES 命令清空变量;
2.再使用 export CUDA_VISIBLE_DEVICES 命令设置使用哪张或者哪几张显卡;
export CUDA_VISIBLE_DEVICES= 使用0号显卡(pmemd.cuda)
export CUDA_VISIBLE_DEVICES=, 使用0,1两张显卡(mpirun -np 2 pmemd.cuda.MPI)
3.指定显卡后,我们使用pmemd.cuda命令或者mpirun -np 2 pmemd.cuda.MPI命令(指定两张显卡)运行amber。
使用AMBER中遇到的一些问题的更多相关文章
- Amber中的一些option设置及名词
详细请见AMBER官方文档第18章第6节(18.6) Amber16.pdf The settings can be summarized as follows: imin=1 Choose a m ...
- 乙醇脱氢酶力场文件的处理(含ZN,NAD,乙醇)
很多蛋白质在行驶生物催化反应(如ATP水解,氨基酸的乙酰化,CoA的去乙酰化,甲基化等等)都需要金属离子(Mg,Zn,Ca等等)的参与,换句话说,金属离子对蛋白功能是必须的.模拟金属酶体系,现在也是分 ...
- Python开源框架
info:更多Django信息url:https://www.oschina.net/p/djangodetail: Django 是 Python 编程语言驱动的一个开源模型-视图-控制器(MVC) ...
- java项目中可能会使用到的jar包解释
一.Struts2 用的版本是struts2.3.1.1 一个简单的Struts项目所需的jar包有如下8个 1. struts2-core-2.3.1.1.jar: Struts2的核心类库. 2. ...
- AMBER: CPPTRAJ Tutorial C0
CPPTRAJ作为PTRAJ的继任者,拥有比PTRAJ更强大的功能,本教程会简要的介绍CPPTRAJ的用法及注意事项. 需要的文件: trpzip2.gb.nc trpzip2.ff10.mbondi ...
- python中的hasattr()、getattr()、setattr()
hasattr()的用法和理解--hasattr(obj, target) 判断对象obj中是否含有,目标target属性,然后返回布尔值,如果有返回True,没有返回False. >>& ...
- Amber TUTORIAL 4b: Using Antechamber to Create LEaP Input Files for Simulating Sustiva (efavirenz)-RT complex using the General Amber Force Field (GAFF)
sustiva.pdb PDB: 1FKO Create parameter and coordinate files for Sustiva 1. 加氢: $ reduce sustiva.pdb ...
- Amber TUTORIAL B1: Simulating a DNA polyA-polyT Decamer
Section 1: Introduction The input files required (using their default file names): prmtop - a file c ...
- Amber TUTORIAL B5: Simulating the Green Fluorescent Protein
Section 1: Preparing the PDB file 1EMA是本次教程所用的pdb,可以在PDB数据库下载. pdb4amber -i 1EMA.pdb -o gfp.pdb --dr ...
随机推荐
- Canvas入门到高级详解(下)
四. Canvas 开发库封装 4.1 封装常用的绘制函数 4.1.1 封装一个矩形 //思考:我们用到的矩形需要哪些绘制的东西呢? 矩形的 x.y坐标 矩形的宽高 矩形的边框的线条样式.线条宽度 矩 ...
- perl控制流介绍(if条件,while,for循环,foreach)
1. 语句块:{ }之间的部分即为BLOCK语句块. 2. 条件语句:if ( expression ) BLOCK; if ( expression ) BLOCK1else BLOCK2 ...
- msm audio platform 驱动代码跟踪
sound/soc/soc-core.c static int __init snd_soc_init(void) { #ifdef CONFIG_DEBUG_FS snd_soc_debugfs_r ...
- MyBatis Plus:No qualifying bean of type 'com.baomidou.mybatisplus.mapper.BaseMapper<?>' available: expected single matching bean but found 4
场景: 应用MyBatis Plus 和通用Mapper 继承自ServiceImpl实现对Service里的方法进行包装再处理. public interface IServiceBase2< ...
- 【Postgres】空间数据库创建
1.数据库创建问题-Navicat-ERROR: source database "template1" is being accessed by other users 2.解决 ...
- google的Python风格规范
Python风格规范 分号 Tip 不要在行尾加分号, 也不要用分号将两条命令放在同一行. 行长度 Tip 每行不超过80个字符 例外: 长的导入模块语句 注释里的URL 不要使用反斜杠连接行. ...
- Docker中使用redis
项目中频繁使用Redis,为了不用每次打开Redis目录去启动Redis想到了Docker可以作为Redis的容器 直接下载使用就行 把Docker使用Redis的过程分享下: 1. 拉取 ...
- Linux 的基本操作(初识linux)
linux世界 [Linux 系统启动过程] Linux的启动其实和windows的启动过程很类似,不过windows我们是无法看到启动信息的,而linux启动时我们会看到许多启动信息,例如某个服务是 ...
- Gym 101873I - Uberwatch - [DP]
题目链接:http://codeforces.com/gym/101873/problem/I 题意: 给出 $n(1 \le n \le 300000)$ 个单位时间,每个单位时间给出一个 $x_i ...
- Delphi 中的 XMLDocument 类详解(9) - 关于 HasChildNodes 与 IsTextElement
unit Unit1; interface uses Windows, Messages, SysUtils, Variants, Classes, Graphics, Controls, For ...