MD笔记
1.力场中的例子电荷是有效电荷(clayff),有别于化学式中的电荷。
2.游离状态的阳离子(如层间阳离子)的电荷不能变动;而Al-O八面体、Si-O四面体中的离子(Al、Si等)电荷可以微调。
3.minimize是在绝对0度、动能为0的条件下进行结构优化(分子静力学),只对从数据库中得来的模型进行minimize,加水后的模型不需要优化。
先对最小超晶胞(如Na-mmt的超小晶胞为4a*b*c)进行minimize,然后再进行下一步建模(如加水分子或者继续supercell),最后在进行优化并计算。
优化:
nve:保持能量不变;
nvt:提到常温来优化(298或者300k);
npt:提到常压来优化(1个标准大气压)。
4.警告可以忽略,错误需要修改?
(待确认,如模型总电荷也显示warning,但minimize时,总势能会很大(正值1e+16))
如:以下的warning能忽略吗?因为在minimize和优化的过程当中都会出现这个警告,这个是data文件的问题(之前请教过一个老师)。
5.元胞盒子大小从数据库中得到的a、b及3个方向的角度不需要修改,根据自己需要来改c(层间距)。
6.能量最小化minimize如何判断最小化已经成功?
(1)log文件上的minimize的收敛情况;
(2)结构是否稳定(VMD中查看),目前的问题是minimize后原子会跑出盒子外边去?
7.优化过程中,timestep、run总步数,这个没有很严格的规定,看能量收敛和结构稳定与否来判断即可。
8.MS——data——lammps中minimize后所得的data——VMD——pdb——MS(主要是坐标信息)——建模(加水或者supercell)。。。
问题1:转换过程中只有坐标信息,没有盒子和键、角信息,不能够识别各个原子类型等??
问题2:pdb导入MS后,由于不能识别,故无法继续建模?
(1)lammps所得的data
(2)VMD生成的pdb
(3)MS(主要是坐标信息)
9.模型的总电荷一定要为0,影响很大。
10.Al-oh-ho这里的oh-ho指的是体系中的结合水,层间水是自由水。
11.NPT中的P指的是静水压力,随着P增大(深度加大),c层间距减小;
12.timestep:从1.0fs——0.5fs——0.1fs;
13.原子丢失的原因(lost atoms:.......),Temp、Epair等增大
(1)timestep有可能太大了,导致数值失稳,改小一点;
(2)输入的结构不好
14.计算中Dangerous builds不等于0:
(1)说明粒子在跑的时候“Rcut skin ”的范围内已经跑出去了,或者外边的粒子跑进来了,因此,neighbor list要建得频繁一点才可以;
(2)但是不影响数据收集;
(3)如果是小概率事件没有关系,比如,neighbor list运行1万次,而Dangerous只有几十或更小;
(4)措施:
a、把时间步长timestep调小(推荐做法);
b、把skin变大(不推荐,会影响计算效率)。
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