AnnotationHub, clusterProfiler 进行GO,KEGG注释
️ AnnotationHub
目前最新的工具包叫做AnnotationHub
,顾名思义,就是注释信息的中装站。通过它,能找到了几乎所有的注释资源。如果没有,你还可以根据已有的数据用它提供的函数进行构建。
1. 加载AnnotationHub
library(AnnotationHub) ##获取数据库
ah = AnnotationHub()
2. 搜索自己所需数据库并下载
res <- query(ah,"Spinacia oleracea")
spinach_org <- ah[['AH72369']]
注:第一次下载比较慢,以后用就很快
3. 了解常用的5个函数
columns(x): 显示当前对象有哪些数据
keytypes(x): 有哪些keytypes可用做select或者keys的keytypes参数
keys(x, keytyp,...): 返回当前数据对象的keys (类似于他包含的内部值)
select(x, keys, colums,keytypes,...): 基于keys,columns,返回数据
mapIds(x,keys, columns,keytype,...): 类似select,但是返回一个列
(1)返回这个数据有哪些列:
(2)返回这个数据可以当作关键词进行查找的列:
基本上keytypes
返回的结果是等于或者少于columns返回的结果。因为并不是所有列都能当做查找对象。
(3)keytypes
告诉我们可以当做哪些列是keytype类型,那么keys
则列出这个keytype下有哪些关键字。
(4)select 查找
注:有些物种基因组版本更新,在这个数据库中记载的并无对应基因号,可根据记载的基因号REFSEQ,在NCBI下载,并进行blastp比对,进行替换即可
️clusterProfiler
library(clusterProfiler) ##富集分析
一般将基因SYMBOL转为ENTREZID
但是个别会出现不成功,可用
关注下方公众号可获得更多精彩
AnnotationHub, clusterProfiler 进行GO,KEGG注释的更多相关文章
- 使用GEO数据库来筛选差异表达基因,KOBAS进行KEGG注释分析
前言 本文主要演示GEO数据库的一些工具,使用的数据是2015年在Nature Communications上发表的文章Regulation of autophagy and the ubiquiti ...
- 【R】clusterProfiler的GO/KEGG富集分析用法小结
前言 关于clusterProfiler这个R包就不介绍了,网红教授宣传得很成功,功能也比较强大,主要是做GO和KEGG的功能富集及其可视化.简单总结下用法,以后用时可直接找来用. 首先考虑一个问题: ...
- R包对植物进行GO,KEGG注释
1.安装,加载所用到到R包 用BiocManager安装,可同时加载依赖包 source("https://bioconductor.org/biocLite.R") BiocMa ...
- KEGG注释
在 KEGG 数据库中,把功能相似的蛋白质归为同一组,然后标上 KO 号.通过相似性比对,可以为未知功能的蛋白序列注释上 KO 号. 截止到 2015 年 6 月 12 日,KEGG 数据库中共收录了 ...
- GO 和 KEGG 的区别 | GO KEGG数据库用法 | 基因集功能注释 | 代谢通路富集
一直都搞不清楚这两者的具体区别. 其实初学者搞不清楚很正常,因为它们的本质是相通的,都是对基因进行归类注释的数据库. 建议初学者自己使用一下这两个数据库,应该很快就能明白其中的区别. (抱歉之前没讲清 ...
- 关于AnnotationHub的一些应用
AnnotationHub是一个包含大量注释信息的数据库,里面有很多物种,以及来源于很多数据库的注释信息. 1,安装这个包 source("https://bioconductor.org/ ...
- KEGG Pathway Anonatation
转载于 Original 2017-06-20 liuhui 生信百科 KEGG 数据库中,把功能相似的蛋白质归为同一组,然后标上 KO 号.通过相似性比对,可以为未知功能的蛋白序列注释上 KO 号. ...
- 【豆科基因组】利马豆/洋扁豆Lima bean(Phaseolus lunatus L.)基因组2021NC
目录 一.来源 二.结果 扁豆的染色体水平高质量组装 扁豆相关农艺性状的QTL定位 直系/旁系同源的演化和物种形成事件 与农艺性状相关基因的直系同源物 群体结构分析揭示扁豆遗传簇 豆荚发育过程中的基因 ...
- 【Perl示例】整合多个文件
这个需求是在生信分析中几乎天天用到,各种语言都能实现,也都各有特点.这次以perl为例. 已知 文件CT-VS-CON.All.xls为全部蛋白表达矩阵及其差异分析结果. 文件Homo_sapiens ...
随机推荐
- '\r'(回车符),'\n'(换行符)与"\r\n"
一.'\n','\r'和"\r\n" 回车\r本义是光标重新回到本行开头,r的英文return,控制字符可以写成CR,即Carriage Return(回车,carriage有&q ...
- 封装一个简单的ajax请求
记录自己第一次封装ajax,肯定有很多考虑不周到,如有错误请指出,本人必将虚心改正. /** * * @param {Object} obj =>header:请求头:url:请求地址:meth ...
- 记一次关于pdf 下载需求变更到 pdf 在线预览
背景: 之前的需求是根据接口中提供的Blob数据实现PDF下载,已实现代码如下: 1 const url = window.URL.createObjectURL(newBlob([response. ...
- Noip模拟44 2021.8.19
比较惊人的排行榜 更不用说爆零的人数了,为什么联赛会这么难!!害怕了 还要再努力鸭 T1 Emotional Flutter 考场上没切掉的神仙题 考率如何贪心,我们把黑色的条延长$s$,白色的缩短$ ...
- 零基础入门必备的Linux命令和C语言基础
文件和目录(底部有视频资料) cd /home 进入 '/ home' 目录' cd - 返回上一级目录 cd -/- 返回上两级目录 cd 进入个人的主目录 cd ~user1 进入个人的主目录 c ...
- numpy数组的计算
1.数组的形状 查看数组的形状: import numpy as np a = np.array([[1, 2, 3, 4, 5], [5, 6, 7, 8, 9]]) print(a.shape) ...
- Codeforces Round #747 (Div. 2)题解
谢天谢地,还好没掉分,还加了8分,(8分再小也是加啊)前期刚开始有点卡,不过在尽力的调整状态之后,还是顺利的将前面的水题过完了,剩下的E2和F题就过不去了,估计是能力问题,自己还是得认真补题啦. E2 ...
- vsftpd 编译安装 及 隐藏版本号
环境:Redhat Enterprise Linux AS 4.0 update2(i386) 不提示,均表示以root权限执行. [注:]//为注释符,如"// 建立MySQL组" ...
- cf Make It Nondeterministic (简单贪心)
有N个人.每个人都有两个名字. 给出这N个人的一个排列.p[1]...p[N]. 现在让每个人挑自己丙个名字中的一个名字.问是否存在一种方案,使得挑出来的N个名字按字典序排完以后正好是p[1]...p ...
- Spring Security OAuth2 单点登录
1. OAuth 2.0 OAuth(Open Authorization)为用户资源的授权提供了一个安全的.开放而又简易的标准.最简单的理解,我们可以看一下微信OAuth2.0授权登录流程: 通过O ...