How to use liftover
First step, installation:
download from UCSC genome browser
chmod + x
Second, very important: to download the "Chain File".
What is "chain file"? --- to transfer the gene data from one build to another . for example, from hg19 to hg18
Third, do like this:
liftOver oldfile chain_file new_file unmapped_file
for example:
liftOver SAEC_DNase.bed hg19ToHg18.over.chain SAEC_DNase_hg18.bed SAEC_DNase_hg18_Unmapped.bed
or you can do the batch work by shell script:
#!/bin/bash
for file in *.bed; do
newfile=${file/%.bed/_hg18.bed}
unmapp_file=${file/%.bed/_Unmapped.bed}
liftOver $file hg19ToHg18.over.chain Hg18_Files/$newfile Hg18_Files/$unmapp_file
done
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