biopython处理中蜂基因组
1、安装包
pip install bcbio-gff pprint
2、显示中蜂的序列
from Bio import SeqIO genome_name = 'GCF_001442555.1_ACSNU-2.0_genomic.fna' recs = SeqIO.parse(genome_name, 'fasta') for rec in recs: print(rec.description)
biopython处理中蜂基因组的更多相关文章
- antiSMASH数据库:微生物次生代谢物合成基因组簇查询和预测
2017年4月28日,核酸研究(Nucleic Acids Research)杂志上,在线公布了一个可搜索微生物次生代谢物合成基因组簇的综合性数据库antiSMASH数据库 4.0版,前3版年均引用2 ...
- 【比较基因组】McScan jcvi比较两个基因组共线性细节记录
目录 软件的安装 基因组的准备 一些细节 建议和示例 软件的安装 Python版McScan(jcvi工具包):https://github.com/tanghaibao/jcvi 以前只有pytho ...
- 【GS文献】植物育种中基因组选择的方法、模型及展望
目录 1. GS/GP在植物育种中的角色 2. GP模型应用 3. GP模型的准确性 4. 植物育种的GS展望 5. 小结 Genomic SelectioninPlant Breeding: Met ...
- 【蛋白质基因组】Proteogenomics方法介绍及分析思路
概念 利用蛋白质组学数据,结合基因组数据(DNA).转录组数据(RNA)来研究基因组注释问题,被称为蛋白质基因组学."蛋白质基因组学"一词由Jaffe 等于2004 年首次提出,作 ...
- quast-lg
1.官网简介 http://cab.spbu.ru/software/quast-lg/ QUAST- lg是QUAST的一个扩展,用于评估大型基因组装配(直至哺乳动物大小).QUAST- lg从5. ...
- HapMap
HapMap五周年回顾 2011-01-12 | 作者: [关闭] 作者简介:曾长青,中国科学院北京基因组所研究员,博士生导师.CUSBEA奖学金.百人计划.杰出青年基金.首批新世纪百千万人才工程国家 ...
- blast 数据库说明
Peptide Sequence Databases蛋白序列的数据库 nrAll non-redundant GenBank CDS translations + RefSeq Proteins + ...
- (转)HapMap简介
1.人类基因组的HapMap和国际HapMap计划 (1)何谓HapMap HapMap是Haplotype Map 的简称,Haplo意为单一,在基因组中专指来自父母的一对染色体中的一条.Haplo ...
- Resolving multicopy duplications de novo using polyploid phasing 用多倍体相位法解决多拷贝复制的新问题
抽象.虽然单分子测序系统的兴起已经实现组装复杂地区的能力空前提高在基因组中,基因组中的长节段重复仍然是装配中具有挑战性的前沿. 分段重复同时具有丰富的基因并且倾向于大的结构重排,使得它们的序列的分辨率 ...
随机推荐
- UAC简介
用户帐户控制 (User Account Control) 是Windows Vista(及更高版本操作系统)中一组新的基础结构技术,可以帮助阻止恶意程序(有时也称为“恶意软件”)损坏系统,同时也可以 ...
- QDialog 设置成圆角
void paintEvent(QPaintEvent *event) { Q_UNUSED(event); QBitmap bmp(this->size()); bmp.fill(); QPa ...
- JavaScript 数据结构与算法之美 - 非线性表中的树、堆是干嘛用的 ?其数据结构是怎样的 ?
1. 前言 想学好前端,先练好内功,内功不行,就算招式练的再花哨,终究成不了高手. 非线性表(树.堆),可以说是前端程序员的内功,要知其然,知其所以然. 笔者写的 JavaScript 数据结构与算法 ...
- PHP数学扩展函数BC
需要准确高精度计算的时候,如果直接计算会出现不准确的情况,要用BC函数. bcadd — 2个任意精度数字的加法计算 bccomp — 比较两个任意精度的数字 bcdiv — 2个任意精度的数字除法计 ...
- MySQL for OPS 08:MHA 高可用
写在前面的话 主从架构在一般情况下只能满足我们小公司业务并非一刻都不能中断服务.但是对于大型公司而言,对然数据丢失,数据库挂了,我们可以通过技术找回,修复.但是其中修复过程所消耗的时间是不被允许的.此 ...
- C变量和常量
变量定义 变量定义就是告诉编译器如何创建变量的储存,以及在何处创建变量的储存,变量定义指定了一个数据类型,并包含一个或者多个变量的列表: type variable_list //如: int i; ...
- python3之int类的常用方法练习
int类的常用方法练习 #coding:utf-8 #int类的常用方法 num1 = 18 num2 = -15 #查询创建num1所用的类 print(type(num1)) #num1占用的最小 ...
- 软件设计师14-UML建模
UML图 用例图 用例图:参与者.用例 用例之间的关系:包含关系.扩展关系.泛化关系. 用例的包含关系:查询数据外借信息包含用户登录. 用例的扩展关系:修改之前要先查询,则修改信息包含查询信息用例 类 ...
- ASCII,Unicode,UTF-8,GBK 区别
编码历史与区别 很久很久以前,有一群人,他们决定用8个可以开合的晶体管来组合成不同的状态,以表示世界上的万物.他们看到8个开关状态是好的,于是他们把这称为"字节". 再后来,他们又 ...
- Vue监控器watch的全面解析
前言 前面讲到了计算属性computed,这次讲的是监控器watch,主要任务就是监控变量的变化 正文 watch是一个对象,键是需要观察的表达式,值是对应回调函数.值也可以是方法名,或者包含选项的对 ...