This is how I have trained a xgboost classifier with a 5-fold cross-validation to optimize the F1 score using randomized search for hyperparameter optimization:

  1. clf_xgb = xgb.XGBClassifier(objective = 'binary:logistic')
  2. param_dist = {'n_estimators': stats.randint(150, 500),
  3. 'learning_rate': stats.uniform(0.01, 0.07),
  4. 'subsample': stats.uniform(0.3, 0.7),
  5. 'max_depth': [3, 4, 5, 6, 7, 8, 9],
  6. 'colsample_bytree': stats.uniform(0.5, 0.45),
  7. 'min_child_weight': [1, 2, 3]
  8. }
  9. clf = RandomizedSearchCV(clf_xgb, param_distributions = param_dist, n_iter = 25, scoring = 'f1', error_score = 0, verbose = 3, n_jobs = -1)
  10. numFolds = 5
  11. folds = cross_validation.KFold(n = len(X), shuffle = True, n_folds = numFolds)
  12. estimators = []
  13. results = np.zeros(len(X))
  14. score = 0.0
  15. for train_index, test_index in folds:
  16. X_train, X_test = X[train_index], X[test_index]
  17. y_train, y_test = y[train_index], y[test_index]
  18. clf.fit(X_train, y_train)
  19. estimators.append(clf.best_estimator_)
  20. results[test_index] = clf.predict(X_test)
  21. score += f1_score(y_test, results[test_index])
  22. score /= numFolds

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