1)sam转bam

samtools view -bS in.sam > in.bam

-b 意思使输出使BAM format

-S 意思使输入使SAM,如果@SQ 缺剩, 要写-t

samtools 的应用的更多相关文章

  1. samtools常用命令详解

    samtools的说明文档:http://samtools.sourceforge.net/samtools.shtmlsamtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集.包含有许多命令.以下 ...

  2. 转:linux下bwa和samtools的安装与使用

    bwa的安装流程安装本软体总共需要完成以下两个软体的安装工作:1) BWA2) Samtools1.BWA的安装a.下载BWA (download from BWA Source Forge ) ht ...

  3. 安装生物信息学软件-Samtools

    装完Bowtie2,官方文档给出的栗子说可以玩一玩samtools,所以我入个坑 参考这篇http://m.010lm.com/roll/2016/0620/2343389.html Step 1: ...

  4. Difference between Hard Clip(H) and Soft Clip(S) in Samtools CIGAR string

    一般人都知道 H 和 S 的表面上的区别,即 S 就是 soft, H 就是 hard,S 后,序列里还是会保留序列的信息,而 H 则不会. ----------------------------- ...

  5. samtools常用命令详解(转)

    转自:samtools常用命令详解 samtools的说明文档:http://samtools.sourceforge.net/samtools.shtml samtools是一个用于操作sam和ba ...

  6. SAM格式 及 比对工具之 samtools 使用方法

    参考资料: SAMtools(官网) SAM Spec v1.4 (SAM格式 说明书) (重要) samtools-1.3.1 使用手册 (SAMtools软件说明书) samtools常用命令详解 ...

  7. 区别samtools faid产生的.fai文件功能和bwa index 产生的四个文件的功能

    samtools faidx 能够对fasta 序列建立一个后缀为.fai 的文件,根据这个.fai 文件和原始的fastsa文件, 能够快速的提取任意区域的序列 用法: samtools faidx ...

  8. samtools 使用简述

    功能如下: 1.View 主要功能讲sam文件转位bam文件. 涉及的参数: -b 输出bam格式..默认是sam文件 -h 输出的sam文件带header..默认不带 -H 仅仅输出header - ...

  9. SAMTOOLS使用 SAM BAM文件处理

    [怪毛匠子 整理] samtools学习及使用范例,以及官方文档详解 #第一步:把sam文件转换成bam文件,我们得到map.bam文件 system"samtools view -bS m ...

  10. Samtools在Linux上非root权限的安装

    第一次在Linux上不用root权限安装软件,查看了很多博客,并实践安装成功.大致总结了一下samtools的安装过程,仅供大家参考,如有不对的地方,欢迎指正~ samtools安装过程中依赖于lzm ...

随机推荐

  1. Sublime Text 3 最新可用注册码(免破解)

    12年的时候分享过Sublime Text 2的注册码和破解方法.4年后容我更新一下Sublime Text 3的注册码.. 最好还是购买正版主持版权.:D. 以下两枚注册码用最新的Sublime T ...

  2. [模板] Miller_Rabin素数判断代码实现存档

    就是....存存代码吧. Miller_Rabin的最核心部分在于二次探测定理和费马小定理.后者在同余/逆元的题目里面或多或少都有提及吧.....前者也很简单. 总而言之,Miller_Rabin不算 ...

  3. BASIC-29_蓝桥杯_高精度加法

    题目: 问题描述 输入两个整数a和b,输出这两个整数的和.a和b都不超过100位. 算法描述 由于a和b都比较大,所以不能直接使用语言中的标准数据类型来存储.对于这种问题,一般使用数组来处理. 定义一 ...

  4. Java堆外内存之五:堆外内存管理类ByteBuffer

    本篇主要讲解如何使用直接内存(堆外内存),并按照下面的步骤进行说明: 相关背景-->读写操作-->关键属性-->读写实践-->扩展-->参考说明 希望对想使用直接内存的朋 ...

  5. gc之六--Minor GC、Major GC、Full GC以及Mixed GC之间的区别

    目录: GC之一--GC 的算法分析.垃圾收集器.内存分配策略介绍 GC之二--GC日志分析(jdk1.8)整理中 GC之三--GC 触发Full GC执行的情况及应对策略 gc之四--Minor G ...

  6. Program.cs 累积_C#

    using System; using System.Diagnostics; using System.Threading; using System.Windows.Forms; using Ut ...

  7. python selenium-2 定位元素

    元素 方法 示例 id find_element_by_id('su') driver.get("http://www.baidu.com")driver.find_element ...

  8. Solr Web增加Basic安全性验证

      Solr在5.0版本后,不再提供war包部署的方式,取而代之的是内置了jetty服务,   但是我们发现其中并没有内置任何安全性相关检查,任何人如果知道了我们的外网地址就能直接访问并修改其中的索引 ...

  9. Access-Control-Allow-Origin 跨域问题

    1.同源.同源策略(Same origin policy) 同源指的是协议,端口,域名全部相同. 同源策略(Same origin policy)是一种约定,它是浏览器最核心也最基本的安全功能,如果缺 ...

  10. javascript 常用获取页面宽高信息 API

    在页面的构建中 常常会需要获取页面的一些宽高信息,例如实现 惰性加载图片 需要获取页面的可见区域高度 和 已滚动区域的高度,以判断图片所在位置是否可见来决定加载图片的时间, 花点时间整理了一下,获取页 ...