基因家族收缩和扩张分析 & Selective loss pathway & 泛基因组

套路

这通常就是基因组组装后的必做分析，通过比较基因组学的手段进行分析，可以知道所研究物种在进化过程中哪些核心基因家族发生了变化，从而导致了其特殊的适应性机制的形成。

参考：

Extremotolerant tardigrade genome and improved radiotolerance of human cultured cells by tardigrade-unique protein. – Nature Communication

基因家族收缩和扩张分析

青稞适应性强系正向选择基因家族扩张

微信搜狗搜一下（意想不到的收获很多，有很多文献总结）：

CYP450、MHC、NBS、TPS四大基因家族相关研究

Selective loss of the calcium ion signaling pathway in T cells maturing toward a T helper 2 phenotype.

就是指定的pathway丢失了。。。

 

泛基因组指通过基因组de novo组装策略，构建多个不同亚种或生态型的全基因组序列，从而完善该物种基因集并获得个体的特异基因信息。通过不同属/种/亚种内物种的测序分析，我们可以获得物种的 core-genome 和 unique-genome。