1.对于长度大于50bp的reads，bowtie2更精确；而小于50bp的reads，bowtie1更精确更快速

2.bowtie2支持的reads长度没有上限，当然reads长度在50~1000bp为宜；而bowtie1支持reads长度最长约为1000bp

3.bowtie2的对比支持gap，而bowtie1不支持

4.bowtie2可以支持局部比对，而bowtie1不支持

5.bowtie2的对比支持在参考序列中有N，而bowtie1不支持

bowtie1和bowtie2的比较的更多相关文章

  1. 30、 bowtie和bowtie2使用条件区别及用法

    转载:http://blog.csdn.net/soyabean555999/article/details/62235577 一.转录组还是基因组? map常用的工具有bowtie/bowtie2, ...

  2. 使用Tophat+cufflinks分析差异表达

    使用Tophat+cufflinks分析差异表达  2017-06-15 19:09:43     522     0     0 使用TopHat+Cufflinks的流程图 序列的比对是RNA分析 ...

  3. 安装生物信息学软件-bowtie2

    好吧,这是本周(2016.10.21-28)的学习任务之一:安装bowtie2并学习其使用方法&参数设置 所以,啃文档咯,官方文档Version 2.2.9 http://bowtie-bio ...

  4. 生物信息学工具--bowtie&bowtie2

    Bowtie和Bowtie2使用 [怪毛匠子整理] Source URL: http://www.bbioo.com/lifesciences/40-112837-1.html Bowtie和Bowt ...

  5. Bowtie2的安装与使用

    Bowtie2的安装与使用  2017-06-15 18:58:52     342     0     0 Bowtie2用来快速比对短reads(50-100bp)与参考基因组,与常规的比对软件不 ...

  6. Bowtie2

    如何使用Bowtie2 相似功能的有: 创建索引 创建索引bowtie2-build使用的命令. -f指定要索引文件后,再给予索引的名称.名称可以连接到任何. bowtie2 build-f refe ...

  7. bowtie2 Linux安装

    目前最新版本为2.3.2,网址为:https://sourceforge.net/projects/bowtie-bio/files/bowtie2/2.3.2 安装分为简单的下载可执行文件和源编译安 ...

  8. Hisat2 bowtie2比对结果解读（Hisat2 Alignment summary）

    RNA-seq数据的比对结果怎么解读?网上有很多人问,这里做一个大致的总结. Hisat2和bowtie2比对后产生的Alignment summary的格式是一样的,如下: Alignment su ...

  9. bowtie2-inspect 根据bowtie2的索引取得fasta 序列

    今天运行tophat2的时候看到下面这条记录: [2016-02-27 11:40:03] Checking for reference FASTA file Warning: Could not f ...

随机推荐

  1. 初识【Windows API】--文本去重

    最近学习操作系统中,老师布置了一个作业,运用系统调用函数删除文件夹下两个重复文本类文件,Linux玩不动,于是就只能在Windows下进行了. 看了一下介绍Windows API的博客: 点击打开 基 ...

  2. C#.NET 大型企业信息化系统集成快速开发平台 4.2 版本 - 面向全国标准省市县行政数据基础之上的组织机构管理

    由于信息系统庞大.各种业务子系统.各种开发语言开发的业务逻辑.各种年代维护的代码.各种参差不齐的历史遗留信息系统,面向全国的业务系统,面向某个领域的汽运管理信息系统,面向内部的业务系统,面向外部的各种 ...

  3. GHOST急速安装win10或win7

    首先说说写这篇博客的原因,我自己曾经被装各种系统弄得焦头烂额,各种刻光盘光驱安装,写优盘安装以及pe盘恢复系统等等,每次都各种方式尝试一下,太浪费时间了,所以天真的想着能不能有一个类似"一劳 ...

  4. rpc框架之avro 学习 1 - hello world

    avro是hadoop的一个子项目,提供的功能与thrift.Protocol Buffer类似,都支持二进制高效序列化,也自带RPC机制,但是avro使用起来更简单,无需象thrift那样生成目标语 ...

  5. speech recognition resource

    sirius http://sirius.clarity-lab.org/sirius/#install $ tar xzf sirius-1.0.1.tar.gz $ cd sirius/siriu ...

  6. mariadb

    MariaDB数据库管理系统是MySQL的一个分支

  7. 85 megacli-查看raid信息

    文章本身我不做过多修改了,在这里我就把自己在安装时候碰到的难点跟大家提下.1.何处下载?首先,根据文章中的路径已经下载不到相应的文件了,在此我们就自己到http://www.lsi.com的网站上去搜 ...

  8. python基础-牛逼的三层循环，实现想在那里退出，就在那里退出。

    #!/usr/bin/env python # -*- coding:utf-8 -*- #Author: nulige tag=True #设置tag控制他,只要一输入Flash就退出整个循环 wh ...

  9. 循环队列java实现

    public class SeqHeap { Object[] data; int font; int rear; int maxSize; public SeqHeap(int maxSize) { ...

  10. 什么是js面向对象？？

    简单的来说就是键值对,写一个函数,然后传值进去,   function Person(name,age){           this.name = name;           this.age ...