fastqc, Per Base Sequence Content
Per Base Sequence Content
对所有reads的每一个位置,统计ATCG四种碱基(正常情况)的分布:
横轴为位置,纵轴为百分比。 正常情况下四种碱基的出现频率应该是接近的,而且没有位置差异。因此好的样本中四条线应该平行且接近。当部分位置碱基的比例出现bias时,即四条线在某些位置纷乱交织,往往提示我们有overrepresented sequence的污染。当所有位置的碱基比例一致的表现出bias时,即四条线平行但分开,往往代表文库有bias (建库过程或本身特点),或者是测序中的系统误差。
当任一位置的A/T比例与G/C比例相差超过10%,报"WARN";当任一位置的A/T比例与G/C比例相差超过20%,报"FAIL"。
第一个图其实是不正常的,第二个图才是正常的,因为植物基因组,本来AT就比GC要高,第一个图之所以都一样,是因为有细菌或者叶绿体污染,导致
四种碱基含量差不多了。。。
中心测序,每次都是前面会有波动,可能是由于刚开始要测接头,可能要切完以后,信号不稳定等因素~~
freemao
FAFU
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