Per Base Sequence Content
对所有reads的每一个位置，统计ATCG四种碱基（正常情况）的分布：

横轴为位置，纵轴为百分比。 正常情况下四种碱基的出现频率应该是接近的，而且没有位置差异。因此好的样本中四条线应该平行且接近。当部分位置碱基的比例出现bias时，即四条线在某些位置纷乱交织，往往提示我们有overrepresented sequence的污染。当所有位置的碱基比例一致的表现出bias时，即四条线平行但分开，往往代表文库有bias (建库过程或本身特点)，或者是测序中的系统误差。
当任一位置的A/T比例与G/C比例相差超过10%，报"WARN"；当任一位置的A/T比例与G/C比例相差超过20%，报"FAIL"。

第一个图其实是不正常的，第二个图才是正常的，因为植物基因组，本来AT就比GC要高，第一个图之所以都一样，是因为有细菌或者叶绿体污染，导致

四种碱基含量差不多了。。。

中心测序，每次都是前面会有波动，可能是由于刚开始要测接头，可能要切完以后，信号不稳定等因素~~

freemao

FAFU

fastqc, Per Base Sequence Content的更多相关文章

  1. FastQC结果详解

    REF https://www.plob.org/article/5987.html 解压后,查看html格式的结果报告.结果分为如下几项: 结果分为绿色的"PASS",黄色的&q ...

  2. Fastqc使用说明

    用FastQC检查二代测序原始数据的质量 2013-01-28 21:28:10|  分类: Bioinformatics |  标签:bioinformatics  deep-seq   |举报 | ...

  3. FastQC 测序质量

    文章转载于 Original 2017-07-06 Jolvii 生信百科 介绍一下如何理解 FastQC 各模块的结果 FastQC 的使用 FastQC的安装介绍请看这里.FastQC 支持 fa ...

  4. Quality assessment and quality control of NGS data

    http://www.molecularevolution.org/resources/activities/QC_of_NGS_data_activity_new table of contents ...

  5. 【转录组入门】3：了解fastq测序数据

    操作:需要用安装好的sratoolkit把sra文件转换为fastq格式的测序文件,并且用fastqc软件测试测序文件的质量 作业:理解测序reads,GC含量,质量值,接头,index,fastqc ...

  6. RNA-seq简单处理流程

    RNA_seq pipline RNA_seq pipline PeRl 2018年3月7日 首先说明一下我做RNA-seq处理流程的文件树格式: RNA-seq/ data/ GRCh38.gtf ...

  7. Kooboo CMS 之TextContent详解

    TextCotent 在Kooboo.CMS.Content下面,在View中有使用到这个模型层. TextContent继承了ContentBase,而ContentBase是由2个部分类组成的,一 ...

  8. 8、Transcriptome Assembly

    Created by Benjamin M Goetz, last modified on Jun 29, 2015 Assembly of RNA-seq short reads into a tr ...

  9. 6、RNA-Seq Analysis Pipeline

    Created by Dhivya Arasappan, last modified by Dennis C Wylie on Nov 08, 2015 This pipeline uses an a ...

随机推荐

  1. Spring中处理Post方法中文乱码

    在Web.xml中配置: <!-- 注册Spring提供的处理Post请求的乱码问题 --> <filter> <filter-name>CharacterEnco ...

  2. CentOS的网络配置（终端环境）

    在虚拟机中安装了Server版的CentOS,用于做Hadoop相关的实验.Server版的CentOS默认是没有桌面环境的,eth0的网络默认也没有开启,需要我们手动启动网络. 关键配置说明 网络和 ...

  3. fifter常见的运用场景

    没配置过滤器 package servlet; import java.io.IOException; import javax.servlet.ServletException; import ja ...

  4. kd tree学习笔记 (最近邻域查询)

    https://zhuanlan.zhihu.com/p/22557068 http://blog.csdn.net/zhjchengfeng5/article/details/7855241 KD树 ...

  5. jQuery Easing 使用方法及其图解

    jQuery Easing 使用方法及其图解,非常详尽:http://blog.sina.com.cn/s/blog_70a3539f0102v8az.html

  6. java实现httpclient2

    import java.io.BufferedReader; import java.io.IOException; import java.io.InputStream; import java.i ...

  7. 【转】 CPU大小端

    大端模式,是指数据的低位保存在内存的高地址中,而数据的高位,保存在内存的低地址中:小端模式,是指数据的低位保存在内存的低地址中,而数据的高位保存在内存的高地址中. 为什么会有大小端模式之分呢?这是因为 ...

  8. Android 如何解决数据库多线程锁的问题

    防止多个线程又是读取又是写入 网上找到的方法: 对于这样的问题,解决的办法就是keep single sqlite connection,保持单个SqliteOpenHelper实例,同时对所有数据库 ...

  9. NGUI UIToggle

    NGUI UIToggle 1.add a UI Toggle(Script) and UI Toggle Objects(Script) to a Tab Button(Which has a UI ...

  10. 登陆界面Login

    最终界面:   XMAL 代码: <Grid > <Grid.RowDefinitions> <RowDefinition /> <RowDefinition ...