extracting fasta records from a multi-fasta file based on a list using awk
for i in $(cat gene_list)
do
awk -v RS=">" '($1==a){print ">"$0}' a=$i input.fasta >> out.fa
sed -i '/^$/d' out.fa
done
extracting fasta records from a multi-fasta file based on a list using awk的更多相关文章
- check fasta format
reference: https://www.biostars.org/p/42126/ fasta.y %{ #include <stdio.h> #include <stdlib ...
- fasta/fastq格式解读
1)知识简介--------------------------------------------------------1.1)测序质量值 首先在了解fastq,fasta之前,了解一下什么是质量 ...
- Linux文件排序和FASTA文件操作
文件排序 seq: 产生一系列的数字; man seq查看其具体使用.我们这使用seq产生下游分析所用到的输入文件. # 产生从1到10的数,步长为1 $ seq 1 10 1 2 3 4 5 6 7 ...
- 根据位置信息提取 fasta 文件中的序列 -- extract fasta sequence by their position
#!/usr/bin/env python # usages: python extract_seq_by_pos.py input.fasta id_start_end > result.fa ...
- fasta文件拆分与合并
Linux中fasta文件的拆分与合并 FASTA文件的拆分: (1)如果从一个文件a提取第11至20个序列存到另一个文件b: awk -v RS='>' 'NR>1{i++}i>= ...
- fastq-to-fasta转换及fasta拆分、合并
格式转换: use awk :awk 'BEGIN{P=1}{if(P==1||P==2){gsub(/^[@]/,">");print}; if(P==4)P=0; P++ ...
- php 统计fasta 序列长度和GC含量
最近php7的消息铺天盖地, 忍不住想尝试下.星期天看了下语法, 写个小脚本练下手: 这个脚本读取fasta 文件, 输出序列的长度和GC含量: <?php $fasta = "tes ...
- 将fasta fastq文件线性化处理
将fasta文件线性化处理 awk '/^>/ {printf("%s%s\t",(N>0?"\n":""),$0);N++;n ...
- sed 's/AA/BB/' file # 将文件中的AA替换成BB，只替换一行中第一次出现的AA，替换后的结果输出到屏幕 sed 's/AA/BB/g' file # 将文件中的所有AA都替换成BB，替换后的结果输出到屏幕
生信人的自我修养:Linux命令速查手册 简佐义 四川大学 生物信息学硕士 科学求真 赢 10 万奖金 · 院士面对面 209 人赞同了该文章 许多人做生物信息学,要么不重视Linux,要么不知道 ...
随机推荐
- C# Enum,Int,String的互相转换
版权声明:本文为博主原创文章,未经博主允许不得转载. Enum为枚举提供基类,其基础类型可以是除 Char 外的任何整型.如果没有显式声明基础类型,则使用Int32.编程语言通常提供语法来声明由一组已 ...
- Play Framework 完整实现一个APP（十一）
添加权限控制 1.导入Secure module,该模块提供了一个controllers.Secure控制器. /conf/application.conf # Import the secure m ...
- 0031 Java学习笔记-梁勇著《Java语言程序设计-基础篇 第十版》英语单词
第01章 计算机.程序和Java概述 CPU(Central Processing Unit) * 中央处理器 Control Unit * 控制单元 arithmetic/logic unit /ə ...
- Hibernate注解----关联映射注解以及课程总结详解----图片版本
上一篇,记录了Hibernate注解----类级别注解以及属性注解详解 ,我们这一节主要讲解的是Hibernate注解----关联映射注解以及课程总结详解. 本节的主要内容: 第3章 关联映射注解 3 ...
- win10磁盘100%解决办法
控制面板-管理工具-服务 找到“HomeGroupListener”服务,双击打开或右键单击“属性”命令. 在弹出属性界面窗口,在常规选项卡单击启动类型的下拉框,出来的列表选择“禁用”.然后在服务状态 ...
- class.c 添加中文注释（1）
注释仅代表个人理解,仅供参考. /* * class.c - basic device class management * * Copyright (c) 2002-3 Patrick Mochel ...
- Ubuntu 部署Postgresql
安装组件 客户端安装 sudo apt-get install postgresql-client 服务器安装 sudo apt-get install postgresql postgresql-c ...
- Android(Linux)控制GPIO方法二
前文<Android(Linux)控制GPIO的方法及实时性分析>主要使用Linux shell命令控制GPIO,该方法可在调试过程中快速确定GPIO硬件是否有问题,即对应的GPIO是否受 ...
- POJ1201 Intervals[差分约束系统]
Intervals Time Limit: 2000MS Memory Limit: 65536K Total Submissions: 26028 Accepted: 9952 Descri ...
- 转: Protobuf 的 proto3 与 proto2 的区别
Protobuf 的 proto3 与 proto2 的区别 On 2015-07-17 19:16:00 By Soli Protobuf 的 proto3 与 proto2 的区别 这是一 ...