【转】Fst指数
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群体遗传学--Fst指数,即群体间分化指数,用于群体间分化分析。
Pi主要用来衡量每个site的nucleotide divergency。
这几个参数同样可以通过vcftools来计算:
vcftools:
vcftools --vcf test.vcf --window-pi 3000 --out Tenera
vcftools --vcf test.vcf --TajimaD 3000 --out Tenera
vcftools --vcf test.vcf --weir-fst-pop A2.txt --weir-fst-pop A134567.txt --fst-window-size 3000 --out A2.all.Fst
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