zcat|subprocess.check_all|subprocess.Popen|gzip|readline()
#!/usr/bin/python from subprocess import check_call
import subprocess
import gzip
'''
$ zcat 160121_I133_FCH5LL5BBXX_L8_RSZADPI007179-107_2.fq.gz |head -4 >o3
$ cat o3
@K00133:143:H5LL5BBXX:8:1101:1194:1103 2:N:0:NCGCCGTG
NAAGGAGAAGTTCCCATAGCAACAGCACCATTTTTTCCAGGGAAAAGGAGGAAAGAATCAAGGATGCGAAAGAGGGAATCAAAGCAGCTTAAGGGATATAAAAAAAACAGGGATTGTTCATGAATTATGGACAAGGCAGCTGAGAATTCC
+
#AAFFJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJA-<7-77A<7AJJF<AJJJJJF7JFAJF7AJJFJJJJJJJFF-AFJFJJJJJ--FFJJJJJJAAJFF<AJJJJJF777-----<-7F7-<--<<<<<7F<--7)--A7FF--<7 '''
p1=subprocess.Popen('cat o3',shell=True,stdout=subprocess.PIPE)
p2=subprocess.Popen('head -4',shell=True,stdin=p1.stdout,stdout=subprocess.PIPE)
print 'oneline:',p2.stdout.readline()
print 'oneline:',p2.stdout.readline()
print 'onefile:',p2.stdout.read() '''
oneline: @K00133:143:H5LL5BBXX:8:1101:1194:1103 2:N:0:NCGCCGTG oneline: NAAGGAGAAGTTCCCATAGCAACAGCACCATTTTTTCCAGGGAAAAGGAGGAAAGAATCAAGGATGCGAAAGAGGGAATCAAAGCAGCTTAAGGGATATAAAAAAAACAGGGATTGTTCATGAATTATGGACAAGGCAGCTGAGAATTCC onefile: +
#AAFFJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJA-<7-77A<7AJJF<AJJJJJF7JFAJF7AJJFJJJJJJJFF-AFJFJJJJJ--FFJJJJJJAAJFF<AJJJJJF777-----<-7F7-<--<<<<<7F<--7)--A7FF--<7 ''' '''
$ zcat 1.txt.gz
111111111111111
yyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyy
jjjjjjjjjjjjjjjjjj
nnnnnnnnnnnn
111111111111111111
'''
check_call('zcat 1.txt.gz |head -4',shell=True) '''
111111111111111
yyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyy
jjjjjjjjjjjjjjjjjj
nnnnnnnnnnnn
'''
f= gzip.open('1.txt.gz','rb')
line = f.readline()
print line '''
111111111111111 '''
zcat|subprocess.check_all|subprocess.Popen|gzip|readline()的更多相关文章
- Python第十一天 异常处理 glob模块和shlex模块 打开外部程序和subprocess模块 subprocess类 Pipe管道 operator模块 sorted函数 os模块 hashlib模块 platform模块 csv模块
Python第十一天 异常处理 glob模块和shlex模块 打开外部程序和subprocess模块 subprocess类 Pipe管道 operator模块 sorted函 ...
- python 标准库 -- subprocess
subprocess 主要功能室执行外部的命令和程序 一个进程可 fork 一个子进程, 并让这个子进程 exec 另外一个程序. 在 python 中, 可以通过标准库中的 subprocess 包 ...
- python中的subprocess.Popen()使用
python中的subprocess.Popen()使用 从python2.4版本开始,可以用subprocess这个模块来产生子进程,并连接到子进程的标准输入/输出/错误中去,还可以得到子进程的返回 ...
- python subprocess.Popen 控制台输出 实时监控百度网ping值
import subprocess file_out = subprocess.Popen('ping www.baidu.com', shell=True, stdout=subprocess.PI ...
- python中的subprocess.Popen()使用详解---以及注意的问题(死锁)
从python2.4版本开始,可以用subprocess这个模块来产生子进程,并连接到子进程的标准输入/输出/错误中去,还可以得到子进程的返回值. subprocess意在替代其他几个老的模块或者函数 ...
- Python subprocess.Popen communicate() 和wait()使用上的区别
之所以会纠结到这个问题上是因为发现在调用Popen的wait方法之后程序一直没有返回.google发现wait是有可能产生死锁的.为了把这个问题彻底弄清楚,搜索一些资料过来看看: 原文链接:http: ...
- python中subprocess.Popen.poll
import subprocess proc = subprocess.Popen(['python', 'test.py'], stdout=subprocess.PIPE) while 1: pr ...
- Python多进程(1)——subprocess与Popen()
Python多进程方面涉及的模块主要包括: subprocess:可以在当前程序中执行其他程序或命令: mmap:提供一种基于内存的进程间通信机制: multiprocessing:提供支持多处理器技 ...
- Python用subprocess的Popen来调用系统命令
当我们须要调用系统的命令的时候,最先考虑的os模块.用os.system()和os.popen()来进行操作.可是这两个命令过于简单,不能完毕一些复杂的操作,如给执行的命令提供输入或者读取命令的输出, ...
随机推荐
- python counter、闭包、generator、解数学方程、异常
1.counter 2.闭包 3.generator 4.解数学方程 5.异常 1.python库——counter from collections import Counter breakfast ...
- redis官网下载自动安装脚本
注释:使用方法为 # ./redis.sh version ----version为官网版本号 #!/bin/bashversion=$1serverurl='download. ...
- 如何编译生成 mkfs.ubifs、ubinize 工具
参考文档: 1.<CoM335X linux开发指南.pdf>的附件1 2.ubifs的制作,移植的重点详解(使用交叉编译器) 3.UBIFS文件系统简介 与 利用mkfs.ubifs和u ...
- JAVA初学者——Hello,World!
大家好,我是浩宇大熊猫 我本科专业学的是GIS(Geographical Information System),大学期间也学习了很多的编程语言,有C/C++/JAVA等 之前给我们授课的是韩冰老师, ...
- D语言-运算符
Part 0:概念 表达式:表达式是由非赋值运算符或特殊运算符和值组成的,每个表达式都可以计算出一个值 Part 1:非赋值运算符 §1.1 基本的运算符 基本的运算符有+,-,*,/,% 我相信你除 ...
- 【转帖】使用容器化和 Docker 实现 DevOps 的基础知识
使用容器化和 Docker 实现 DevOps 的基础知识 https://www.kubernetes.org.cn/6730.html 2020-02-24 15:20 灵雀云 分类:容器 阅读( ...
- 从编程实现角度学习Faster R-CNN(附极简实现)
https://www.jianshu.com/p/9da1f0756813 从编程实现角度学习Faster R-CNN(附极简实现) GoDeep 关注 2018.03.11 15:51* 字数 5 ...
- mqtt+htttp+websocket
一.介绍 1.参考网址1:WebSocket协议:5分钟从入门到精通 2.参考网址2:WebSocket 教程(阮一峰) 二.应用 1.参考网址1:从 HTTP 到 MQTT:一个移动后端案例概述 2 ...
- vue中报错Props with type Object/Array must use a factory function to return the default value
Invalid default value for prop "value": Props with type Object/Array must use a factory fu ...
- 下载安装MySQL(MacOS)
在安装MySQL服务器之前,首先要做的事情就是去MySql的官网下载适合自己系统的MySQL版本 https://www.mysql.com/ 点击上方的DOWNLOAD 拉到屏幕最底部选择MySQL ...