Bowtie2的安装与使用
 2017-06-15 18:58:52     342     0     0

Bowtie2用来快速比对短reads(50-100bp)与参考基因组,与常规的比对软件不同的是(如blast),Bowtie在比对比较短的reads(less than 1024 base) 与 较大的参考(基因组) 时效果更好,也更快。

许多其他的软件经常会调用Bowtie ,如常见的 TopHat , Cufflinks 等

  1. Read:      GACTGGGCGATCTCGACTTCG
  2. |||||  |||||||||| |||
  3. Reference: GACTG--CGATCTCGACATCG

与Bowtie1的区别

  1. For reads longer than about 50 bp Bowtie 2 is generally faster, more sensitive, and uses less memory than Bowtie 1. For relatively short reads (e.g. less than 50 bp) Bowtie 1 is sometimes faster and/or more sensitive. B

  2. Bowtie 2 supports gapped alignment with affine gap penalties. Number of gaps and gap lengths are not restricted, except by way of the configurable scoring scheme. Bowtie 1 finds just ungapped alignments.

  3. Bowtie 2 supports local alignment, which doesn't require reads to align end-to-end. Local alignments might be "trimmed" ("soft clipped") at one or both extremes in a way that optimizes alignment score. Bowtie 2 also supports end-to-end alignment which, like Bowtie 1, requires that the read align entirely.

  4. There is no upper limit on read length in Bowtie 2. Bowtie 1 had an upper limit of around 1000 bp.

  5. Bowtie 2 allows alignments to overlap ambiguous characters (e.g. Ns) in the reference. Bowtie 1 does not.

  6. Bowtie 2 does away with Bowtie 1's notion of alignment "stratum", and its distinction between "Maq-like" and "end-to-end" modes. In Bowtie 2 all alignments lie along a continuous spectrum of alignment scores where the scoring scheme, similar to Needleman-Wunsch and Smith-Waterman.

  7. Bowtie 2's paired-end alignment is more flexible. E.g. for pairs that do not align in a paired fashion, Bowtie 2 attempts to find unpaired alignments for each mate.

  8. Bowtie 2 reports a spectrum of mapping qualities, in contrast for Bowtie 1 which reports either 0 or high.

  9. Bowtie 2 does not align colorspace reads.

Bowtie2的参数与基因组索引(index of genome)的格式都与Bowtie1不同

Bowtie的一些参数解释(常见的),具体的见官方手册

End to end alignment versus local alignment

End to end (全局比对)举例:

local alignment example (局部比对)举例

默认情况下,Bowtie2进行全局比对,也称作 "untrimmed " or "unclopped" alignment 

也可以使用参数 --local 进行局部比对,此时Bowtie2 可能会 "trim" or "clip" 短序列的首部或者尾部来最大化比对分数,分数越高,相似度越高。

比对的具体计分规则

软件有默认的分数阈值,当一个比对的分数达到或超过这个阈值时,则认为是一个“有效” 的比对

全局比对默认值为:-0.6 + -0.6×read length

局部比对: 20 + 8.0 × ln(read length)

可以使用 --score-min 来设定阈值

Mapping quality : higher = more unique

因为基因组中存在着大量的重复序列,所以当一个read来自与多个重复或者相似的基因时,Bowtie2无法确定这个read到底来自于哪个基因。

所以Bowtie2用 mapping quality 来代表一个read来自于某个基因的确信度 :Q = -10 log 10p

在SAM文件中后缀为 MAPQ

align paired-end inputs

Bowtie2支持常见的由测序仪产生的paired-end or mate-pair reads,使用参数 -1   -2 来表示一对pair-end 也就是双端测序的reads,同时产生2个SAM文件。

参数 --ff --fr --rf用来指双端测序两个reads的方向

参数 -I /-X 来设定双端测序两个reads之间的距离(该设定会使Bowtie2的速度变慢),也叫作(outer distance

By default, Bowtie 2 searches for both concordant and discordant alignments, though searching for discordant alignments can be disabled with the --no-discordant option.

所以当pair-end 没有匹配时,会将reads当做非paired-end来再次进行比对

使用参数 --no-mixed 来取消这一默认设定

结果解读

通常情况下,Bowtie2在寻找到一个有效比对后,还会继续寻找分值相等或者更高的比对(贪婪),reads可能map到多个不同位置,而Bowtie2只会输出分值最高的一个。当有多个分值相同的比对时,使用产生“伪随机数”的方法来决定输出哪一个

参数:-D   设置动态规划问题的上限

参数:-R   设置Bowtie2 继续寻找的最大时间         (一般不要修改,可能会错失比对)

参数 -k  会报告每一个找到的有效比对,后加整数可以规定数目,找到的比对没有特定的顺序

参数 -a 报告每一个找到的有效比对,不加上限

Ambiguous characters

除了"ACGT"意外的任意非空白字符都被认为是 "ambiguous"。

"N"是参考基因组常见的一个 ambiguous字符,Bowtie2将参考基因组的所有ambiguous字符都当做"N"

参数 --np/ --n-ceil 设置允许ambiguous字符的上限

Bowtie2本身包含了许多预设,见documentation for the preset options

Bowtie2的安装与使用的更多相关文章

  1. bowtie2 Linux安装

    目前最新版本为2.3.2,网址为:https://sourceforge.net/projects/bowtie-bio/files/bowtie2/2.3.2 安装分为简单的下载可执行文件和源编译安 ...

  2. 安装生物信息学软件-bowtie2

    好吧,这是本周(2016.10.21-28)的学习任务之一:安装bowtie2并学习其使用方法&参数设置 所以,啃文档咯,官方文档Version 2.2.9 http://bowtie-bio ...

  3. 安装生物信息学软件-MetaPhlAn2

    上周20161021-20161028的任务还没有搞完,所以今天来填坑(微笑脸) ××××××××××××××××××××我是萌萌哒分割线××××××××××××××××××××××××××××××× ...

  4. 安装生物信息学软件-Samtools

    装完Bowtie2,官方文档给出的栗子说可以玩一玩samtools,所以我入个坑 参考这篇http://m.010lm.com/roll/2016/0620/2343389.html Step 1: ...

  5. tophat安装

    1     依赖软件:bowtie,bowtie2,samtools,boost c++ library 2     建立索引文件:      bowtie包括bowtie,bowtie-build, ...

  6. 生物信息学工具--bowtie&bowtie2

    Bowtie和Bowtie2使用 [怪毛匠子整理] Source URL: http://www.bbioo.com/lifesciences/40-112837-1.html Bowtie和Bowt ...

  7. 30、 bowtie和bowtie2使用条件区别及用法

    转载:http://blog.csdn.net/soyabean555999/article/details/62235577 一.转录组还是基因组? map常用的工具有bowtie/bowtie2, ...

  8. docker——容器安装tomcat

    写在前面: 继续docker的学习,学习了docker的基本常用命令之后,我在docker上安装jdk,tomcat两个基本的java web工具,这里对操作流程记录一下. 软件准备: 1.jdk-7 ...

  9. 网络原因导致 npm 软件包 node-sass / gulp-sass 安装失败的处理办法

    如果你正在构建一个基于 gulp 的前端自动化开发环境,那么极有可能会用到 gulp-sass ,由于网络原因你可能会安装失败,因为安装过程中部分细节会到亚马逊云服务器上获取文件.本文主要讨论在不变更 ...

随机推荐

  1. js高级-浏览器事件循环机制Event Loop

    JavaScript 是队列的形式一个个执行的 同一时间只能执行一段代码,单线程的  (队列的数据结构) 浏览器是多线程的 JavaScript执行线程负责执行js代码 UI线程负责UI展示的 Jav ...

  2. 关于log4j:WARN No appenders could be found for logger (org.apache.hadoop.metrics2.lib.MutableMetricsFactory).的问题

    解决办法(非长久之计,折中) 将该方法插入到main函数中,可以自行打印日志信息了 BasicConfigurator.configure(); //自动快速地使用缺省Log4j环境.原文链接:htt ...

  3. lua keynote2

    [lua keynote2] 1.Lua函数可以返回多个结果值,比如string.find,其返回匹配串"开始和结束的下标"(如果不存在匹配串返回nil). > s, e = ...

  4. express 中间件

    [express 中间件] 中间件(Middleware) 是一个函数,它可以访问请求对象(request object (req)), 响应对象(response object (res)), 和 ...

  5. java和c#中String

    java中: c#中: 1.拼接字符串 sql语句中 in() str="'001','002','003'";至于产生string就这样  str1="'001'&qu ...

  6. Ajax图片异步上传并回显

    1.jsp页面 <td width="20%" class="pn-flabel pn-flabel-h"></td> <td w ...

  7. Ubuntu 16.04 LTS network DIASBLED解决办法

    问题 昨天正浏览着网页,突然无法连接.但右上角的wifi信号显示仍然是连接状态.于是我尝试断开再重新连接一次,没想到刚断开就报了个内部错误,然后wifi图标直接消失了.重启后虽然有wifi图标,但无法 ...

  8. php 两个值进行比较的问题

    php手册运算符中有介绍: 比较多种类型-- 如var_dump([ ] > 0); // 结果为true 运算数 1 类型 运算数 2 类型 结果 null 或 string string 将 ...

  9. 二维数组中的查找(python)

    题目描述 在一个二维数组中(每个一维数组的长度相同),每一行都按照从左到右递增的顺序排序,每一列都按照从上到下递增的顺序排序.请完成一个函数,输入这样的一个二维数组和一个整数,判断数组中是否含有该整数 ...

  10. linux 日常实用操作

    [Tab]接在一串指令的第一个字的后面,为[命令补全] [Tab]接在一串命令的第二个字以后时,则为[文件补全] 若安装bash-completion 软件,则在某些指令后面使用[Tab]按键时,可以 ...