使用MySQL制作SNP146数据库
SNP数据(txt)文件可以在此下载:http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/database/
下载、解压data之后,启动MySQL server,登录进入MySQL
# create database
create database snp146all
use snp146all # create table:这一步的MySQL script文件可以在上面提到的网站下载
DROP TABLE IF EXISTS `snp146`;
/*!40101 SET @saved_cs_client = @@character_set_client */;
/*!40101 SET character_set_client = utf8 */;
CREATE TABLE `snp146` (
`bin` smallint(5) unsigned NOT NULL,
`chrom` varchar(31) NOT NULL,
`chromStart` int(10) unsigned NOT NULL,
`chromEnd` int(10) unsigned NOT NULL,
`name` varchar(15) NOT NULL,
`score` smallint(5) unsigned NOT NULL,
`strand` enum('+','-') NOT NULL,
`refNCBI` blob NOT NULL,
`refUCSC` blob NOT NULL,
`observed` varchar(255) NOT NULL,
`molType` enum('unknown','genomic','cDNA') NOT NULL,
`class` enum('unknown','single','in-del','microsatellite','named','mnp','insertion','deletion') NOT NULL,
`valid` set('unknown','by-cluster','by-frequency','by-submitter','by-2hit-2allele','by-hapmap','by-1000genomes') NOT NULL,
`avHet` float NOT NULL,
`avHetSE` float NOT NULL,
`func` set('unknown','coding-synon','intron','near-gene-3','near-gene-5','ncRNA','nonsense','missense','stop-loss','frameshift','cds-indel','untranslated-3','untranslated-5','splice-3','splice-5') NOT NULL,
`locType` enum('range','exact','between','rangeInsertion','rangeSubstitution','rangeDeletion','fuzzy') NOT NULL,
`weight` int(10) unsigned NOT NULL,
`exceptions` set('RefAlleleMismatch','RefAlleleRevComp','DuplicateObserved','MixedObserved','FlankMismatchGenomeLonger','FlankMismatchGenomeEqual','FlankMismatchGenomeShorter','SingleClassLongerSpan','SingleClassZeroSpan','SingleClassTriAllelic','SingleClassQuadAllelic','ObservedWrongFormat','ObservedTooLong','ObservedContainsIupac','ObservedMismatch','MultipleAlignments','NonIntegerChromCount','AlleleFreqSumNot1','SingleAlleleFreq','InconsistentAlleles') NOT NULL,
`submitterCount` smallint(5) unsigned NOT NULL,
`submitters` longblob NOT NULL,
`alleleFreqCount` smallint(5) unsigned NOT NULL,
`alleles` longblob NOT NULL,
`alleleNs` longblob NOT NULL,
`alleleFreqs` longblob NOT NULL,
`bitfields` set('clinically-assoc','maf-5-some-pop','maf-5-all-pops','has-omim-omia','microattr-tpa','submitted-by-lsdb','genotype-conflict','rs-cluster-nonoverlapping-alleles','observed-mismatch') NOT NULL,
KEY `name` (`name`),
KEY `chrom` (`chrom`,`bin`)
) ENGINE=MyISAM DEFAULT CHARSET=latin1; # load data
load data infile 'snp146.txt' into table snps fields terminated by '\t' lines terminated by '\n';
这样就制作完成!
然而,另一个问题自然而然地显现:SNP146 database大约占用20+GB的硬盘,所以,需要将其MySQL的存储用的database从default的地方移动到空间更多的地方。这个问题等待下文解决。
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