代码说明:

使用单个蛋白质的txt计算PSSM生成的结果为单个的PSSM文件。

但是由于一些原因(如蛋白质序列过长),会导致一些蛋白质txt文件无法计算出pssm,为了找到这些没有计算出pssm的蛋白质序列,写出一下代码:

import java.io.File;

/*
* 找到没计算出PSSM的文件,并输出文件名。
*/
public class find_Nullpssm {
public void searchFile(String Path) {
int N = 25103;
int count = 0;
for (int i = 1; i <= N; i++) {
String road = Path + i + ".pssm";
File file = new File(road);
if (!file.exists()) {// 存在时,返回true1
System.out.println(i);
count++;
}
}
System.out.println(count); } public static void main(String[] args) {
find_Nullpssm fi = new find_Nullpssm();
String Path = "E:\\experiment--help\\linglingbao\\pssm\\";
fi.searchFile(Path);
} }

注:

①:isFile()
public boolean isFile()测试此抽象路径名表示的文件是否是一个标准文件.如果该文件不是一个目录,并且满足其他与系统有关的标准,那么该文件是标准文件.由Java应用程序创建的所有非目录文件一定是标准文件.
返回:当且仅当此抽象路径名表示的文件存在且是一个标准文件时,返回true;否则返回false;
抛出:SecurityException,如果存在安全管理器,且其SecurityManager.checkRead(java.lang.String)方法拒绝对文件进行读访问.

exists()
public boolean exists()测试此抽象路径名表示的文件或目录是否存在.
返回:当且仅当此抽象路径名表示的文件或目录存在时,返回true;否则返回false;
抛出:SecurityException如果存在安全管理器,且其SecurityManager.checkRead(Java.lang.String)方法拒绝对文件或目录进行写访问.

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