ifort + mkl + impi （全套intel）编译安装量子化学软件GAMESS 2022 R1版本

• 说明：linux下编译软件都需要先配置好该软件依赖的系统环境。系统环境可以通过软件的安装说明了解，例如：readme.md等文件或网页。这个前提条件很重要！后面正式编译出错基本都可以归结到系统环境配置不对！

• 获取软件：GAMESS 官网：https://www.msg.chem.iastate.edu/GAMESS/download/register/，按提示通过邮箱申请获取，注意对邮箱后缀有限制，大概一到两天会有回复。

• 配置环境：

  配置的系统环境所需软件都从intel官网下载。

  • ifort ：

    • 下载软件：https://www.intel.cn/content/www/cn/zh/developer/articles/tool/oneapi-standalone-components.html#fortran

    • 运行：bash l_xxx.sh

    • 按提示选择回车

    • 配置环境变量：export PATH=$PATH:/home/t/intel/oneapi/compiler/2022.1.0/linux/bin/intel64

    • 查看版本及测试ifort：ifort --ersion 输出了版本年号就说明安装完成。这个版本号在后面的配置编译时被需要。

  • mkl：

    • 下载软件： https://registrationcenter-download.intel.com/akdlm/irc_nas/18483/l_onemkl_p_2022.0.2.136_offline.sh

    • 运行：bash l_xxx.sh

    • 按提示选择回车

  • impi：

    • 下载软件:https://registrationcenter-download.intel.com/akdlm/irc_nas/18714/l_mpi_oneapi_p_2021.6.0.602_offline.sh

    • 运行：bash l_xxx.sh

    • 按提示选择回车

  • 激活intel系统环境变量：

    在intel/oneapi目录下，bash setvars.sh

• 安装编译GAMESS

  • 解压 tar -zxf gamess-xx.tar.gz

  • 进入 cd gamess

  • 配置 ./config

    按照提示操作，输入相应内容，然后按回车键！下面是需要输入的部分留意回车后的提示

    • 输入名字：linux64（一般）回车

    • 程序版本号：选择默认的00,则直接回车。可以自设版本号。

    • fortran选取：ifort 回车

    • ifort版本： 提前通过 ifort --version 获取，本文用的ifort是2021的，所以就填 21 回车

    • 数学库选取：mkl 回车

    • mkl路径：如果intel环境变量已经激活这里会自动找到mkl的路径，直接回车就ok！如果没有激活则要手动输入mkl路径，再回车。建议提前激活好。

    • 按提示输入：procced 回车

    • 并行类型选择：sockets

    • 后面提示安装其他库：可根据自己需要填入yes 或 no ，本文所装全部填的no

  • 编译：参照解压后的文件夹下有一个README.MD文件

    • make ddi

    • make modules 加载模块

    • make -j 16 gamess -j参数可自设用于加速编译

  • 完成以上操作就会在gamess文件下生成 gamess.00.x 文件

  • 测试前准备：修改gamess文件下的rungms文件

    • 创建文件夹：mkdir src 此文件用于存放gamess运行过程中的中间文件。非必要但建议创建！

    • 修改三处，就在rungms文件的非注释部分的头部从第2到到第4行改为自己的gamess实际路径。

      原：

      set SCR=~/gamess/restart set USERSCR=~/gamess/restart set GMSPATH=~/gamess

      改为：

      set SCR=~/xxx/gamess/src set USERSCR=~/xxx/gamess/src set GMSPATH=~/xxx/gamess

      注：xxx为自己安装的实际路径(通过pwd可查看！)

  • 测试：

    • 在gamess文件夹下：./runall 00 此处一共测试48个例子。

    • 如果执行了上面命令，马上就结束了，应该就是出错了！可以通过查看一个例子的运行记录，找到出错原因！如：cat exam01.log9(完整按以上步骤操作应该不会出错，但电脑环境不同也不一定！)

  • 使用：gamess通过rungms这个脚本进行计算

    • 可以将rungms加入到.bashrc中,如下：

      在.bashrc中加入如下内容：

      export GAMESS=~/xxx/gamess/rungms

      alias gamess='~/xxx/gamess/rungms'

      然后 source .bashrc

      使用时：GAMESS exam01.inp 00 2

    • 使用时定位到rungms所在的目录(推荐)：

      ~/xxx/gamess/rungms exam01.inp 00 2

      其中：eaxm01.inp 是输入文件 ； 00是版本号，之前编译安装时输入的数字，默认就是00 ； 2 是并行核数

  • 后记：

    • 更多gamess使用，将会在后续更新。

    • 引用转载请注明出处！

    • 本文由@zhangY 创作于2022.09.05。