ifort + mkl + impi (全套intel)编译安装量子化学软件GAMESS 2022 R1版本
说明:linux下编译软件都需要先配置好该软件依赖的系统环境。系统环境可以通过软件的安装说明了解,例如:readme.md等文件或网页。这个前提条件很重要!后面正式编译出错基本都可以归结到系统环境配置不对!
获取软件:GAMESS 官网:https://www.msg.chem.iastate.edu/GAMESS/download/register/,按提示通过邮箱申请获取,注意对邮箱后缀有限制,大概一到两天会有回复。
配置环境:
配置的系统环境所需软件都从intel官网下载。
ifort :
运行:bash l_xxx.sh
按提示选择回车
配置环境变量:export PATH=$PATH:/home/t/intel/oneapi/compiler/2022.1.0/linux/bin/intel64
查看版本及测试ifort:ifort --ersion 输出了版本年号就说明安装完成。这个版本号在后面的配置编译时被需要。
mkl:
下载软件: https://registrationcenter-download.intel.com/akdlm/irc_nas/18483/l_onemkl_p_2022.0.2.136_offline.sh
运行:bash l_xxx.sh
按提示选择回车
impi:
运行:bash l_xxx.sh
按提示选择回车
激活intel系统环境变量:
在intel/oneapi目录下,bash setvars.sh
安装编译GAMESS
解压 tar -zxf gamess-xx.tar.gz
进入 cd gamess
配置 ./config
按照提示操作,输入相应内容,然后按回车键!下面是需要输入的部分留意回车后的提示
输入名字:linux64(一般)回车
程序版本号:选择默认的00,则直接回车。可以自设版本号。
fortran选取:ifort 回车
ifort版本: 提前通过 ifort --version 获取,本文用的ifort是2021的,所以就填 21 回车
数学库选取:mkl 回车
mkl路径:如果intel环境变量已经激活这里会自动找到mkl的路径,直接回车就ok!如果没有激活则要手动输入mkl路径,再回车。建议提前激活好。
按提示输入:procced 回车
并行类型选择:sockets
后面提示安装其他库:可根据自己需要填入yes 或 no ,本文所装全部填的no
编译:参照解压后的文件夹下有一个README.MD文件
make ddi
make modules 加载模块
make -j 16 gamess -j参数可自设用于加速编译
完成以上操作就会在gamess文件下生成 gamess.00.x 文件
测试前准备:修改gamess文件下的rungms文件
创建文件夹:mkdir src 此文件用于存放gamess运行过程中的中间文件。非必要但建议创建!
修改三处,就在rungms文件的非注释部分的头部从第2到到第4行改为自己的gamess实际路径。
原:
set SCR=~/gamess/restart set USERSCR=~/gamess/restart set GMSPATH=~/gamess
改为:
set SCR=~/xxx/gamess/src set USERSCR=~/xxx/gamess/src set GMSPATH=~/xxx/gamess
注:xxx为自己安装的实际路径(通过pwd可查看!)
测试:
在gamess文件夹下:./runall 00 此处一共测试48个例子。
如果执行了上面命令,马上就结束了,应该就是出错了!可以通过查看一个例子的运行记录,找到出错原因!如:cat exam01.log9(完整按以上步骤操作应该不会出错,但电脑环境不同也不一定!)
使用:gamess通过rungms这个脚本进行计算
可以将rungms加入到.bashrc中,如下:
在.bashrc中加入如下内容:
export GAMESS=~/xxx/gamess/rungms
alias gamess='~/xxx/gamess/rungms'
然后 source .bashrc
使用时:GAMESS exam01.inp 00 2
使用时定位到rungms所在的目录(推荐):
~/xxx/gamess/rungms exam01.inp 00 2
其中:eaxm01.inp 是输入文件 ; 00是版本号,之前编译安装时输入的数字,默认就是00 ; 2 是并行核数
后记:
更多gamess使用,将会在后续更新。
引用转载请注明出处!
本文由@zhangY 创作于2022.09.05。
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