学习笔记44—Linux下安装freesurfer
第一步:安装ubuntu (略过)
第二步:下载freesurfer:从freesurfer的官方网站上下载:http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/Download ,此处下载的是freesurfer-Linux-centos6_x86_64-stable-pub-v5.3.0.tar.gz
第三歩:安装freesurfer:
1)把freesurfer的安装包复制到 /usr/local; 在终端输入:cp freesurfer所在位置 /usr/local
2) 进入 /usr/local,解压freesurfer文件,输入 sudo tar -zxvf 文件名(如:sudo tar -zxvf freesurfer-Linux-centos6_x86_64-stable-pub-v5.3.0.tar.gz)
3) 安装tcsh (if not), 输入:sudo apt-get install tcsh; 完成后输入tcsh,不报错的话就没问题了。
4)配置环境变量:输入:sudo gedit /etc/profile,在最后一行加入:export FREESURFER_HOME=/usr/local/freesurfer
5) sudo gedit /etc/bash.bashrc 在最后一行加入:
export FREESURFER_HOME=/usr/local/freesurfer
source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.sh
6) 把注册时给的license文件复制到/usr/local/freesurfer里面
邮件内容如:
Here is your FreeSurfer license. Place the four lines between theCUT HERE markers in a file named "license.txt" in the directory pointed toby the $FREESURFER_HOME environment variable (see the FreeSurfer documentation).
#---------------CUT HERE---------------
xxxxxx
xxxxx
xxxxx
xxxxx
#---------------CUT HERE---------------
PS:如果未注册就点击:http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/registration.html
7)分别输入:tkregister2、tkmedit、tksurfer 和recon-all --help没有报错的话 就说明基本安装成功了。
8)输入:recon-all -s bert -autorecon1
等一段时间,出现“recon-all -s bert finished without error at Sat Oct 11 10:07:49 CST 2014 done”
至此,大功告成!!!
其它:由于是ubuntu12.04的操作系统,所以可能会出现以下情况:“qdec.bin: error while loading shared libraries: libjpeg.so.62: cannot open shared object file: No such file or directory”
解决方案:sudo ln -s /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libjpeg.so.8.0.2 /usr/lib/libjpeg.so.62
reference:
1) http://52brain.com/forum.php?mod=viewthread&action=printable&tid=8723 (http://blog.sina.com.cn/s/blog_594168770101i52v.html)
2) http://wenku.baidu.com/link?url=86-qaV4F97xzdXtlFbXMztEyLij2Y6tTE5Zr5MY8I5lbKSPwRIpWWAcQ_ipLxRPLnknqeu5L9jR0xyuzAgaZq-EK7Jap7cdc8tBlC8OjVW3
3) https://blog.csdn.net/lj695242104/article/details/39988687
4)http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/registration.html
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