探索gff/gtf格式
参考:
Generic Feature Format Version 3 (GFF3)
先下载一个 gtf 文件浏览一下
1 havana gene 11869 14409 . + . gene_id "ENSG00000223972"; gene_version "5"; gene_name "DDX11L1"; gene_source "havana"; gene_biotype "transcribed_unprocessed_pseudogene"; havana_gene "OTTHUMG00000000961"; havana_gene_version "2";
1 havana transcript 11869 14409 . + . gene_id "ENSG00000223972"; gene_version "5"; transcript_id "ENST00000456328"; transcript_version "2"; gene_name "DDX11L1"; gene_source "havana"; gene_biotype "transcribed_unprocessed_pseudogene"; havana_gene "OTTHUMG00000000961"; havana_gene_version "2"; transcript_name "DDX11L1-002"; transcript_source "havana"; transcript_biotype "processed_transcript"; havana_transcript "OTTHUMT00000362751"; havana_transcript_version "1"; tag "basic"; transcript_support_level "1";
有一个 R 的版本,可以看一看:R的bioconductor包TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene详解
另外,看看 Bioconductor的数据包library(org.Hs.eg.db)简介,了解一些基本的常识。
探索gff/gtf格式的更多相关文章
- gff/gtf格式
1)gff3及gtf2简介 一个物种的基因组测序完成后,需要对这些数据进行解读,首先要先找到这些序列中转录起始位点.基因.外显子.内含子等组成元件在染色体中的位置信息(即注释)后才能再进行深入的分析. ...
- 探索 DWARF 调试格式信息
https://www.ibm.com/developerworks/cn/aix/library/au-dwarf-debug-format/ 简介 DWARF(使用有属性的记录格式进行调试 )是许 ...
- (转) gffcompare和gffread | gtf | gff3 格式文件的分析 | gtf处理 | gtfparse
工具推荐:https://github.com/openvax/gtfparse 真不敢相信,Linux自带的命令会这么强大,从gtf中提取出需要的transcript,看起来复杂,其实一个grep就 ...
- GTF/GFF文件的差异及其相互转换
我们在做生物分析的时候,经常会碰到GFF格式的文件以及GTF格式的注释文件.他们有着相似的名字,甚至连内容都极为相似~那么,他们究竟差在哪里呢? GFF全称为general feature forma ...
- 关于基因组注释文件GTF的解释
GTF文件的全称是gene transfer format,主要是对染色体上的基因进行标注.怎么理解呢,其实所谓的基因名,基因座等,都只是后来人们给一段DNA序列起的名字而已,还原到细胞中就是细胞核里 ...
- 如何使用SnpEff 对SNP结果进行分析
SnpEff is a variant annotation and effect prediction tool. It annotates and predicts the effects of ...
- 【转录组入门】6:reads计数
作业要求: 实现这个功能的软件也很多,还是烦请大家先自己搜索几个教程,入门请统一用htseq-count,对每个样本都会输出一个表达量文件. 需要用脚本合并所有的样本为表达矩阵.参考:生信编程直播第四 ...
- tophat的用法
概述:tophat是以bowtie2为核心的一款比对软件. tophat工作分两步: 1.将reads用bowtie比对到参考基因组上. 2.将unmapped-reads打断成更小的fragment ...
- Augustus指南(Trainning部分)
Augustus指南 官方 Tutorial Index Augustus是一个真核生物基因预测软件,目前有网页服务端和本地版,它基于Hidden-Markov Model(隐马尔科夫链模型HMM)( ...
随机推荐
- C# 将字节流转换为图片的实例方法(转)
代码如下: usingSystem; usingSystem.Collections.Generic; usingSystem.Linq; usingSystem.Text; usingSystem. ...
- 微信公众号为什么要加粉?流量,广告,KPI,吸粉,增粉
微信公众号为什么要加粉?流量,广告,KPI,吸粉,增粉 1.曾有人这样比喻:当你的粉丝超过100人时,你就像是一本内刊:超过1000人,你就像个布告栏:超过1万人,你就好比一本杂志:超过10万人,你就 ...
- Jquery图片上传组件,支持多文件上传
Jquery图片上传组件,支持多文件上传http://www.jq22.com/jquery-info230jQuery File Upload 是一个Jquery图片上传组件,支持多文件上传.取消. ...
- SpringBoot之统一异常处理
异常,不仅仅是程序运行状态的描述,还可以使得代码编写更加的规范 1.自定义异常:FieldValueInvalidException package com.geniuses.sewage_zer ...
- 热心网友设计出更美的Windows 10开始菜单
开始菜单应该算是Windows操作系统的标志之一,Win8时微软曾做了大刀阔斧的改革,没想到招致一片负面评价,最终紧急推出了Win8.1系统. Win10推出后,微软等于整合了磁贴和传统风格,但也做不 ...
- java网络基础知识的简述
TCP/UDP的介绍 TCP协议:面向连接的,字节流无差错地传输协议. UDP协议:一个不可靠的无连接的数据传输协议. 说明:TCP可以想象成电话通讯,双方在通话时必须建立连接,一方没听清,会要求对方 ...
- SIFT特征原理简析(HELU版)
SIFT(Scale-Invariant Feature Transform)是一种具有尺度不变性和光照不变性的特征描述子,也同时是一套特征提取的理论,首次由D. G. Lowe于2004年以< ...
- 0xc0000005:读取位置时发生访问冲突
这是空指针,比如: A* a=NULL; a->fun();//会提示标题错误,因为a没有分配空间
- DSDS,双模,双卡,双待,单待,双通,单通,概念及相互关系?【转】
本文转载自:https://blog.csdn.net/dirk_it/article/details/7178058?utm_source=blogxgwz9 DSDS:双卡双待 DualSimDu ...
- object Add(object Before, object After, object Count, object Type);
[表达式] .Add(Before, After, Count, Type) [表达式] 一个代表 Sheets 对象的变量. Before指定工作表的对象,新建的工作表将置于此工作表之前. Afte ...