fastq to tasta using linux shell script
#!/bin/bash
usage()
{ echo " "; echo "#################################################"; echo " ";
printf "# "; echo "Usage: ./`basename $0` -i input.fa -o out.fa"
echo " "; echo "#################################################"; echo " ";
exit 1
}
[ $# -eq 0 ] && usage
while getopts :i:o: OPTION
do
case $OPTION in
i)
input_file=$OPTARG
;;
o)
output_file=$OPTARG
;;
\?)
usage
;;
esac
done
awk '{if (NR%4==1) {print ">" substr($0,2)}}{if (NR%4==2) {print}}' $input_file > $output_file
time ./awk_fq_to_fa.sh -i ../sample_data/fastQ_data/reads.left.fq -o test.fa
real 0m0.065s
user 0m0.039s
sys 0m0.014s
time perl fastQ_to_fastA.pl -I ../sample_data/fastQ_data/reads.left.fq > test_1.fa
real 0m1.562s
user 0m1.550s
sys 0m0.004s
fastq to tasta using linux shell script的更多相关文章
- 一个改动配置文件的linux shell script
不久以前,以前搜到一篇博客是读取配置文件的,http://www.cnblogs.com/bo083/archive/2012/11/19/2777076.html,用到如今,感觉十分方便.感谢作者. ...
- Linux shell script All In One
Linux shell script All In One refs xgqfrms 2012-2020 www.cnblogs.com 发布文章使用:只允许注册用户才可以访问!
- Linux Shell Script目录
目录 Linux Shell基础 开始Shell编程 代码 示例代码查看:https://github.com/Furzoom/demo-C/tree/master/src/shell
- Linux shell Script初识
shell secript: 执行方式的差异: ./ sh执行都是在创建一个子程序来执行,只会继承环境变量, 其中的变量如果export声明,子程序的子程序会继承,不会升级为环境变量 source 的 ...
- (copy) Shell Script to Check Linux System Health
source: http://linoxide.com/linux-shell-script/shell-script-check-linux-system-health/ This article ...
- Shell script for logging cpu and memory usage of a Linux process
Shell script for logging cpu and memory usage of a Linux process http://www.unix.com/shell-programmi ...
- (原创)鸟哥linux学习script shell相关笔记
在使用鸟哥linux进行script shell学习的过程中碰到一些不太明白的知识点,在这里进行一些记录 1. [root@www scripts]# vi sh03.sh #!/bin/bash # ...
- linux基础之Shell Script入门介绍
本文介绍下,学习shell script编程的入门知识,通过几个入门实例,带领大家走进shell script的神圣殿堂,呵呵,有需要的朋友参考下. 本文转自:http://www.jbxue.com ...
- “windows的批处理”与“Linux的shell script”的类比学习
从2005年开始,做了将近10年的系统维护,先是做网络接入管理,然后做网络安全与审计,然后做服务器管理等整个网络系统的运营管理:现在又兼着做一些Linux下的视频监控系统的软硬件维护.过程中遇到太多重 ...
随机推荐
- 如何查看文件是dos格式还是unix格式的?
一.背景 由于windows和linux对换行的标识不一样,不同系统的代码传递导致代码格式的改变中可能会带来程序无法正常编译通过的问题.因此根据一些编译的错误提示,可以定位到是文件格式的问题,要对程序 ...
- ipone5 无法安装ipa软件
iphone5s软件无法安装解决方法一,点击设置 - 通用 - 访问限制,先关闭“安装应用程序”选项,再打开,把后台应用程序刷新也关了,测试. iphone5s软件无法安装解决方法二,点击设置 - 通 ...
- 截取视图某一段另存为部分视图(Partial View)
在做ASP.NET MVC后台管理程序时,根据程序需要,Isus.NET需要实现一个功能,就是动态截取视图某一段另存为部分视图Partial View. 思路为在视图中,使用jQury的程序截图以及P ...
- C#TCP通讯框架
开源的C#TCP通讯框架 原来收费的TCP通讯框架开源了,这是一款国外的开源TCP通信框架,使用了一段时间,感觉不错,介绍给大家 框架名称是networkcomms 作者开发了5年多,目前已经停止开发 ...
- log4j2 与 spring mvc整合
log4j2不仅仅是log4j的简单升级,而是整个项目的重构,官网地址:http://logging.apache.org/log4j/2.x/,大家可以从官网的介绍看出它相比log4j第1代的种种优 ...
- WebApp:如何让安卓的webview缓存webapp的html、js和图片等资源
一.开发环境 客户端:安卓+webview(vuejs) 服务器端:tomcat 8.0 二.问题 使用安卓原生+web(基于webpack+vuejs)的方式开发了一个安卓应 ...
- QTableView 一列添加两个按钮
在QTableView的一列里添加两个按钮,之前添加一个按钮的思路是一样的,只是计算了一下按钮的宽,放两个按钮而已. 添加一个按钮的例子:QTableView 添加按钮 本例源代码:QtTowButt ...
- unity3d Vector3.Lerp解析
Vector3.Lerp:http://www.ceeger.com/Script/Vector3/Vector3.Lerp.html 手册中描述的不是很详细,什么叫“按照数字t在from到to之间插 ...
- 文本 To 音频
文本 To 音频 TextToSpeech介绍 TextToSpeech,简称 TTS,是Android 1.6版本中比较重要的新功能.将所指定的文本转成不同语言音频输出.它可以方便的嵌入到游戏或 ...
- 转一篇关于如何在Unity里使用Protobuf
原帖地址: http://purdyjotut.blogspot.com/2013/10/using-protobuf-in-unity3d.html 先转过来,等时间合适了,再来收拾 Using P ...