fastq to tasta using linux shell script
#!/bin/bash
usage()
{ echo " "; echo "#################################################"; echo " ";
printf "# "; echo "Usage: ./`basename $0` -i input.fa -o out.fa"
echo " "; echo "#################################################"; echo " ";
exit 1
}
[ $# -eq 0 ] && usage
while getopts :i:o: OPTION
do
case $OPTION in
i)
input_file=$OPTARG
;;
o)
output_file=$OPTARG
;;
\?)
usage
;;
esac
done
awk '{if (NR%4==1) {print ">" substr($0,2)}}{if (NR%4==2) {print}}' $input_file > $output_file
time ./awk_fq_to_fa.sh -i ../sample_data/fastQ_data/reads.left.fq -o test.fa
real 0m0.065s
user 0m0.039s
sys 0m0.014s
time perl fastQ_to_fastA.pl -I ../sample_data/fastQ_data/reads.left.fq > test_1.fa
real 0m1.562s
user 0m1.550s
sys 0m0.004s
fastq to tasta using linux shell script的更多相关文章
- 一个改动配置文件的linux shell script
不久以前,以前搜到一篇博客是读取配置文件的,http://www.cnblogs.com/bo083/archive/2012/11/19/2777076.html,用到如今,感觉十分方便.感谢作者. ...
- Linux shell script All In One
Linux shell script All In One refs xgqfrms 2012-2020 www.cnblogs.com 发布文章使用:只允许注册用户才可以访问!
- Linux Shell Script目录
目录 Linux Shell基础 开始Shell编程 代码 示例代码查看:https://github.com/Furzoom/demo-C/tree/master/src/shell
- Linux shell Script初识
shell secript: 执行方式的差异: ./ sh执行都是在创建一个子程序来执行,只会继承环境变量, 其中的变量如果export声明,子程序的子程序会继承,不会升级为环境变量 source 的 ...
- (copy) Shell Script to Check Linux System Health
source: http://linoxide.com/linux-shell-script/shell-script-check-linux-system-health/ This article ...
- Shell script for logging cpu and memory usage of a Linux process
Shell script for logging cpu and memory usage of a Linux process http://www.unix.com/shell-programmi ...
- (原创)鸟哥linux学习script shell相关笔记
在使用鸟哥linux进行script shell学习的过程中碰到一些不太明白的知识点,在这里进行一些记录 1. [root@www scripts]# vi sh03.sh #!/bin/bash # ...
- linux基础之Shell Script入门介绍
本文介绍下,学习shell script编程的入门知识,通过几个入门实例,带领大家走进shell script的神圣殿堂,呵呵,有需要的朋友参考下. 本文转自:http://www.jbxue.com ...
- “windows的批处理”与“Linux的shell script”的类比学习
从2005年开始,做了将近10年的系统维护,先是做网络接入管理,然后做网络安全与审计,然后做服务器管理等整个网络系统的运营管理:现在又兼着做一些Linux下的视频监控系统的软硬件维护.过程中遇到太多重 ...
随机推荐
- Android 下载网络图片保存到本地
通过网络地址获取网络图片,点击下载将图片显示出来,然后点击图片将图片保存到本地. 首先需要在manifest上添加一些权限: <!-- 访问网络的权限 --> <uses-permi ...
- AndroidStudio 混淆打包
AndroidStudio中的项目可以用compile的形式引入github上的开 源项目,可以引用module,而不一定都要用libs文件夹中添加jar包的形式.在最终realease打包时,混淆的 ...
- 改变图片的颜色,UIImage改变颜色
定义 #import <UIKit/UIKit.h> @interface UIImage (ChangeImageColor) /** * 改变图片的颜色 * * @param tint ...
- MySql MyISAM和InnoDB的区别
MyISAM:这个是默认类型,它是基于传统的ISAM类型,ISAM是Indexed Sequential Access Method (有索引的 顺序访问方法) 的缩写,它是存储记录和文件的标准方法. ...
- Cordova - 使用Cordova开发iOS应用实战5(获取手机里照片,并编辑)
使用Cordova可以很方便的通过js代码读取系统相簿里面的照片,同使用设备摄像头拍照一样,同样需要先添加camera插件. 一,添加camera插件 首先我们要在“终端”中进入工程所在的目录,然后运 ...
- 经典算法和OJ网站(开发者必备-转)
一. Online Judge简介: Online Judge系统(简称OJ)是一个在线的判题系统.用户可以在线提交程序多种程序(如C.C++.Pascal)源代码,系统对源代码进行编译和执行,并通过 ...
- jinja模版
实现不同机器的差异化配置 把apache监听的端口统一改为8080 把配置文件files/httpd.conf 文件做成模版 修改lamp.sl ...
- react native中的欢迎页(解决首加载白屏)
参照网页: http://blog.csdn.net/fengyuzhengfan/article/details/52712829 首先是在原生中写一些方法,然后通过react native中js去 ...
- flex布局模式简单概述
CSS3中新增一种弹性布局模型:flexbox.网上关于flex的介绍很多,这里介绍下常用的几个属性.弹性布局的特点是非常灵活.可根据剩余的宽高,灵活布局. 先用图片说明flex具有哪些属性.(网上盗 ...
- Android -- Adapter
体系 public interface Adapter----0层(表示继承体系中的层次) public interface ExpandableListAdapter---(无所谓层次因为没有其他 ...