Cookiecutter 使用
1.需求
①make
②gcc 4.7以上
③python2.7
应用于Linux/Unix 或者OS X 系统
2.安装
①减压缩
②git clone http://github.com/ad3002/Cookiecutter.git
cd Cookiecutter/src
make
sudo make install
没有root 用以下:
PREFIX=/my/dir make install
下图,,详细
3.如何使用
①remove 给Kmer库,输出没有匹配上Kmer的reads
②rm_reads 是remove的一个扩展。另外提供了通过(C)n /(G)n轨道或未知核苷酸,读取长度或低序列复杂性的存在来过滤读数的选项,并输出过滤和未过滤的读数;。
③extract 给定Kmer库, 输出匹配到Kmer的reads
④separate 给定Kmer库,输出匹配以及没匹配上的reads,生成2个文件
So. 如何建立一个Kmer库吶。。。。。。。
① 它可以使用cookiecutter make_library从FASTA文件创建。 例如,命令
cookiecutter make_library -i adapters.fa -o adapters.txt -l 5
将从FASTA文件adapters.fa创建长度为5 bp的k-mers文件adapters.txt。
②如果要从大型数据集创建库,或者计算机上的内存有限,可以使用Jellyfish 2进行快速k-mer计算,并使用以下命令:
jellyfish count -m 23 -s 2G -t 4 --text -o kmer_library.dat yourdata.fastq 可以翻看以前的关于jellfish随笔。。。。。。。。
下面。。。。如何操作。。首先假定有一个Kmer库-----adapters.txt
Removing reads by k-mers
Kmer库,single_end reads 文件--raw_data.fastq,用以下命令,输入没匹配上reads,
cookiecutter remove -i raw_data.fastq -f adapters.txt -o filtered,
Extracting reads by k-mers
Kmer库,single_end reads 文件--raw_data.fastq,用以下命令,输入匹配上reads,
cookiecutter extract -i raw_data.fastq -f adapters.txt -o filtered
Advanced read filtration
假如有两个paired-end reads fastq文件,data_1.fastq and raw_data_2.fastq。除了对Kmer可以进行过滤外,还可以通过下面的标准对reads进行过滤:
read长度,(G)n or (C)n 存在,序列复杂性((DUST)以及未知核酸, rm_reads是个不错的选择,命令如下: cookiecutter rm_reads -1 raw_data_1.fastq -2 raw_data_2.fastq -f adapters.txt -o output_dir --polygc 13 --length 50 --dust --filterN
因为有两个pair 问价,所以输出文件也必须是对应关系的。read pairs 只有在两个paire-end read 都过滤才输出, 若一个不满足,则不满足的reads输出一个结尾为.se.astq的文件
Read separation
假如有两个paired-end reads fastq文件,data_1.fastq and raw_data_2.fastq。将Kmer库中与之匹配以及未匹配的reads分别输出到两个文件中。
cookiecutter separate -1 raw_data_1.fastq -2 raw_data_2.fastq
-f adapters.txt -o output_dir
Processing multiple input files
Cookiecutter 支持并行运行多个文件,用-1, -2 或者-i 表示 。。 下面例子:
同样也可以输入FASTA文件,,
关注下方公众号可获得更多精彩
详情:https://github.com/ad3002/Cookiecutter/blob/master/README.md
Cookiecutter 使用的更多相关文章
- Cookiecutter: 更好的项目模板工具:(3)高级用法
本文中的Hook就是钩子,钩子就是Hook 使用生成前/生成后钩子脚本 你可以在项目生成之前和/或之后运行Python或Shell脚本. 像这样把它们放进Hook里: cookiecutter-som ...
- Cookiecutter: 更好的项目模板工具:(2)安装及基础使用
安装 通过python包管理工具 命令行输入 $pip install cookiecutter 或者 # mac os经常会禁止用户全局安装python包 $pip install --user c ...
- Cookiecutter: 更好的项目模板工具:(1)简介及可用资源汇总
原文档地址:https://cookiecutter.readthedocs.io/en/latest/ 本系列只介绍cookiecutter的基础使用,而且会删除与功能使用无关的部分.深度使用及了解 ...
- BitAdminCore框架应用篇:(一)使用Cookiecutter创建应用项目
框架演示:http://bit.bitdao.cn 框架源码:https://github.com/chenyinxin/cookiecutter-bitadmin-core 一.简介 1.Coo ...
- cookiecutter
1.安装cookiecutter pip3 install cookiecutter 2.设置模板 https://github.com/cookiecutter/cookiecutter 搜索需 ...
- 使用cookiecutter创建django项目
使用cookiecutter创建django项目 下载安装: pip install cookiecutter cookiecutter https://github.com/pydanny/cook ...
- 【amad】cookiecutter -- 一个命令行工具,使用项目模版来构建项目
动机 简介 个人评分 动机 一般的框架都有脚手架工具,但是并不会让所有人满意. 简介 cookiecutter1是一个Python实现的命令行工具,可以通过项目模版来构建项目. 它的特性包括: 跨平台 ...
- Python 资源大全中文版
Python 资源大全中文版 我想很多程序员应该记得 GitHub 上有一个 Awesome - XXX 系列的资源整理.awesome-python 是 vinta 发起维护的 Python 资源列 ...
- Python资源大全
The Python Tutorial (Python 2.7.11) 的中文翻译版本.Python Tutorial 为初学 Python 必备官方教程,本教程适用于 Python 2.7.X 系列 ...
随机推荐
- Elasticsearch学习笔记(二)Search API 与 Query DSL
一. Search API eg: GET /mall/product/_search?q=name:productName&sort=price desc 特点:search的请求参数都是以 ...
- 选择排序(Python实现)
目录 1. for版本--选择排序 2. while版本--选择排序 3.测试用例 4. 算法时间复杂度分析 1. for版本--选择排序 def select_sort_for(a_list): ' ...
- Unity之获取资源包的路径
先从缓存中获取,如果获取不到,则从包中获取. 如下: public static string GetAssetBundlePath(string path) { // 先尝试从 persist 目录 ...
- 为archlinux终端ls不同类型文件设置不同显示颜色
title: 为archlinux终端ls不同类型文件设置不同显示颜色 date: 2017-11-13 20:53:55 tags: linux categories: linux archlinu ...
- Vue系列之 => 父组件向子组件传值
父组件向子组件传递数据 1 <!DOCTYPE html> 2 <html lang="en"> 3 4 <head> 5 <meta c ...
- 21 python的魔法方法(转)
魔法方法 含义 基本的魔法方法 __new__(cls[, ...]) 1. __new__ 是在一个对象实例化的时候所调用的第一个方法2. 它的第一个参数是这个类,其他的参数是用来直接传递给 _ ...
- 【转】jira插件Zephyr的具体使用
在工作中,我们通常是在excel表格中编写测试用例,增删改查功能都不错,但保存.管理.共享都不完美,为了让公司领导或其他同事方便查看测试执行情况和测试进度,我们引入了TestLink工具来编写测试用例 ...
- Java基础(basis)-----关键字final和static的作用
1.关键字final final修饰类:这个类就不能被继承 final修饰方法:不能被重写 final修饰属性:此属性就是一个常量,一旦初始化后,不可再被赋值.习惯 ...
- 完成登录功能,用session记住用户名
登录功能完成: js:设置return html:设置 form input py: @app.route设置methods GET POST 读取表单数据 查询数据库 用户名密码对: 记住用户名 跳 ...
- python 使用函数参数注解
使用函数参数注解是一个很好的办法,它能提示程序员应该怎样正确使用这个函数. 函数注解只存储在函数的annotations 属性中