SNP/单核苷酸多态性分析

SNP(Single Nucleotide Polymorphism)，即单核苷酸多态性，是由于单个核苷酸改变而导致的核酸序列多态。一般来说，一个SNP位点只有两种等位基因，因此又叫双等位基因。SNP在人类基因组中的发生频率比较高，大约平均每1000个碱基中就有一个多态位点。有些SNP位点还会影响基因的功能，导致生物性状改变甚至致病。单核苷酸多态性是研究人类家族和动植物品系遗传变异的重要依据，因此被广泛用于群体遗传学研究(如生物的起源、进化及迁移等方面)和疾病相关基因的研究，在药物基因组学、诊断学和生物医学研究中起重要作用。

服务项目

1.TaqMan探针法
针对染色体上的不同SNP位点分别设计PCR引物和TaqMan探针，进行实时荧光PCR扩增。探针的5’-端和3’-端分别标记一个报告荧光基团和一个淬灭荧光基团。当溶液中存在PCR产物时，该探针与模板退火，即产生了适合于核酸外切酶活性的底物，从而将探针5’-端连接的荧光分子从探针上切割下来，破坏两荧光分子间的PRET，发出荧光。通常用于少量SNP位点分析（见图1）。

图1 某SNP位点分析结果 A.纯合(G/G) B.杂合(G/T)

2.SNaPshot法

该技术由美国应用生物公司（ABI）开发，是基于荧光标记单碱基延伸原理的分型技术，也称小测序，主要针对中等通量的SNP分型项目。在一个含有测序酶、四种荧光标记ddNTP、紧临多态位点5’-端的不同长度延伸引物和PCR产物模板的反应体系中，引物延伸一个碱基即终止，经ABI测序仪检测后，根据峰的移动位置确定该延伸产物对应的SNP位点，根据峰的颜色可得知掺入的碱基种类，从而确定该样本的基因型。对于PCR产物模板可通过多重PCR反应体系来获得。通常用于10-30个SNP位点分析（见图2）。

图2 基因编码区9 个SNP 位点的SNaPshot 实验结果图谱

3.HRM法
高分辨率熔解曲线分析（HRM）是近几年兴起的SNP研究工具，它通过实时监测升温过程中双链DNA荧光染料与PCR扩增产物的结合情况，来判断是否存在SNP，而且不同SNP位点、是否是杂合子等都会影响熔解曲线的峰形，因此HRM分析能够有效区分不同SNP位点与不同基因型。这种检测方法不受突变碱基位点与类型的局限，无需序列特异性探针，在PCR结束后直接运行高分辨率熔解，即可完成对样品基因型的分析。该方法无需设计探针，操作简便、快速，成本低，结果准确，并且实现了真正的闭管操作（图3）。

图3 某基因的SNP（G>A）进行HRM分析的结果。A图为熔解曲线，B图为差异图

4.Mass Array法
MassARRAY分子量阵列技术是Sequenom公司推出的世界上领先的基因分析工具，通过引物延伸或切割反应与灵敏、可靠的MALDI-TOF-MS技术相结合，实现基因分型检测。基于MassARRAY平台的iPLEX GOLD技术可以设计最高达40重的PCR反应和基因型检测，实验设计灵活，分型结果准确性高。根据应用需要，对数十到数百个SNP位点进行数百至数千份样本检测时，MassARRAY具有最佳的性价比，特别适合于对全基因组研究发现的结果进行验证，或者是有限数量的研究位点已经确定的情况。

5.Illumina BeadXpress法
采用Illumina公司的BeadXpress系统进行批量SNP位点检测，可以同时检测1-384个SNP位点，往往用于基因组芯片结果确认，适合高通量检测。微珠芯片具有高密度、高重复性、高灵敏度、低上样量、定制灵活等特点，极高的集成密度，从而获得极高的检测筛选速度，在高通量筛选时可显著降低成本。

6.KASP基因分型技术
KASP是竞争性等位基因特异性PCR（Kompetitive Allele Specific PCR）的缩写，可在广泛的基因组DNA样品中（甚至是一些复杂基因组的DNA样品），对SNPs和特定位点上的InDels进行精准的双等位基因判断。这项技术是基于引物末端碱基的特异匹配来对SNP分型以及检测InDels (Insertions and Deletions，插入和缺失)。

送样要求

细胞（≥106 ）、组织（≥300mg）、血液（≥1ml）、基因组DNA（≥20μl，浓度≥50ng/μl）。

提供结果

检测SNP的原始数据、数据分析结果及书面报告。

检测项目

根据实验目的和通量的不同，阅微基因通过以下五种方式来提供SNP检测服务：

技术优势

经验丰富：国内最早应用SNaPshot方法的公司，10年经验，技术成熟，做过1000个以上案例

服务全面：可以提供多种检测方法，可根据客户的样本量及位点数协助客户选择合适的实验方案

结果准确：单个项目的检测结果都能保证不低于95%的检出率，如有特殊需求，可达到100%检出率

技术先进：

优化扩增体系，确保一次反应可以扩增出尽可能多的位点

针对特殊结构位点，采用高效的DNA聚合酶，确保每个位点都有实验结果，确保客户数据的完整性

可以针对口腔拭子、唾液等样本提取DNA

可以提供基因分型等数据分析服务，包括HW平衡分析、聚类分析、品种鉴定、遗传图谱、关联分析、单体型分析等

成功案例

某医院客户有1000 以上样本，且只分析两个SNP位点，选用了Taqman-SNP 方法进行分型检测，散点图结果。

Taqman-SNP 分型结果示例