JAligner是一个集成多个罚分矩阵的蛋白质序列比对工具包，提供充足的API供开发人员调用。

但是，不可否认的是，它的结构写得不够规范。以前我是将它放在普通的Java项目里使用，没有问题。但是，今天，放在Maven目录里却出现问题，起初还以为是我的多线程或者是Hadoop部分出错，debug后却发现JAligner中的罚分矩阵与java类文件混在一起，并且它的程序通过相对路径的方式调用文本格式存储的罚分矩阵。

如下图这样：

显然，在Maven的结构里就会出现问题，Maven只会编译.java结尾的标准类文件，矩阵文件被忽略。

到此，将矩阵文件放到Maven的resource目录即问题解决。

此例说明，代码要规范啊。。。

JAligner的一个坑的更多相关文章

  1. 用html5的视频元素所遇到的第一个坑

    html5 有一个video标签,这个是被大家所熟知的事情.按照w3c的规范,我认真的写出如下代码: <video preload="auto" controls=" ...

  2. 监控jvm的一个坑

    监控jvm的一个坑 1,遇到的问题 我按照以往文档,在catalina.sh里追加jvm的监控api,如下 紧接着我启动 tomcat. 未报任何错误. 发现 lsof –i:12000, 12000 ...

  3. JavaScript中sort方法的一个坑（leetcode 179. Largest Number）

    在做 Largest Number 这道题之前,我对 sort 方法的用法是非常自信的.我很清楚不传比较因子的排序会根据元素字典序(字符串的UNICODE码位点)来排,如果要根据大小排序,需要传入一个 ...

  4. PHP中逻辑运算符and/or与||/&&的一个坑

    我原来以为PHP中的and和&&是一样的, 只是写法上为了可读性和美观, 事实上我错了. 这里面深藏了一个坑! 看以下代码: $bA = true; $bB = false; $b1  ...

  5. 困扰多日的C#调用Haskell问题竟然是Windows的一个坑

    最近一直被C#调用Haskell时的“尝试读取或写入受保护的内存”问题所困扰(详见C#调用haskell遭遇Attempted to read or write protected memory,C# ...

  6. 在VS2012中GridView的一个坑

    使用GridView的时候遇到了一个坑,一个增加一个选择按钮~貌似在某些情况下会出现一个是否允许选择的属性,貌似会默认为fals,然后就返回不了指定ID!坑,巨坑!但是今天居然找不到这个属性了,难道是 ...

  7. 【转载】linux命令行计算器bc的一个“坑”

    [转载自]http://blog.chinaunix.net/uid-174325-id-3518953.html 结论:ibase,obase可以使用在不同的计算公式里,但是尽量把obase放iba ...

  8. 使用ffmpeg视频编码过程中踩的一个坑

           今天说说使用ffmpeg在写视频编码程序中踩的一个坑,这个坑让我花了好多时间,回头想想,非常多时候一旦思维定势真的挺难突破的.以下是不对的编码结果:                   ...

  9. Jquery-全选和取消的一个坑

    在做一个商城的购物车的时候遇到了一个坑, 购物车一般都有全选按钮, 再次点击就会全部消除, 在网上查到的答案全部都是使用attr来做的, 无一例外都不能用, 之后才知道要使用jquery的prop和r ...

随机推荐

  1. Java基础高级一（正则表达式）

    1.正则语法:元字符,量词,范围,组,属性 2.String类常用正则方法split,indexOf,replaceAll 3.Java正则类Pattern,Match而的使用 1.String常用方 ...

  2. 401 - 未授权：由于凭据无效，访问被拒绝”在iis的解决办法

    1.打开"IIS信息服务管理器"-->选择你发布的网站-->选择功能视图中的"身份验证"-->右键匿名身份验证,选择"编辑" ...

  3. [Android Pro] Android TypedValue.applyDimension()的用法

    reference to  : http://blog.csdn.net/voo00oov/article/details/45745819 这个方法的作用是 把Android系统中的非标准度量尺寸转 ...

  4. "飞机大战"游戏_Java实现_详细注释

    1 package cn.xiaocangtian.Util; import java.awt.Frame; import java.awt.Graphics; import java.awt.Ima ...

  5. display:inline-block会产生空隙

    display:inline-block会产生空隙 解决方法:font-size:0;letter-spacing:-4px

  6. Lintcode 375.克隆二叉树

    -------------------------- 水题 AC代码: /** * Definition of TreeNode: * public class TreeNode { * public ...

  7. Linux下Keepalived+LVS-DR模式配置高可用负载均衡集群

    一.环境说明:     操作系统:Centos-6.5_x86_64    keepalived软件安装在node2和node3机器上.     实际安装之前,先关闭keepalived节点(node ...

  8. Servlet

    建议:对于javaEE,在如何学习jsp和servlet时,初学者往往是一头雾水.我当时就被jsp的各种标签.内置对象和servlet整的很惨.所以,学习方法变得特别特别重要:而且,随着技术的更新和发 ...

  9. mysql索引总结----mysql 索引类型以及创建

    文章归属:http://feiyan.info/16.html,我想自己去写了,但是发现此君总结的非常详细.直接搬过来了 关于MySQL索引的好处,如果正确合理设计并且使用索引的MySQL是一辆兰博基 ...

  10. Python学习日志（四）

    列表 列表名 = [元素1,元素2,-] 列表和C中的数组有些相似,但列表的功能更加强大,数组的元素要求是同种类型,但列表可以是混合类型. 跟数组一样,通过元素的索引值,我们可以从列表获取单个数据. ...