JAligner是一个集成多个罚分矩阵的蛋白质序列比对工具包,提供充足的API供开发人员调用。

但是,不可否认的是,它的结构写得不够规范。以前我是将它放在普通的Java项目里使用,没有问题。但是,今天,放在Maven目录里却出现问题,起初还以为是我的多线程或者是Hadoop部分出错,debug后却发现JAligner中的罚分矩阵与java类文件混在一起,并且它的程序通过相对路径的方式调用文本格式存储的罚分矩阵。

如下图这样:

显然,在Maven的结构里就会出现问题,Maven只会编译.java结尾的标准类文件,矩阵文件被忽略。

到此,将矩阵文件放到Maven的resource目录即问题解决。

此例说明,代码要规范啊。。。

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