JAligner是一个集成多个罚分矩阵的蛋白质序列比对工具包，提供充足的API供开发人员调用。

但是，不可否认的是，它的结构写得不够规范。以前我是将它放在普通的Java项目里使用，没有问题。但是，今天，放在Maven目录里却出现问题，起初还以为是我的多线程或者是Hadoop部分出错，debug后却发现JAligner中的罚分矩阵与java类文件混在一起，并且它的程序通过相对路径的方式调用文本格式存储的罚分矩阵。

如下图这样：

显然，在Maven的结构里就会出现问题，Maven只会编译.java结尾的标准类文件，矩阵文件被忽略。

到此，将矩阵文件放到Maven的resource目录即问题解决。

此例说明，代码要规范啊。。。

JAligner的一个坑的更多相关文章

  1. 用html5的视频元素所遇到的第一个坑

    html5 有一个video标签,这个是被大家所熟知的事情.按照w3c的规范,我认真的写出如下代码: <video preload="auto" controls=" ...

  2. 监控jvm的一个坑

    监控jvm的一个坑 1,遇到的问题 我按照以往文档,在catalina.sh里追加jvm的监控api,如下 紧接着我启动 tomcat. 未报任何错误. 发现 lsof –i:12000, 12000 ...

  3. JavaScript中sort方法的一个坑（leetcode 179. Largest Number）

    在做 Largest Number 这道题之前,我对 sort 方法的用法是非常自信的.我很清楚不传比较因子的排序会根据元素字典序(字符串的UNICODE码位点)来排,如果要根据大小排序,需要传入一个 ...

  4. PHP中逻辑运算符and/or与||/&&的一个坑

    我原来以为PHP中的and和&&是一样的, 只是写法上为了可读性和美观, 事实上我错了. 这里面深藏了一个坑! 看以下代码: $bA = true; $bB = false; $b1  ...

  5. 困扰多日的C#调用Haskell问题竟然是Windows的一个坑

    最近一直被C#调用Haskell时的“尝试读取或写入受保护的内存”问题所困扰(详见C#调用haskell遭遇Attempted to read or write protected memory,C# ...

  6. 在VS2012中GridView的一个坑

    使用GridView的时候遇到了一个坑,一个增加一个选择按钮~貌似在某些情况下会出现一个是否允许选择的属性,貌似会默认为fals,然后就返回不了指定ID!坑,巨坑!但是今天居然找不到这个属性了,难道是 ...

  7. 【转载】linux命令行计算器bc的一个“坑”

    [转载自]http://blog.chinaunix.net/uid-174325-id-3518953.html 结论:ibase,obase可以使用在不同的计算公式里,但是尽量把obase放iba ...

  8. 使用ffmpeg视频编码过程中踩的一个坑

           今天说说使用ffmpeg在写视频编码程序中踩的一个坑,这个坑让我花了好多时间,回头想想,非常多时候一旦思维定势真的挺难突破的.以下是不对的编码结果:                   ...

  9. Jquery-全选和取消的一个坑

    在做一个商城的购物车的时候遇到了一个坑, 购物车一般都有全选按钮, 再次点击就会全部消除, 在网上查到的答案全部都是使用attr来做的, 无一例外都不能用, 之后才知道要使用jquery的prop和r ...

随机推荐

  1. View手动切换焦点注意事项

    这几天一直在解决一个焦点切换的问题,由于是直接用另外一家公司的代码,没有细看.当应用到测试那边,发现了这个问题,而且真机调试有些问题,不能单步调试,后来是看日志才发现这个问题. ViewA包含几个可以 ...

  2. Swing中弹出对话框的几种方式_JOptionPane.showMessageDialog等详解

    Swing中弹出对话框的几种方式_JOptionPane.showMessageDialog等详解   在swing中,基于业务的考量,会有对话框来限制用户的行为及对用户的动作进行提示. Swing中 ...

  3. maven打包

    1.利用maven-jar-plugin <build> <plugins> <!-- The configuration of maven-jar-plugin --& ...

  4. Java数据类型和MySql数据类型对应表

  5. 让你的 Xcode8 继续使用插件

    发表于 2016-09-10   |   分类于 Tips   |   21条评论   |   阅读次数 8383 随着 iOS10 的正式版即将发布,Xcode8 GM 也在发布会后放出,本文不会涉 ...

  6. 【笔记】mysql两条数据的某个属性值互换

    update groupuser as g1 join groupuser as g2 on (g1.user_id=1 and g2.user_id = 2) or(g1.user_id = 2 a ...

  7. C语言 指针小结

    指针 -->指针变量 类型名 *变量名 int *point1; char *point2; 注意:*p可以直接使用,它代表指针p指向的变量,*p可以当做被指向的变量使用!~~~~ 一个变量的地 ...

  8. Java Graphics2D 画出文字描边效果

    在CSDN看到的,在此记下. (http://bbs.csdn.net/topics/390703095) import javax.swing.*; import java.awt.*; impor ...

  9. PHP socket上传文件图片

    最近了解了下下socket方面的东西,想做一个socket上传文件的例子. 在网上搜了搜代码执行后,图片数据传输了一半,图片的下半部分是灰色的.然后就自己仿着搜来的代码和php.net 中socket ...

  10. WPF时间格式化

    日期格式化示例: <TextBox  Name="txtCreateTime" HorizontalAlignment="Left" Width=&quo ...