HDU 1080 Human Gene Functions

最长公共子序列的变形

题目大意：给出两个基因序列，求这两个序列的最大相似度。

题目中的表格给出了两两脱氧核苷酸的相似度。

状态转移方程为：

dp[i][j] = max(dp[i-1][j]+Similarity(s1[i], '-'),
                     dp[i][j-1]+Similarity(s2[j], '-'),
                     dp[i-1][j-1]+Similarity(s1[i], s2[j]));

注意边界的初始化。

 //#define LOCAL
 #include <iostream>
 #include <cstdio>
 #include <cstring>
 #include <algorithm>
 using namespace std;

 char s1[], s2[];
 int dp[][];

 int table[][] = {
      , -, -, -, -,
     -,  , -, -, -,
     -, -,  , -, -,
     -, -, -,  , -,
     -, -, -, -,
 }; 

 int max(int a, int b, int c)
 {
     return max(max(a, b), c);
 }

 int f(char c)
 {
     if(c == 'A')    return ;
     if(c == 'C')    return ;
     if(c == 'G')    return ;
     if(c == 'T')    return ;
     if(c == '-')    return ;
 }

 int Similarity(char c1, char c2)
 {    return table[f(c1)][f(c2)];    }

 int main(void)
 {
     #ifdef LOCAL
         freopen("1080in.txt", "r", stdin);
     #endif

     int T;
     scanf("%d", &T);
     while(T--)
     {
         int len1, len2, i, j;
         dp[][] = ;
         scanf("%d %s", &len1, s1+);
         scanf("%d %s", &len2, s2+);
         for(i = ; i <= len1; ++i)
             dp[i][] = dp[i-][] + Similarity(s1[i], '-');
         for(i = ; i <= len2; ++i)
             dp[][i] = dp[][i-] + Similarity(s2[i], '-');
         for(i = ; i <= len1; ++i)
             for(j = ; j <= len2; ++j)
                 dp[i][j] = max(dp[i-][j]+Similarity(s1[i], '-'),
                                 dp[i][j-]+Similarity(s2[j], '-'),
                                 dp[i-][j-]+Similarity(s1[i], s2[j]));

         printf("%d\n", dp[len1][len2]);
     }
     return ;
 }

代码君