RNA-seq流程需要进化啦！

Posted on 2015年9月25日

Tophat 首次被发表已经是6年前

Cufflinks也是五年前的事情了

Star的比对速度是tophat的50倍，hisat更是star的1.2倍。

stringTie的组装速度是cufflinks的25倍，但是内存消耗却不到其一半。

Ballgown在差异分析方面比cuffdiff更高的特异性及准确性，且时间消耗不到cuffdiff的千分之一

Bowtie2+eXpress做质量控制优于tophat2+cufflinks和bowtie2+RSEM

Sailfish更是跳过了比对的步骤，直接进行kmer计数来做QC，特异性及准确性都还行，但是速度提高了25倍

kallisto同样不需要比对，速度比sailfish还要提高5倍！！！

参考：https://speakerdeck.com/stephenturner/rna-seq-qc-and-data-analysis-using-the-tuxedo-suite

This entry was posted in 转录组软件 and tagged RNA, 流程 by ulwvfje. Bookmark the permalink.

RNA-seq流程需要进化啦！的更多相关文章

  1. RNA seq 两种计算基因表达量方法

    两种RNA seq的基因表达量计算方法: 1. RPKM:http://www.plob.org/2011/10/24/294.html 2. RSEM:这个是TCGAdata中使用的.RSEM据说比 ...

  2. RNA -seq

    RNA -seq RNA-seq目的.用处::可以帮助我们了解,各种比较条件下,所有基因的表达情况的差异. 比如:正常组织和肿瘤组织的之间的差异:检测药物治疗前后,基因表达的差异:检测发育过程中,不同 ...

  3. RNA测序相对基因表达芯片有什么优势？

    RNA测序相对基因表达芯片有什么优势? RNA-Seq和基因表达芯片相比,哪种方法更有优势?关键看适用不适用.那么RNA-Seq适用哪些研究方向?是否您的研究?来跟随本文了解一下RNA测序相对基因表达 ...

  4. 链终止法|边合成边测序|Bowtie|TopHat|Cufflinks|RPKM|FASTX-Toolkit|fastaQC|基因芯片|桥式扩增|

    生物信息学 Sanger采用链终止法进行测序 带有荧光基团的ddXTP+其他四种普通的脱氧核苷酸放入同一个培养皿中,例如带有荧光基团的ddATP+普通的脱氧核苷酸A.T.C.G放入同一个培养皿,以此类 ...

  5. CI Weekly #7 | Instgram/Quora 等大公司如何做持续部署？

    终于,你们期待的 flow.ci iOS 项目持续集成 开始公测了.在这几个工作日, flow.ci 做了些许「功能优化」与「问题修复」,性能和体验都在持续优化中.比如: iOS 快速入门文档更新: ...

  6. featureCounts 软件说明

    featuresCounts 软件用于定量,不仅可以支持gene的定量,也支持exon, gene bodies, genomic bins, chromsomal locations的定量: 官网 ...

  7. Advances in Single Cell Genomics to Study Brain Cell Types | 会议概览

    单细胞在脑科学方面的应用 Session 1: Deciphering the Cellular Landscape of the Brain Using Single Cell Transcript ...

  8. hisat2+stringtie+ballgown

    hisat2+stringtie+ballgown Posted on 2016年11月25日 早在去年九月,我就写个博文说 RNA-seq流程需要进化啦!http://www.bio-info-tr ...

  9. 使用Tophat+cufflinks分析差异表达

    使用Tophat+cufflinks分析差异表达  2017-06-15 19:09:43     522     0     0 使用TopHat+Cufflinks的流程图 序列的比对是RNA分析 ...

随机推荐

  1. Qt的action控件中采用默认绑定，没有connect显示绑定！！！

    使用qt创建界面时,可以选用代码设计也可以选用qt design来设计.最近看我同事的代码,以前写action都是使用connect链接槽函数的, 网上大多数人都是这样,然后我就纳闷,怎么没有conn ...

  2. Java中String的intern方法，javap&cfr.jar反编译，javap反编译后二进制指令代码详解，Java8常量池的位置

    一个例子 public class TestString{ public static void main(String[] args){ String a = "a"; Stri ...

  3. 1.5.3、CDH 搭建Hadoop在安装之前(定制安装解决方案---创建群集主机的虚拟映像)

    创建群集主机的虚拟映像 您可以使用预先部署的Cloudera软件创建虚拟机映像,例如PXE启动映像,Amazon AMI和Azure VM映像,这些映像可用于快速启动虚拟机.这些图像使用parcel来 ...

  4. common mistake of closure in loops

    [common mistake of closure in loops] 下例中item引用的始终是最后一个值. function showHelp(help) { document.getEleme ...

  5. jmeter 在linux服务器的安装和运行；

    linux环境下使用jmeter进行压力测试 标签(空格分隔): linux环境,jmeter linux环境下使用就meter进行压力测试: linux环境部署: 在Linux服务器先安装jdk: ...

  6. http4e eclipse plugin 插件介绍

    感谢作者的分享: http://blog.csdn.net/wiker_yong/article/details/10066905 以及作者的破解jar.目前看网站留言说已经git了. 官网链接地址: ...

  7. GreenDao-自定义SQL查询-拼接多个查询条件-AndroidStudio

    //获取本地Pad(离线工作票列表) public static List<WTDetailTableBean> getPadWTList(String token, String use ...

  8. powerdesigenr设置主外键颜色

    使用PowerDesigner时,它默认table的字体大小颜色等非常难看: 如果通过 Symbol ---> Format进行设置,只能对选中的最修改,新建的Table无效. 可以通过如下修改 ...

  9. helm 更改为国内源

     helm init --upgrade -i slpcat/tiller:v2.8.2 --stable-repo-url https://kubernetes.oss-cn-hangzhou.al ...

  10. pta l2-20（功夫传人）

    题目链接:https://pintia.cn/problem-sets/994805046380707840/problems/994805059118809088 题意:给定n个人,编号0-n-1, ...