RNA-seq流程需要进化啦!
RNA-seq流程需要进化啦!
Tophat 首次被发表已经是6年前
Cufflinks也是五年前的事情了
Star的比对速度是tophat的50倍,hisat更是star的1.2倍。
stringTie的组装速度是cufflinks的25倍,但是内存消耗却不到其一半。
Ballgown在差异分析方面比cuffdiff更高的特异性及准确性,且时间消耗不到cuffdiff的千分之一
Bowtie2+eXpress做质量控制优于tophat2+cufflinks和bowtie2+RSEM
Sailfish更是跳过了比对的步骤,直接进行kmer计数来做QC,特异性及准确性都还行,但是速度提高了25倍
kallisto同样不需要比对,速度比sailfish还要提高5倍!!!
参考:https://speakerdeck.com/stephenturner/rna-seq-qc-and-data-analysis-using-the-tuxedo-suite
This entry was posted in 转录组软件 and tagged RNA, 流程 by ulwvfje. Bookmark the permalink.
RNA-seq流程需要进化啦!的更多相关文章
- RNA seq 两种计算基因表达量方法
两种RNA seq的基因表达量计算方法: 1. RPKM:http://www.plob.org/2011/10/24/294.html 2. RSEM:这个是TCGAdata中使用的.RSEM据说比 ...
- RNA -seq
RNA -seq RNA-seq目的.用处::可以帮助我们了解,各种比较条件下,所有基因的表达情况的差异. 比如:正常组织和肿瘤组织的之间的差异:检测药物治疗前后,基因表达的差异:检测发育过程中,不同 ...
- RNA测序相对基因表达芯片有什么优势?
RNA测序相对基因表达芯片有什么优势? RNA-Seq和基因表达芯片相比,哪种方法更有优势?关键看适用不适用.那么RNA-Seq适用哪些研究方向?是否您的研究?来跟随本文了解一下RNA测序相对基因表达 ...
- 链终止法|边合成边测序|Bowtie|TopHat|Cufflinks|RPKM|FASTX-Toolkit|fastaQC|基因芯片|桥式扩增|
生物信息学 Sanger采用链终止法进行测序 带有荧光基团的ddXTP+其他四种普通的脱氧核苷酸放入同一个培养皿中,例如带有荧光基团的ddATP+普通的脱氧核苷酸A.T.C.G放入同一个培养皿,以此类 ...
- CI Weekly #7 | Instgram/Quora 等大公司如何做持续部署?
终于,你们期待的 flow.ci iOS 项目持续集成 开始公测了.在这几个工作日, flow.ci 做了些许「功能优化」与「问题修复」,性能和体验都在持续优化中.比如: iOS 快速入门文档更新: ...
- featureCounts 软件说明
featuresCounts 软件用于定量,不仅可以支持gene的定量,也支持exon, gene bodies, genomic bins, chromsomal locations的定量: 官网 ...
- Advances in Single Cell Genomics to Study Brain Cell Types | 会议概览
单细胞在脑科学方面的应用 Session 1: Deciphering the Cellular Landscape of the Brain Using Single Cell Transcript ...
- hisat2+stringtie+ballgown
hisat2+stringtie+ballgown Posted on 2016年11月25日 早在去年九月,我就写个博文说 RNA-seq流程需要进化啦!http://www.bio-info-tr ...
- 使用Tophat+cufflinks分析差异表达
使用Tophat+cufflinks分析差异表达 2017-06-15 19:09:43 522 0 0 使用TopHat+Cufflinks的流程图 序列的比对是RNA分析 ...
随机推荐
- lcd 控制器
1. 使用lcd 一般需要一个控制器和驱动器,控制器需要初始化以产生正确的时序,驱动器一般是和lcd基板制作在一起. LCD 控制器结构图: REGBANK 表示调色板 LCDDMA 表示DMA通道 ...
- java+selenium自动化实践
git+java+selenium+testng +maven+idea 1.git之代码维护(下载.分支切换.上传) 下载命令 "git clone git@github.com:Luna ...
- 修改php.ini 的timezone
php运行模式有apache 和 cli模式 这里讲cli 模式的php.ini设置 1.查找php.ini位置 php -i | grep php.ini 这样是表示 要改的文件 在/etc/php ...
- Java System
从jdk10中摘录自认为几个比较重要的方法 系统类包含几个有用的属性和方法.它不能被实例化. 系统类提供的工具包括标准输入.标准输出和错误输出流:对外部定义的属性和环境变量的访问:加载文件和库的方法: ...
- Jmeter+Ant+Jenkins实现接口自动化(转载)
转载自 http://www.cnblogs.com/chengtch/p/6145867.html 本文转载于上面的网址,稍作修改,实用性更强. Jmeter是压力测试.接口测试工具,Ant是基于 ...
- Android的框架功能说明
OkHttp网络框架 Picasso图片缓存框架 ORMLite数据库框架 GreenDao数据库框架
- PHP 获取 IE浏览器版本号
function getIEBrowserVersion(){ $agent = strtolower($_SERVER['HTTP_USER_AGENT']); if(strpos($agent, ...
- NIO简单理解
NIO:新IO,同步的非阻塞IO. 1.Java NIO 由以下几个核心部分组成:Channels(通道).Buffers(缓冲区).Selectors(选择器) Channels(通道) 1.所有的 ...
- FileReader.FileWriter 执行文本复制
//导包动作必须做,否则会出现大片错误提示 import java.io.*; class FileReaderDemo { publicstatic void main(String[] args) ...
- sqoop2问题解决
sqoop:000> show version --serverException has occurred during processing command Exception: org.a ...