用R的dgCMatrix包来构建稀疏矩阵 | sparse matrix by dgCMatrix
sparse matrix是用来存储大型稀疏矩阵用得,单细胞表达数据基本都用这个格式来存储,因为单细胞很大部分都是0,用普通文本矩阵存储太占空间。
使用也是相当简单:
library("Matrix")
readsCount <- read.csv("data/count.csv", header = T, row.names = 1)
readsCountSM <- as(as.matrix(readsCount), "dgCMatrix")
# str(M1)
想转回去,as.matrix() 就可以了。
参考:
Coercion of matrix tosparsematrix (dgCMatrix) and maintainingdimnames.
用R的dgCMatrix包来构建稀疏矩阵 | sparse matrix by dgCMatrix的更多相关文章
- R语言 ggplot2包
R语言 ggplot2包的学习 分析数据要做的第一件事情,就是观察它.对于每个变量,哪些值是最常见的?值域是大是小?是否有异常观测? ggplot2图形之基本语法: ggplot2的核心理念是将 ...
- R语言rvest包网络爬虫
R语言网络爬虫初学者指南(使用rvest包) 钱亦欣 发表于 今年 06-04 14:50 5228 阅读 作者 SAURAV KAUSHIK 译者 钱亦欣 引言 网上的数据和信息无穷无尽,如 ...
- R语言-神经网络包RSNNS
code{white-space: pre;} pre:not([class]) { background-color: white; }if (window.hljs && docu ...
- R语言-Knitr包的详细使用说明
R语言-Knitr包的详细使用说明 by 扬眉剑 来自数盟[总舵] 群:321311420 1.相关资料 1:自动化报告-谢益辉 https://github.com/yihui/r-ninja/bl ...
- ASP.NET Core的身份认证框架IdentityServer4(5)- 包和构建
包和构建 IdentityServer有许多nuget包 IdentityServer4 nuget | github 包含IdentityServer核心对象模型,服务和中间件. 仅支持内存配置和用 ...
- R语言dplyr包初探
昨天学了一下R语言dplyr包,处理数据框还是很好用的.记录一下免得我忘记了... 先写一篇入门的,以后有空再写一篇详细的用法. #dplyr learning library(dplyr) #fil ...
- R+NLP︱text2vec包——四类文本挖掘相似性指标 RWMD、cosine、Jaccard 、Euclidean (三,相似距离)
要学的东西太多,无笔记不能学~~ 欢迎关注公众号,一起分享学习笔记,记录每一颗"贝壳"~ --------------------------- 在之前的开篇提到了text2vec ...
- IdentityServer4(5)- 包和构建
包和构建 IdentityServer有许多Nuget包组件 IdentityServer4 nuget | github 包含IdentityServer核心对象模型.服务和中间件.默认只包含了基于 ...
- R语言扩展包dplyr——数据清洗和整理
R语言扩展包dplyr——数据清洗和整理 标签: 数据R语言数据清洗数据整理 2015-01-22 18:04 7357人阅读 评论(0) 收藏 举报 分类: R Programming(11) ...
随机推荐
- 【4Opencv】如何识别出轮廓准确的长和宽
问题来源: 实际项目中,需要给出识别轮廓的长度和宽度. 初步分析: 轮廓分析的例程为: int main( int argc, char** argv ){ //read the image ...
- 一元二次方程解法的实现(Python)
请定义一个函数quadratic(a, b, c),接收3个参数,返回一元二次方程: ax2 + bx + c = 0的两个解. 提示:计算平方根可以调用math.sqrt()函数 # -*- c ...
- linux命令之crontab定时执行任务【转】
本文转载自:https://www.cnblogs.com/coffy/p/5608095.html 一.crond简介 crond 是linux下用来周期性的执行某种任务或等待处理某些事件的一个守护 ...
- linux内核中的PTP clock是什么?
答: Precise Time Protocol(PTP),这是一种高精度时间同步协议,PTP是在硬件级实现的,因此需要硬件支持才能实现高精度时间同步
- 买不到的数目|2018年蓝桥杯A组题解析第八题-fishers
买不到的数目 小明开了一家糖果店.他别出心裁:把水果糖包成4颗一包和7颗一包的两种.糖果不能拆包卖. 小朋友来买糖的时候,他就用这两种包装来组合.当然有些糖果数目是无法组合出来的,比如要买 10 颗糖 ...
- 【问题解决:时区】连接MySQL时错误The server time zone value 'Öйú±ê׼ʱ¼ä' is unrecognized or represents more than one time zone
问题描述: MySQL升级到8.0.11之后连接数据库报错: Your login attempt was not successful, try again. Reason: Could not g ...
- Java中substring函数的简单应用
1.删掉一个字符串中的某个字符 /* * 使用Java 中的 substring()函数删掉字符串中的某个字符 * deleteAssignChar函数的参数说明: * str:被操作的字符串 * o ...
- BZOJ 4399 魔法少女LJJ(线段树合并)
题意 https://www.lydsy.com/JudgeOnline/problem.php?id=4399 思路 码农题,需要一定代码功底.方法很暴力,先将权值离散,表示在线段树里储存的位置,每 ...
- 【Hadoop 分布式部署 四:配置Hadoop 2.x 中主节点(NN和RM)到从节点的SSH无密码登录】
******************* 一定要使这三台机器的用户名相同,安装目录相同 ************* SSH 无密钥登录的简单介绍(之前再搭 ...
- 【Entity framework】Code First Approach
开篇之前感谢 china_fucan的文章给我的帮助,下面的评论也解决了很多问题同样给予感谢. code first 项目中的ORM框架如果采用的是EF,那么可能会采用code first的方式去使用 ...