在二代测序仪上测出的数据,通常都会表现出测序深度与GC 含量的相关性,称为GC bias。

GC bias校正

为了后续生物信息分析更加准确,通常需要做GC bias的校正。

2010 年 steven Quake 在Noninvasive diagnosis of fetal aneuploidy by shotgun sequencing DNA from maternal blood提出将GC content画出bin,并算出每个GC bin里的tags number的平均值,

然后将同一个GC bin里的其它depth除以这个平均的tags number值,得到一条曲线:

后来进一步改进,现在常用的LOESS回归的方法进行GC bias校正。

GC bias程度的评估

2013年 A Single Cell Level Based Method for Copy Number Variation Analysis by Low Coverage Massively Parallel Sequencing提到一种GC bias程度的计算:

GC偏好的校正与偏好程度的评估的更多相关文章

  1. Android偏好设置(3)启动偏好设置后显示的界面PreferenceActivity和PreferenceFragment

    Creating a Preference Activity To display your settings in an activity, extend the PreferenceActivit ...

  2. 8、Situation-Dependent Combination of Long-Term and Session-Based Preferences in Group Recommendations: An Experimental Analysis ----组推荐中基于长期和会话偏好的情景依赖组合

    一.摘要: 背景:会话组推荐系统的一个主要挑战是如何适当地利用群组成员之间的交互引起用户偏好,这可能会偏离用户的长期偏好.长期偏好和群组诱导的偏好之间的相对重要性应该根据具体的群组设置而变化. 本文: ...

  3. 机器学习-学习笔记(一) --> (假设空间 & 版本空间)及 归纳偏好

    机器学习 一.机器学习概念 啥是机器学习 机器学习:假设用P来评估计算机程序在某任务类T上的性能,若一个程序通过利用经验E在T中任务上获得了性能改善,则关于T和P,该程序对E进行了学习 通俗讲:通过计 ...

  4. JVM性能调优,GC

    刚刚做完了一个项目的性能测试,“有幸”也遇到了内存泄露的案例,所以在此和大家分享一下. 主要从以下几部分来说明,关于内存和内存泄露.溢出的概念,区分内存泄露和内存溢出:内存的区域划分,了解GC回收机制 ...

  5. ECCV 2018 | 旷视科技提出GridFace:通过学习局部单应变换实现人脸校正

    全球计算机视觉三大顶会之一 ECCV 2018(European Conference on Computer Vision)即将于 9 月 8 -14 日在德国慕尼黑拉开帷幕,旷视科技有多篇论文被此 ...

  6. Spark MLib完整基础入门教程

    Spark MLib 在Spark下进行机器学习,必然无法离开其提供的MLlib框架,所以接下来我们将以本框架为基础进行实际的讲解.首先我们需要了解其中最基本的结构类型,即转换器.估计器.评估器和流水 ...

  7. 语义网 (Semantic Web)和 web 3.0

    语义网=有意义的网络. "如果说 HTML 和 WEB 将整个在线文档变成了一本巨大的书,那么 RDF, schema, 和 inference languages 将会使世界上所有的数据变 ...

  8. MongoDB 副本集的相关概念【转】

    一.副本集基本概念 副本集(replica set) MongoDB的replica set是一个mongod进程实例簇,数据在这个簇中相互复制,并自动进行故障切换. MongoDB的数据库复制增加了 ...

  9. 【Todo】【读书笔记】机器学习-周志华

    书籍位置: /Users/baidu/Documents/Data/Interview/机器学习-数据挖掘/<机器学习_周志华.pdf> 一共442页.能不能这个周末先囫囵吞枣看完呢.哈哈 ...

随机推荐

  1. Data Structure Array: Program for array rotation

    http://www.geeksforgeeks.org/array-rotation/ O(n), O(1) #include <iostream> #include <vecto ...

  2. apache下配置多域名多目录的应用

    引言:阿里云centos apache web服务器中配置不同域名访问不同的目录,达到类似增加虚拟主机的效果: 案例: 如有2个www.a.com ,www.b.com 域名, 访问www.a.com ...

  3. JS中不同类型的值比较问题

    我们比较数据的时候大多是以下两种情况: 3 > 4 ; "m" > "n" ; 但有时候可能会出现比较符号两侧的数据类型不相同的场景,例如 5 &g ...

  4. jQuery查找子元素与后代元素

    1. 子元素: $().children('选择器')  如选择type为file的子元素  $(this).children("input[type=file]") 或者 $(& ...

  5. 代码题(1)—lower_bound和upper_bound算法

    1.lower_bound:查找序列中的第一个出现的值大于等于val的位置 这个序列中可能会有很多重复的元素,也可能所有的元素都相同,为了充分考虑这种边界条件,STL中的lower_bound算法总体 ...

  6. 重写ScrollView实现两个ScrollView的同步滚动显示

    1.背景介绍 最近项目用到两个ScrollView的同步显示,即拖动左边的ScrollView滚动的同时,实现右边的ScrollView同步滚动.此种情形常用在复杂界面布局中,比如左边的ScrollV ...

  7. 输入框input内容变化与onpropertychange事件的兼容

    一.输入框常用的几个事件 onblur 元素失去焦点. onchange 域的内容被改变. onclick 当用户点击某个对象时调用的事件句柄. ondblclick 当用户双击某个对象时调用的事件句 ...

  8. FFMPEG内存操作(一) avio_reading.c 回调读取数据到内存解析

    相关博客列表 : FFMPEG内存操作(一) avio_reading.c 回调读取数据到内存解析 FFMPEG内存操作(二)从内存中读取数及数据格式的转换 FFmpeg内存操作(三)内存转码器 在F ...

  9. 基于DirectShow和FFmpeg的USB摄像头监控软件-转

    第一个版本 ### 软件版本及实现功能 0.0.1 1. USB摄像头枚举和设备信息获取2. 实时视频观看3. 24小时不间断录像,录像文件支持暴风影音播放 ### 软件说明: 软件基于 Direct ...

  10. Cannot find PHPUnit in include path (.;C:\php5\pear)

    --pear channel-discover pear.phpunit.de --pear install phpunit/PHPUnit 此时会显示: No valid packages foun ...