在二代测序仪上测出的数据,通常都会表现出测序深度与GC 含量的相关性,称为GC bias。

GC bias校正

为了后续生物信息分析更加准确,通常需要做GC bias的校正。

2010 年 steven Quake 在Noninvasive diagnosis of fetal aneuploidy by shotgun sequencing DNA from maternal blood提出将GC content画出bin,并算出每个GC bin里的tags number的平均值,

然后将同一个GC bin里的其它depth除以这个平均的tags number值,得到一条曲线:

后来进一步改进,现在常用的LOESS回归的方法进行GC bias校正。

GC bias程度的评估

2013年 A Single Cell Level Based Method for Copy Number Variation Analysis by Low Coverage Massively Parallel Sequencing提到一种GC bias程度的计算:

GC偏好的校正与偏好程度的评估的更多相关文章

  1. Android偏好设置(3)启动偏好设置后显示的界面PreferenceActivity和PreferenceFragment

    Creating a Preference Activity To display your settings in an activity, extend the PreferenceActivit ...

  2. 8、Situation-Dependent Combination of Long-Term and Session-Based Preferences in Group Recommendations: An Experimental Analysis ----组推荐中基于长期和会话偏好的情景依赖组合

    一.摘要: 背景:会话组推荐系统的一个主要挑战是如何适当地利用群组成员之间的交互引起用户偏好,这可能会偏离用户的长期偏好.长期偏好和群组诱导的偏好之间的相对重要性应该根据具体的群组设置而变化. 本文: ...

  3. 机器学习-学习笔记(一) --> (假设空间 & 版本空间)及 归纳偏好

    机器学习 一.机器学习概念 啥是机器学习 机器学习:假设用P来评估计算机程序在某任务类T上的性能,若一个程序通过利用经验E在T中任务上获得了性能改善,则关于T和P,该程序对E进行了学习 通俗讲:通过计 ...

  4. JVM性能调优,GC

    刚刚做完了一个项目的性能测试,“有幸”也遇到了内存泄露的案例,所以在此和大家分享一下. 主要从以下几部分来说明,关于内存和内存泄露.溢出的概念,区分内存泄露和内存溢出:内存的区域划分,了解GC回收机制 ...

  5. ECCV 2018 | 旷视科技提出GridFace:通过学习局部单应变换实现人脸校正

    全球计算机视觉三大顶会之一 ECCV 2018(European Conference on Computer Vision)即将于 9 月 8 -14 日在德国慕尼黑拉开帷幕,旷视科技有多篇论文被此 ...

  6. Spark MLib完整基础入门教程

    Spark MLib 在Spark下进行机器学习,必然无法离开其提供的MLlib框架,所以接下来我们将以本框架为基础进行实际的讲解.首先我们需要了解其中最基本的结构类型,即转换器.估计器.评估器和流水 ...

  7. 语义网 (Semantic Web)和 web 3.0

    语义网=有意义的网络. "如果说 HTML 和 WEB 将整个在线文档变成了一本巨大的书,那么 RDF, schema, 和 inference languages 将会使世界上所有的数据变 ...

  8. MongoDB 副本集的相关概念【转】

    一.副本集基本概念 副本集(replica set) MongoDB的replica set是一个mongod进程实例簇,数据在这个簇中相互复制,并自动进行故障切换. MongoDB的数据库复制增加了 ...

  9. 【Todo】【读书笔记】机器学习-周志华

    书籍位置: /Users/baidu/Documents/Data/Interview/机器学习-数据挖掘/<机器学习_周志华.pdf> 一共442页.能不能这个周末先囫囵吞枣看完呢.哈哈 ...

随机推荐

  1. Data Structure Binary Tree: Check if a given Binary Tree is SumTree

    http://www.geeksforgeeks.org/check-if-a-given-binary-tree-is-sumtree/ #include <iostream> #inc ...

  2. Java+MySql图片数据保存

    之前一直没有做过涉及到图片存储的应用,最近要做的东东涉及到了这个点,就做了一个小的例子算是对图片存储的初试吧! 1.创建表: drop table if exists photo; CREATE TA ...

  3. 剑指offer之 斐波那契数列

    package Problem9; public class Fibonacci { /* * 题目描述: 写一个函数,输入n,求斐波那契数列的第n项,斐波那契数列的定义如下: n=0,f(n)=0 ...

  4. linux修改文件所属用户、用户组

    修改hive.log文件为hadoop用户,hadoop组 sudo chown 用户名:用户组 文件 sudo chown hadoop:hadoop hive.log 修改某个文件夹及其自文件 s ...

  5. linux用户管理与用户组的重要文件

    用户管理的2个重要文件:/etc/passwd和/etc/shadow. /etc/passwd文件里存放的是用户的信息,其中不包含密码:passwd文件中每一行代表一个用户,且每一行分为7个字段使用 ...

  6. Win7_自动播放

    1.gpedit.msc(组策略)--.> 本地组策略编辑器 --> 展开“计算机配置→管理模板→所有设置” --> 右侧窗口"关闭自动播放" 2. 3.

  7. DELPHI 动态 创建和释放 多个 EDIT 控件

    unit Unit1;   interface   uses   Windows, Messages, SysUtils, Variants, Classes, Graphics, Controls, ...

  8. jQuery-选择器(2)

    jQuery选择器(2) 继续学习jquery选择器,感受它对于操作DOM节点的方便. [属性筛选选择器]属性选择器可以让你基于属性来定位一个元素.可以只指定该元素的某属性,这样所有使用该属性而不管它 ...

  9. c# ListBox

    1. ListBox用法(http://www.cnblogs.com/chinahbzm/articles/3577285.html) 2. ListBox使用(http://www.cnblogs ...

  10. leetcode 258. Add Digits(数论)

    Given a non-negative integer num, repeatedly add all its digits until the result has only one digit. ...