在二代测序仪上测出的数据,通常都会表现出测序深度与GC 含量的相关性,称为GC bias。

GC bias校正

为了后续生物信息分析更加准确,通常需要做GC bias的校正。

2010 年 steven Quake 在Noninvasive diagnosis of fetal aneuploidy by shotgun sequencing DNA from maternal blood提出将GC content画出bin,并算出每个GC bin里的tags number的平均值,

然后将同一个GC bin里的其它depth除以这个平均的tags number值,得到一条曲线:

后来进一步改进,现在常用的LOESS回归的方法进行GC bias校正。

GC bias程度的评估

2013年 A Single Cell Level Based Method for Copy Number Variation Analysis by Low Coverage Massively Parallel Sequencing提到一种GC bias程度的计算:

GC偏好的校正与偏好程度的评估的更多相关文章

  1. Android偏好设置(3)启动偏好设置后显示的界面PreferenceActivity和PreferenceFragment

    Creating a Preference Activity To display your settings in an activity, extend the PreferenceActivit ...

  2. 8、Situation-Dependent Combination of Long-Term and Session-Based Preferences in Group Recommendations: An Experimental Analysis ----组推荐中基于长期和会话偏好的情景依赖组合

    一.摘要: 背景:会话组推荐系统的一个主要挑战是如何适当地利用群组成员之间的交互引起用户偏好,这可能会偏离用户的长期偏好.长期偏好和群组诱导的偏好之间的相对重要性应该根据具体的群组设置而变化. 本文: ...

  3. 机器学习-学习笔记(一) --> (假设空间 & 版本空间)及 归纳偏好

    机器学习 一.机器学习概念 啥是机器学习 机器学习:假设用P来评估计算机程序在某任务类T上的性能,若一个程序通过利用经验E在T中任务上获得了性能改善,则关于T和P,该程序对E进行了学习 通俗讲:通过计 ...

  4. JVM性能调优,GC

    刚刚做完了一个项目的性能测试,“有幸”也遇到了内存泄露的案例,所以在此和大家分享一下. 主要从以下几部分来说明,关于内存和内存泄露.溢出的概念,区分内存泄露和内存溢出:内存的区域划分,了解GC回收机制 ...

  5. ECCV 2018 | 旷视科技提出GridFace:通过学习局部单应变换实现人脸校正

    全球计算机视觉三大顶会之一 ECCV 2018(European Conference on Computer Vision)即将于 9 月 8 -14 日在德国慕尼黑拉开帷幕,旷视科技有多篇论文被此 ...

  6. Spark MLib完整基础入门教程

    Spark MLib 在Spark下进行机器学习,必然无法离开其提供的MLlib框架,所以接下来我们将以本框架为基础进行实际的讲解.首先我们需要了解其中最基本的结构类型,即转换器.估计器.评估器和流水 ...

  7. 语义网 (Semantic Web)和 web 3.0

    语义网=有意义的网络. "如果说 HTML 和 WEB 将整个在线文档变成了一本巨大的书,那么 RDF, schema, 和 inference languages 将会使世界上所有的数据变 ...

  8. MongoDB 副本集的相关概念【转】

    一.副本集基本概念 副本集(replica set) MongoDB的replica set是一个mongod进程实例簇,数据在这个簇中相互复制,并自动进行故障切换. MongoDB的数据库复制增加了 ...

  9. 【Todo】【读书笔记】机器学习-周志华

    书籍位置: /Users/baidu/Documents/Data/Interview/机器学习-数据挖掘/<机器学习_周志华.pdf> 一共442页.能不能这个周末先囫囵吞枣看完呢.哈哈 ...

随机推荐

  1. P3160 [CQOI2012]局部极小值

    题目 P3160 [CQOI2012]局部极小值 一眼就是状压,接下来就不知道了\(qwq\) 做法 我们能手玩出局部小值最多差不多是\(8,9\)个的样子,\(dp_{i,j}\)为填满\(1~i\ ...

  2. 一个例子看懂所有nodejs的官方网络demo

    今天看群里有人用AI技术写了个五子棋,正好用的socket.io,本身我自己很久没看nodejs了,再加上Tcp/IP的知识一直很弱,我就去官网看了下net.socket 发现之前以为懂的一个官方例子 ...

  3. Hadoop 2.x 之 HA 简介

    HA结构图 HA是用来解决单点故障问题 DN: DataNode,启动时会往所有的NameNode汇报 NN: NameNode(主 Active(一个)   备 Standby(可以有多个)) Jo ...

  4. J2EE 领域的一些技术框架结构图

    J2EE 领域的一些技术框架结构图       阿里百川,开启移动应用开发的新篇章 1.Spring 架构图 Spring 是一个开源 框架,是为了解决企业应用程序开发复杂性而创建的.框架的主要优势之 ...

  5. linux新增用户和删除用户

    新增用户 新增用户命令:useradd 参数: 参数 说明 -u 指定UID,也就是自定义UID -g 知道GID,也就是初始化用户组,/etc/passwd文件中的第四个字段. -G 后面接用户组的 ...

  6. TF卡

    1.我的手机 64G 2.冬冬手机 16G 3.茜茜收音机 8G(创见) 4.父 手机 8G(Kingston) 5. 6. 7.

  7. java--xml文件读取(SAX)

    SAX解析原理: 使用Handler去逐个分析遇到的每一个节点 SAX方式解析步奏: 创建xml解析需要的handler(parser.parse(file,handler)) package com ...

  8. vc6++Release和Debug

    1. 如何快速地规范代码缩进格式 选中所需要规范的代码,按shift+F8 2. 如何在Release状态下进行调试 Project->Setting=>ProjectSetting对话框 ...

  9. FEC(Forward Error Correction)前向纠错 UDP\RTP 中使用用于改善无线等网络丢包等问题--转

    FEC(Forward Error Correction)前向纠错 UDP\RTP 中使用用于改善无线等网络丢包等问题 算法暂不介绍. 思路:FEC ENCODE 增加冗余包,当无线等网络丢包之后,接 ...

  10. hdp 集群问题解决记录

    2019-04-23 14:16:21,769 WARN namenode.FSImage (EditLogFileInputStream.java:scanEditLog(359)) - Caugh ...