单细胞分析实录(17): 非负矩阵分解(NMF)代码演示
本次演示使用的数据来自2017年发表于Cell的头颈鳞癌单细胞文章:Single-Cell Transcriptomic Analysis of Primary and Metastatic Tumor Ecosystems in Head and Neck Cancer。本次演示提供处理好的测试数据,以及所有代码,一共6个脚本(我目前写得最详细的教程,也是全网少有的)。
数据的预处理就不演示了,预处理的代码存放在0.pre.R
文件中。
以下是肿瘤细胞tsne图和原图的对比,和原文一致,说明前面的数据提取及处理是没有问题的。
最终的效果图如下:
在准备好数据之后,就可以开始NMF分析了。
请移步公众号阅读~
因水平有限,有错误的地方,欢迎批评指正!
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