chromosome interaction mapping|cis- and trans-regulation|de novo|SRS|LRS|Haplotype blocks|linkage disequilibrium
Dissecting evolution and disease using comparative vertebrate genomics-The sequencing revolution
short-read sequencing (SRS) (因大规模基因组数据需要,采用Illumina paired-end,短序列)->genome assembly and long-read sequencing (LRS) (因长序列的需要)
Sequencing 和assembly两个模块相融合来获得高质量成品(可用来作为参考序列),采用两种测序方法(SRS和LRS)组合bionano(生物纳米技术)组合chromosome interaction mapping,可获得更多生物学信息。
基因组de novo测序即从头测序,指不需要任何参考基因序列信息即可对某个物种进行测序
chromosome interaction mapping:分析染色体三维组织,以了解染色体的相互作用,因为同一个染色体上的作用为顺式作用;不同染色体之间的作用为反式作用,所以以此明确顺式和反式机制)。
cis- and trans-regulation:顺式和反式作用:相对同一染色体或DNA分子而言为“顺式”(cis);对不同染色体或DNA分子而言为“反式”(trans)
因为参考基因组的出现,可以评估assembly在测序技术在多样化和组合化之后获得的增益,此评估很有价值。
因为人类基因组的获得,我们可以研究在人类基因组上的选择压力。比如,人类疾病基因组和动物基因组。
决定使用哪些附加资源对于去构建新的基因组(即该基因组独特)的研究很关键(这关系到研究的科学性)。比如,群体遗传学需要RNA序列信息(因为该信息对组蛋白标记等特征很有价值)。所以为了研究目标科学性,所以需要考虑好(需要考虑不同层次的数据,DNA,RNA,蛋白质及群体特征等)可行的特征。
Haplotype blocks:杂合不因为重组而因为连锁,其特征是linkage disequilibrium。
linkage disequilibrium:连锁不平衡:如果在研究过的群体中,A和B两个位点上的等位基因不是独立关联的,我们就说这两个位点是连锁不平衡的,即两个基因连锁。
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