bash脚本把A和B文件中有相同ID的B文件的内容输出到文件C.

Aid文件：
ID001.1
ID032.1
ID090.10

Bfilt文件：
XX XX XXX ID001.1 XXX
999999999999999999999999999999999999999
XX XX XXX ID055.1 XXX
6666666666666666666666666666666666666
XX XX XXX ID032.1 XXX
333333333333333333333333333333333333333

要得到Cnew文件：
XX XX XXX ID001.1 XXX
999999999999999999999999999999999999999
XX XX XXX ID032.1 XXX
333333333333333333333333333333333333333

awk 'NR==FNR{a[FNR]=$0} NR>FNR{for(i in a)if($0~a[i]){print;getline;print}}' Aid Bfilt >Cnew

这个十分慢；用 extractfastabyid 处理。

linux bash脚本把A和B文件中有相同ID的B文件的内容输出到文件C的更多相关文章

  1. shell编程学习笔记（七）：Shell中将指定内容输出到文件中

    我们这里把echo要打印的内容输出到文件中 以下蓝色字体部分为Linux命令,红色字体的内容为输出的内容: # cd /opt/scripts # vim script06.sh 开始编写script ...

  2. 标准IO ——将A文件fpd第3个字节之后的内容复制到文件fps

    /* *使用标准IO ——将A文件fpd第3个字节之后的内容复制到文件fps 流程: 1.创建两个流,链接目标文件和源文件 2.输入流的基准点偏移四个单位然后输入缓冲区 3.输出流读取缓冲区数据送入文 ...

  3. 将windows控制台内容输出到文件中

    将windows控制台内容输出到文件中 dir>c:/file.txt 2>&1   对应的java  class   >c:/file.txt 2>&1   ...

  4. 【翻译自mos文章】对于每个文件的 file.id and file.incarnation number，重命名文件别名

    对于每个文件的 file.id and file.incarnation number,重命名文件别名 參考原文: Rename Alias of Datafile as Per file.id an ...

  5. Linux Bash脚本编程语言中的美学与哲学

    我承认,我再一次地当了标题党.但是不可否认,这一定是一篇精华随笔.在这一篇中,我将探讨Bash脚本语言中的美学与哲学. 这不是一篇Bash脚本编程的教程,但是却能让人更加深入地了解Bash脚本编程,更 ...

  6. linux过滤旧文件中的空行和注释行剩余内容组成新文件

    一.说明 在某些场景下我们想要将旧文件中空行和注释行过滤掉,将产生实际效果的行保留. 比如redis提供的配置示例文件中有很多用于说明的空行和注释行,我们想把产生实际效果的配置行筛选出来组成新的简洁的 ...

  7. Linux Bash 脚本：自己定义延迟代码块（裸数据保存方案）

    结合 alias 和 read 使用方法.能够保存一些将要延迟执行的脚本,或者裸数据(字符串不被扩展)到一个变量中.以备后用. $ alias BEGIN='read -d "" ...

  8. Linux bash脚本及常用命令--不断更新中

    1.如何在向alias命令传递参数: 这种用法的话就需要使用函数来配合使用. 如要cd到指定目录,并且ls当前目录下的文件可以使用:  alias cdls='cdls(){ cd $1; ls; } ...

  9. 一个java文件中有几个类，编译后有几个class文件？

    在一个源文件中用class关键字定义了几个类,编译的时候就会产生几个字节码文件

随机推荐

  1. selector的理解

    对于nio这块最近几年一直就有关注,知道非阻塞,线程池,缓冲池,io的模式select,poll,epoll,甚至epoll中的et,lt. 但是最近才有时间实际看了看netty的源码,才发现原来se ...

  2. laravel 框架 开源的cms推荐

    laravel 框架写的开源的cms系统 TypiCMS系统 多语言和模块化的CMS Laravel 5.2框架 下载地址:https://github.com/TypiCMS/Base Bootst ...

  3. ACE_linux：TCP通信

    1.涉及类 ACE_INET_Addr//ACE网络地址ACE_SOCK_Acceptor//ACE网络服务器ACE_SOCK_Connector//ACE网络客户端ACE_SOCK_Stream// ...

  4. Spark Streaming揭秘 Day20 动态Batch size实现初探(上)

    Spark Streaming揭秘 Day20 动态Batch size实现初探(上) 今天开始,主要是通过对动态Batch size调整的论文的解析,来进一步了解SparkStreaming的处理机 ...

  5. 源码编译安装LNMP环境及配置基于域名访问的多虚拟主机

    实验环境及软件版本: CentOS版本: 6.6(2.6.32.-504.el6.x86_64) nginx版本: nginx-1.6.2 mysql版本:  Mysql-5.6.23 php版本: ...

  6. General Palindromic Number (进制)

    A number that will be the same when it is written forwards or backwards is known as a Palindromic Nu ...

  7. Eclipse编辑器基本设置

    1.添加行号 在边缘处右键 2.改字体 字体的一般配置 3.去掉拼写错误检查 4.Java代码风格 代码格式化 Ctrl + Shift + F 之后点击右边的New按钮,新建一个风格. 点击OK 上 ...

  8. 第2章 Git安装与设置

    2.1 安装Git 略 2.2 设置Git 通过命令git config,用户可以把此类信息提供给本地版本库. 全局变量:在这台计算机上使用任何Git版本库时,这些全局变量的值都起作用.在相关命令中加 ...

  9. TCO 2014 Round 1C 概率DP

    TCO round 1C的 250 和500 的题目都太脑残了,不说了. TCO round 1C 950 一个棋子,每次等概率的向左向右移动,然后走n步之后,期望cover的区域大小?求cover, ...

  10. MySQL查询本周、上周、本月、上个月份数据的sql代码（转）

    感谢:http://www.jb51.net/article/32277.htm ----------------------------------------------------------- ...