肿瘤数据库除了TCGA,还有TCIA--转载
TCIA就是基于TCGA数据开发的,不同的是TCIA只提供了20个癌种的免疫数据分析。
看网站首页的介绍就知道,这个数据库主要是根据TCGA的二代测序数据开发出来的。这里的20个癌种,点击每个柱子进去就可以分析对应的癌种,侧边的栏目则提供一些个性化选择。
01
Patients list模块
TCIA分别对每个病人进行分析,数据也提供下载,我们可以看到提供了ID、疾病、性别和年龄信息,我们重点关注IPS这一列的信息,IPS这一列有4个项目,有不同的属性,作者在文章中表示IPS(immunophenoscore) 可以很好的预测CTLA-4和PD-1反应性的预测因子。
02
Gene Expression模块
在左侧的选择栏里筛选病人和基因后,可对单个基因进行差异分析和生存分析,值得注意的是这些基因都是和免疫相关的基因。笔者认为TCIA的这个模块并不怎么好用,也没有做检验,作图不怎么好看,不过如果只是看一看还是可以的。生存分析模块,TCIA是根据中位表达值分组进行的分析,提供HR和p值。
03
Cell Fractions
这个模块提供不同免疫细胞比例的展示,absolute和Relative表示免疫细胞的绝对数和相对数,是CIBERSORT的不同计算方法结果,同时在table栏提供快捷的搜索。
04
Heterogeneity
TCIA对每个样本的癌症抗原和遗传特征进行了分析,包括肿瘤异质性和克隆性,以方便分析免疫特征和肿瘤的遗传特征。
05
Neoantigens
这个模块提供疾病的突变数和突变压力展示,也提供展示预测到的新抗原结果。不过笔者也想说,这种新抗原预测,因为没有办法用实验的方法证伪,所以看看就好了,用作分析还是可以的,就看你的功力深厚了。
06
Tools模块
这个模块提供一个计算功能,可计算每个样本的免疫表型分数,只要提供一个标准的表达矩阵即可,不过值得提醒的是该工具要求表达数据要求用TPM方法定量的。
好了,这个数据库就介绍到这里。总结一下,这个数据库主要还是对TCGA的数据进行二次分析,得到的一些结果也可以辅助大家分析,同时提供的IPS计算也可给大家的ngs数据分析锦上添花,如果结果理想的话。
最后祝大家课题研究顺利,如果有用到这个数据库,记得引用哦!
Charoentong, P., Finotello, F., Angelova, M., Mayer, C., Efremova, M., Rieder, D., Hackl, H., Trajanoski, Z. (2016). Pan-cancer Immunogenomic Analyses Reveal Genotype-Immunophenotype Relationships and Predictors of Response to Checkpoint Blockade. Cell Rep. 2017. 18:248-262
肿瘤数据库除了TCGA,还有TCIA--转载的更多相关文章
- sql server 本地复制订阅 实现数据库服务器 读写分离(转载)
转载地址:http://www.cnblogs.com/echosong/p/3603270.html 再前段echosong 写了一遍关于mysql 数据同步实现业务读写分离的文章,今天咱们来看下S ...
- Perl数据库DBI接口简介【转载】
本文转载自:http://blog.csdn.net/like_zhz/article/details/5441946 ######################################## ...
- SQL-.db 数据库查看常用指令(转载)
一下内容转载自http://blog.sina.com.cn/s/blog_74dfa9f401017s69.html 简介sqlite3一款主要用于嵌入式的轻量级数据库,本文旨在为熟悉sqlite3 ...
- mysql的从头到脚优化之数据库引擎的选择(转载)
一. Mysql常用的存储引擎包括Innodb和Myisam以及memory引擎,但是最常用的莫过于Innodb引擎和MyISAM引擎,下边分别做下记录和比较: 下面思考下这几个问题: 你的数据库需要 ...
- 创建DB2数据库时报错--SQL1052N 数据库路径不存在(Windows)(转载)
用DB2 v9.7新建数据库的时候,默认路径为:D:\ 把缺省路径“写的是D:\XXX(此目录存在),新建时提示如下:SQL1052N 数据库路径 "D:\XXX" 不存在.如下: ...
- php 连接mysql数据库并显示数据 实例 转载
<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN" "http://www.w3.org/ ...
- CentOS6.4/6.7下Mysql数据库的安装与配置(转载)
通过RPM方式 给centos 安装mysql 最好有光盘,呵呵,网络也可以下载rpm安装包,不过文件较大. 1 挂载光盘 mount /dev/cdrom /mnt/cdrom/mount: b ...
- 针对数据量较大的表,需要进行跨库复制,采用navcat 实现sqlite数据库跨数据库的数据表迁移 [转载]
2014年12月13日 14:36 新浪博客 (转自http://www.cnblogs.com/nmj1986/archive/2012/09/17/2688827.html) 需求: 有两个不同的 ...
- SQL SERVER数据库修改是否区分大小写(转载)
昨天去客户,发现程序无法应用,跟踪错误提示,提示的大致意思是“数据库表名和数据库字段名不存在”.查询后发现是SQL Server数据库设置了区分大小写的缘故(一般安装时,Oracle的正确安装下是默认 ...
随机推荐
- Python3学习之路~8.5 SocketServer实现多并发
前面几节我们写的socket都只能实现服务端与一个客户端通信,并不能实现服务端与多客户端同时通信.接下来我们就来学习一下如何实现服务端同时与多个客户端通信,即并发. Socket Server soc ...
- 【转】mysql保存图片技术决定:保存二进制文件还是只保存图片相对路径,图片放在硬盘上面?
最近遇到上面这个问题,一开始我就果断否决了数据库保存图片的策略,主要是太蠢!事实上我的决定是正确的,我仅仅理解为mysql读写性能提高的境界,具体为什么可以提高?很模糊,知道我看到了这里: 大佬做的实 ...
- Angular+NodeJs+MongoDB搭建前后端程序
get请求: //angular 前端get请求 this.client.get('http://localhost:3000/id/tom').subscribe(data => { cons ...
- boost中打印python中的变量
p::extract<char const *>(p::str(py_variable))
- 【Linux】Set CentOS no GUI default
[root@localhost ~]#vi /etc/inittab 重点看下面这部分代码 # 0 - halt (Do NOT set initdefault to this) ...
- PHP防CC攻击代码
PHP防CC攻击代码: empty($_SERVER['HTTP_VIA']) or exit('Access Denied'); //代理IP直接退出 session_start(); $secon ...
- UGUI血条跟随
定义常量 public class Content { //当前UI分辨率 public const float UI_Width = 1366f; public const float UI_Hei ...
- WPF线程中获取控件的值和给控件赋值
WPF中使用线程操作控件,按平常的操作方法操作的话会报异常:调用线程无法访问此对象,因为另一个线程拥有该对象.所以我们要使用Dispatcher类的BeginInvoke()与Invoke()方法.B ...
- 修改hostname
修改hostname步骤 1. 修改/etc/sysconfig/network中的hostname选项 2. 在/etc/hosts中添加hostname对应的ip地址 3.执行命令:hostnam ...
- python值json与pickle模块
#json 是用来序列化对象的 # 只有2个方法,序列化与反序列化 # 但是不能序列化类 与 函数 import json dict={"key1":[1,2,3,4,5]} f ...