MCscan-Python-jcvi 共线性画图最后一章更新
经过几轮调试和修改，共线性图终于可以上眼了。如下：
图中红色的为目标基因，蓝色的为reference species目标基因周围15个基因，天蓝色为再往外15个基因，黄色为与reference species存在的共线性，灰色为相邻物种间的共线性。
标注有物种信息，scaffold信息，并用颜色加以区分物种的不同属性。
最后一章的代码和思路更新见公众号。
接下来公众号将继续更新R画图和文献等内容。
MCscan-Python-jcvi 共线性画图最后一章更新的更多相关文章
- 生物信息-McScan（Python-jcvi）共线性画图
比较基因组学中,共线性的分析的图无疑是最漂亮的. 共线性分析可以很好地解释进化关系和多倍化事件. 本文主要介绍的是唐老师的Python版McScan(jcvi工具包),这个包很强大,但是其功能在官网的 ...
- 《python for data analysis》第九章，数据聚合与分组运算
# -*- coding:utf-8 -*-# <python for data analysis>第九章# 数据聚合与分组运算import pandas as pdimport nump ...
- python使用matplotlib画图
python使用matplotlib画图 matplotlib库是python最著名的画图库.它提供了一整套和matlab类似的命令API.十分适合交互式地进行制图. 先介绍了怎样使用matplotl ...
- 如何在Python中快速画图——使用Jupyter notebook的魔法函数（magic function)matplotlib inline
如何在Python中快速画图--使用Jupyter notebook的魔法函数(magic function)matplotlib inline 先展示一段相关的代码: #we test the ac ...
- 炼数成金数据分析课程---10、python中如何画图
炼数成金数据分析课程---10.python中如何画图 一.总结 一句话总结: 主要matplotlib库,pandas中也可以画一些基础图 大纲+实例快速学习法 1.matplotlib的最简单画图 ...
- 通过游戏学python 3.6 第一季 第九章 实例项目 猜数字游戏--核心代码--猜测次数--随机函数和屏蔽错误代码--优化代码及注释--简单账号密码登陆--账号的注册查询和密码的找回修改--锁定账号--锁定次数--菜单功能'menufile
通过游戏学python 3.6 第一季 第九章 实例项目 猜数字游戏--核心代码--猜测次数--随机函数和屏蔽错误代码--优化代码及注释--简单账号密码登陆--账号的注册查询和密码的找回修改--锁 ...
- 通过游戏学python 3.6 第一季 第二章 实例项目 猜数字游戏--核心代码--猜测次数 可复制直接使用 娱乐 可封装 函数
猜数字游戏--核心代码--猜测次数 #猜数字--核心代码--猜测次数 number=33 amount=3 count=0 while count<=amount: conversion ...
- 共线性分析-MCscan - python （jcvi）
本来是不会再写这个文档的,但是由于长时间没有用这个模块,这个模块不知道是我自己弄掉了,还是别的同学误删了,于是我重新安装一下. 首先下载conda,并下载好python which pip 直接安装 ...
- 翻译学python---《Learn Python the hard Way》---第一章 绪论
打算学习python,但是又不想单纯地看书或是写个小项目,干脆引入很流行的翻译学习法来学习吧- 在论坛上看到了国外的一本<Learn Python the hard Way> ...
随机推荐
- MonkeyRunner+Python自动化测试一
MonkeyRunner介绍 1.monkeyrunner 工具提供了一个 API,用于编写可从 Android 代码外部控制 Android 设备或模拟器的程序.使用 monkeyrunner,您可 ...
- C语言实现和 *.ini文件。
本文之前由于技术不到位,写的比较挫,最近花了大半天时间写了一个高级点的版本. 这里是我写的代码,已经上传到github了.跳转到github 主要是使用了链表保存ini文件的内容,在程序运行最初会初始 ...
- logstash-配置文件详解
kafka 将 kafka topic 中的数据读取为事件 kafka{ bootstrap_servers=> "kafka01:9092,kafka02:9092,kaf ...
- spring boot:spring security用mysql实现动态权限管理(spring boot 2.3.3)
一,动态权限管理的优点和缺点 1,优点: 因为控制权限的数据保存在了mysql或其他存储系统中, 可以动态修改权限控制,无需改动代码和重启应用, 权限变更时灵活方便 2,缺点: 权限的设置需要保存在 ...
- lvs搭建dr负载均衡集群
一,查看本地centos的版本: [root@localhost lib]# cat /etc/redhat-release CentOS Linux release 8.1.1911 (Core) ...
- 第三十五章 Linux常规练习题（二）参考答案
一.练习题一 1.删除用户基本组shanghai03.发现无法正常删除,怎样才能将其删除掉,不能删除用户. groupdel shanghai03 移除其所属组的用户 2.打开多个xshell窗口连接 ...
- 五分钟详解MySQL并发控制及事务原理
在如今互联网业务中使用范围最广的数据库无疑还是关系型数据库MySQL,之所以用"还是"这个词,是因为最近几年国内数据库领域也取得了一些长足进步,例如以TIDB.OceanBase等 ...
- 使用原生js模拟jQuery选择器，实现new方法，兼容ie5
// 考虑到兼容ie5,未使用es6语法 /* 使用方法: 在<head>标签中(需使用ready方法): <script src="./jQuery2.js"& ...
- Python基础知识点整理（详细）
Python知识点整理(详细) 输出函数 print()可以向屏幕打印内容,或者在打开指定文件后,向文件中输入内容 输入函数 input([prompt])[prompt] 为输入的提示字符.该函数返 ...
- oracle强制修改字符集
首先查看服务端字符集 select * from v$nls_parameters where parameter = 'NLS_CHARACTERSET' NLS_CHARACTERSET WE8M ...