共线性分析-MCscan - python (jcvi)
本来是不会再写这个文档的,但是由于长时间没有用这个模块,这个模块不知道是我自己弄掉了,还是别的同学误删了,于是我重新安装一下。
首先下载conda,并下载好python
which pip
直接安装
注意:
1. 请下载conda3版本,本模块由python3支持;
2. home目录和电脑C盘一样,如果home空间有限,请安装在其他目录下;
3. 将python执行路劲写进bashrc(类似Windows的注册表)
等着就行了:
其他模块自己安装就行了(Knet tools, Bedtools, EMBOSS),我这里只作图,不需要重新检查之前的是否能用。
一切准备就绪之后,这里是后续的多序列比对分析。
后期详见github和微信公众号,微信公众号会提供脚本和分析思路,从中可以学到编程的知识。
下载速度有点慢,去重新申请github号,之前的名字不好看,密码忘了,先重置密码。
重置了密码还说不对,看看密码是不是输错了,按F12
这里改成text就能看到自己密码了,确认没错。
好了,17分钟之后,安装完成;
然后继续安装拓展版本:
pip install git+git://github.com/tanghaibao/jcvi.git
安装完后,可以去我的GitHub找脚本了。
脚本都未发表,使用请标明出处,谢谢!
https://github.com/Yuan-SW-F/Syntenic
以上,
文渊
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