来源:http://blog.sina.com.cn/s/blog_670445240101nlss.html

1   背景介绍

这是一种排序方法。假设我们对N个样方有了衡量它们之间差异即距离的数据,就可以用此方法找出一个直角坐标系(最多N-1维),使N个样方表示成N个点,而使点间的欧氏距离的平方正好等于原来的差异数据。

由于样方间的差异数据可以由各种方式给出,只要对一些差异进行定量描述,如甲型,乙型,丙型等,就可以求出样方的数量坐标,实现定性到定量的转变。

主坐标方法简单、明确、效率很高。它与主分量分析一样,最后找出的坐标系不仅正交, 而且第一轴、第二轴……依次按N个点在该轴上的方差大小顺序排列,N个点对不同两个轴都不相关。所以也可用较少的维数,特别是直观的二、三维空间去排列样方,而使信息的损失最少。

它与主分量分析不同之处在于:不是先给出N个点的坐标,去找出刚性旋转的坐标;而是只知其间的距离要去重新建立各点的坐标。因此可以不限于度量(metrtic)的相似系数公式,Pernitec(1977)采用数量数据对于寒温带森林和草地进行主坐标分析,他认为非度量(non-mertic)相似系数比度量相似系数效果更佳。

2    PCoA计算步骤

1           构成差异矩阵M

2           构成离差距阵A

就求出A矩阵的元素。以后可知,它是最后求出的N个样方点坐标矩阵的离差矩阵。这里不必证明而列出A具有的三个性质:

1,  A是对称的,即aij~aji(i,j=1,2,……,N)

2,  A的行和及列和均等于0,即Ai.=A.i=0;

3,  mij2=mji2=aii+ajj-2aij( i,j=1,2,……,N).

3           求出N个样方的坐标矩阵C

因为A是NxN的对称实矩阵,所以必存在着酉矩阵(正交矩阵)U将A变换成对角矩B,即 UAU’=B,或A=U’BU。其中B的主对角线元素为λ1, λ2,……λN,分别 是A的N个依大小排 列的特征根,而U的每一行向量是相应的特征向量。

4           排列N个样方

根据C给出的N个样方的坐标值,可以在s维空间中排列样方,而不损失信息。 与主分量分析一 样 , 可以在较低K(< s)维空间中排列样方, 则保留的信息百分比为 :

3    参考资料:

1           PCoA作图:http://blog.sina.com.cn/s/blog_670445240102uw6u.html

2    http://qzongy007.blog.sohu.com/261236424.html

PCoA主坐标分析的更多相关文章

  1. PCA主成份分析

    1   背景介绍 真实的训练数据总是存在各种各样的问题: 1. 比如拿到一个汽车的样本,里面既有以“千米/每小时”度量的最大速度特征,也有“英里/小时”的最大速度特征,显然这两个特征有一个多余. 2. ...

  2. 【主成份分析】PCA推导

    ### 主成份分析(Pricipal components analysis PCA) 假设空间$R^{n}$中有m个点{$x^{1},......,x^{n}$},希望压缩,对每个$x^{i}$都有 ...

  3. uboot主Makefile分析(t配置和编译过程详解)

    1.编译uboot前需要三次make make distcleanmake x210_sd_configmake -j4 make distclean为清楚dist文件. make x210_sd_c ...

  4. uboot主Makefile分析

    VERSION = 1 PATCHLEVEL = 3 SUBLEVEL = 4 EXTRAVERSION = U_BOOT_VERSION = $(VERSION).$(PATCHLEVEL).$(S ...

  5. PIE SDK主/次要分析

    1.算法功能简介 主要分析功能是采用类似卷积滤波的方法将较大类别中的虚假像元归到该类中,首先定义一个变换核尺寸,然后用变换核中占主要地位(像元最多)类别数代替中心像元的类别数,次要分析相反,用变换核中 ...

  6. principal components analysis 主成份分析

    w http://deeplearning.stanford.edu/wiki/index.php/主成份分析 主成分分析(PCA)及其在R里的实现 - jicf的日志 - 网易博客  http:// ...

  7. uboot总结:uboot配置和启动过程1(主Makefile分析)

    说明:文件位置:在uboot的目录下,文件名为:Makefile 从文件的头部开始分析 1.24-29行,配置uboot的版本信息. VERSION = PATCHLEVEL = SUBLEVEL = ...

  8. uboot 主Makefile 分析。

    本文以uboot_1.1.6 对应的CPU是S3C2440 为例 uboot_1.1.6 根目录下的主Makefile开头: VERSION = PATCHLEVEL = SUBLEVEL = EXT ...

  9. uboot 主Makefile分析

    一. Makefile 配置 1.1. make xxx_config 1.1.1. 笔者实验时是make x210_sd_config a. x210_sd_config是Makefile下的一个目 ...

随机推荐

  1. PHP的AES加密类

    PHP的AES加密类 aes.php <?php /* - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ...

  2. github与git之间怎么建立连接

    git是一款强大的分布式版本控制系统,到底是什么意思呢?其实我也不知道,以后知道了再补上吧.下面咱们来讲一下github怎么与你电脑上的git建立起连接关系. 一.你要有一个github账号. 去百度 ...

  3. 第三方登录,一般都是遵循OAuth2.0协议。

    1. QQ登录OAuth2.0协议开发流程 1.1 开发流程 申请接入,获取appid和appkey; 开发应用,设置协作者账号,上线之前只有协作者才能进行第三方登录 放置QQ登录按钮(这个自己可以用 ...

  4. ibv_open_device()函数

    struct ibv_context *ibv_open_device(struct ibv_device *device); 描述 函数会创建一个RDMA设备相关的context:可以通过ibv_c ...

  5. bitcms内容管理系统 3.1版源码发布

    开源bitcms内容管理系统采用ASP.NET MVC5+MySql的组合开发,更适应中小型系统低成本运行. bitcms的主要功能 1.重写了APS.NET MVC的路由机制.bitcms使用路由参 ...

  6. C++ queue deque

    queue queue 队,一种先进先出的数据结构,c++ stl里也叫容器适配器,它是以deque 或list为基础的一种数据结构 queue的相关操作 queue<int deque< ...

  7. 使用AOP记录应用调用链开销

    最近系统出现了一次线上的性能问题,本来以为目前的QPS应该是不会出现任何问题的,结果微服务还是比较容易因为某个点的问题导致雪崩的...出了性能问题就要做分析,正统的思路是要不断进行压测用JProfil ...

  8. 【NOI2010】海拔【平面图最小割】

    [问题描写叙述] YT市是一个规划良好的城市,城市被东西向和南北向的主干道划分为n×n个区域.简单起见.能够将YT市看作 一个正方形,每个区域也可看作一个正方形.从而.YT城市中包含(n+1)×(n+ ...

  9. Bootstrap入门Demo——制作路径导航栏

    今天在在群里聊天的时候看到一仅仅程序猿发了一张用Bootstrap做的界面.感觉挺好看.然后去官网看了下组件.发现都挺美丽的,然后看到了路径导航栏,刚好要做这个东西,然后就下了Bootstrap的源代 ...

  10. jQuery里使用setinterval

    如果第一个参数是一个已写好的函数而不是匿名代码块,一定不要加引号,直接var ** = setinterval{myFunction ,500},只能这样,加括号会直接只调用一次,自然不行,加引号和括 ...