BMC Genomics | 综合代谢组学和转录组学分析揭示了菊花黄酮和咖啡酰奎宁酸的生物合成机制

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微生物组学数据分析工具综述 | 16S+宏基因组＋宏病毒组＋宏转录组--转载

转载:https://mp.weixin.qq.com/s/xsL9GuLs7b3nRF8VeRtinQ 建立在高通量测序基础上的微生物群落研究,当前主要有三大类:基于16S/18S/ITS等扩增子做物种分类的Metataxanomics.鸟枪法打断全基因组DNA序列的Metagenomics和基于mRNA信息的宏转录组方法Meta-transcriptomics. 16S,也即是我们通常所说的微生物多样性,是一种相对快速和经济适用的方法,但是PCR导致了偏好的产生,这就降低了注释准确度.此外,…

【讲座】朱正江——基于LC-MS的非靶向代谢组学

本次课程主题为<基于LC-MS的非靶向代谢组学>,主要分为代谢组学简介.代谢组学技术简介.非靶向代谢组学方法和数据采集.非靶向代谢组学数据分析和代谢物结构鉴定几个方面. 一.代谢组简介基因组学--What can happen:转录组学--What appears to be happening:蛋白组学--What make it happen:代谢组学--What has happened and is happening,这里代谢组反映的是整个生命体最末端的活动,比如产生能量.物质等.…

解读人：范徉，Methylome and Metabolome Analyses Reveal Adaptive Mechanisms in Geobacter sulfurreducens Grown on Different Terminal Electron Acceptors（甲基化组学和代谢组学分析发现Geobacter sulfurreducens生长在不同电子终受体中的适应机制）

发表时间: (2019年4月) IF:3.950 单位: Fujian Provincial Key Laboratory of Soil Environmental Health and Regulation, College of Resources and Environment, Fujian Agriculture and Forestry University, Fuzhou, Fujian 350002, China 物种:Geobacter sulfurreducens 技术:三…

解读人：谭亦凡，Macrophage phosphoproteome analysis reveals MINCLE-dependent and -independent mycobacterial cord factor signaling（巨噬细胞磷酸化蛋白组学分析揭示MINCLE依赖和非依赖的分支杆菌索状因子信号通路）（MCP换）

发表时间:2019年4月 IF:5.232 一. 概述: 分支杆菌索状因子TDM(trehalose-6,6’-dimycolate)能够与巨噬细胞C-型凝集素受体(CLR)MINCLE结合引起下游通路变化.本文对TDM处理的巨噬细胞磷酸化蛋白质组进行定量分析,发现了依赖于MINCLE的信号通路和MINCLE非依赖的信号通路,两种信号通路具有不同的生物功能. 二. 研究背景:(简要介绍研究进展动态.研究目的和意义) 巨噬细胞对分支杆菌的识别依赖于TLR.CLR以及分支杆菌核酸.TDM是细胞壁主要…

Spanve：一种检测大规模空间转录组学数据中空间变异基因的有效统计方法

文章题目 Spanve: an Effective Statistical Method to Detect Spatially Variable Genes in Large-scale Spatial Transcriptomics Data 中文名: Spanve:一种检测大规模空间转录组学数据中空间变异基因的有效统计方法文章地址: https://doi.org/10.1101/2023.02.08.527623 本文主旨提出了Spanve(空间邻域可变表达基因),这是一种基于统计的…

Journal of Proteomics Research | Th-MYCN转基因小鼠的定量蛋白质学分析揭示了Aurora Kinase抑制剂改变代谢途径和增强ACADM以抑制神经母细胞瘤的进展

题目:Quantitative Proteomics of Th-MYCN Transgenic Mice Reveals Aurora Kinase Inhibitor Altered Metabolic Pathways and Enhanced ACADM To Suppress Neuroblastoma Progression 期刊:Journal of Proteome Research 发表时间:September 27, 2019 DOI:10.1021/acs.jproteom…