生信其实很简单,就是用别人的工具调参就行了.生信也很折腾,哪一步都可能遇到问题,随时让你疯掉(老辩证法了~).但是,你遇到的问题大部分人也都经历过.这时,检索技能就显得很重要了.平时Biostar和StackOverflow之类的网站肯定要经常光顾的. 另外,Researchgate论坛上有一些整理的比较好的topic,比如GWAS.如果你是新手,那么里面很多问答能解决你的大部分疑惑. GWAS - Science topic…

Spark相关知识点 1.Spark基础知识 1.Spark是什么? UCBerkeley AMPlab所开源的类HadoopMapReduce的通用的并行计算框架 dfsSpark基于mapreduce算法实现的分布式计算,拥有HadoopMapReduce所具有的优点:但不同于MapReduce的是Job中间输出和结果可以保存在内存中,从而不再需要读写HDFS,因此Spark能更好地适用于数据挖掘与机器学习等需要迭代的map reduce的算法. 2.Spark与Hadoop的对比(Spar…

1.Spark是什么? UCBerkeley AMPlab所开源的类HadoopMapReduce的通用的并行计算框架. dfsSpark基于mapreduce算法实现的分布式计算,拥有HadoopMapReduce所具有的优点;但不同于MapReduce的是Job中间输出和结果可以保存在内存中,从而不再需要读写HDFS,因此Spark能更好地适用于数据挖掘与机器学习等需要迭代的map reduce的算法. 2.Spark与Hadoop的对比(Spark的优势) 1.Spark的中间数据放到内存…

文件读写 一.文件打开 传统方法 >>> f = open('data.txt', 'w') # Make a new file in output mode ('w' is write) >>> f.write('Hello\n') # Write strings of characters to it 6 >>> f.write('world\n') # Return number of items written in Python 3.X 6…

原文:http://www.36dsj.com/archives/61155 一. Spark基础知识 1.Spark是什么? UCBerkeley AMPlab所开源的类HadoopMapReduce的通用的并行计算框架 dfsSpark基于mapreduce算法实现的分布式计算,拥有HadoopMapReduce所具有的优点;但不同于MapReduce的是Job中间输出和结果可以保存在内存中,从而不再需要读写HDFS,因此Spark能更好地适用于数据挖掘与机器学习等需要迭代的map redu…

1.Spark是什么? UCBerkeley AMPlab所开源的类HadoopMapReduce的通用的并行计算框架. dfsSpark基于mapreduce算法实现的分布式计算,拥有HadoopMapReduce所具有的优点;但不同于MapReduce的是Job中间输出和结果可以保存在内存中,从而不再需要读写HDFS,因此Spark能更好地适用于数据挖掘与机器学习等需要迭代的map reduce的算法. 2.Spark与Hadoop的对比(Spark的优势) 1.Spark的中间数据放到内存…

Elasticsearch是什么? Elasticsearch简称ES,是一个基于Lucene构建的开源.分布式.Restful接口的全文搜索引擎,还是一个分布式文档数据库.天生就是分布式.高可用.可扩展的,可以在很短的时间内存储.搜索和分析大量的数据. 什么是全文搜索? 全文搜索也叫全文检索,是指扫描文章中的每一个词,对每一个词进建立一个索引,指明该词在文章中出现的次数和位置,当前端用户输入的关键词发起查询请求后,搜索引擎就会根据事先建立的索引进行查找,并将查询的结果响应给用户. 这里有两个关…

调优概述# 几乎在很多场景,MapRdeuce或者说分布式架构,都会在IO受限,硬盘或者网络读取数据遇到瓶颈.处理数据瓶颈CPU受限.大量的硬盘读写数据是海量数据分析常见情况. IO受限例子: 索引 分组 数据倒入导出 数据移动和转换   CPU受限例子: 聚类/分类 复杂的文本挖掘 特征提取 用户画像 自然语言处理   我们需要从硬件规划和软件规划等多方面结合实现性能和效率的提升. 硬件规划# 评估集群规模# 我们需要搭建多少节点的hadoop集群?回答这个问题考虑的因素比较多:预算?数据量?…

郑州 Python程序员 河南三融云合信息技术有限公司 6-8k·12薪 7个工作日内反馈 郑州 1个月前 本科及以上2年以上语言不限年龄不限 微信扫码分享 收藏 Python程序员 河南三融云合信息技术有限公司 6-8k·12薪 带薪年假 节日礼物 管理规范 应聘职位 带薪年假节日礼物管理规范五险一金全勤奖 职位描述: 职责描述: 1.负责服务器管理软件项目开发: 2.负责相关python接口层开发: 任职要求: 1.本科以上学历,计算机相关专业优先考虑: 2.对计算机行业有浓厚的兴趣,热爱程…

Elasticsearch简介 Elasticsearch是什么? Elaticsearch简称为ES,是一个开源的可扩展的分布式的全文检索引擎,它可以近乎实时的存储.检索数据.本身扩展性很好,可扩展到上百台服务器,处理PB级别的数据.ES使用Java开发并使用Lucene作为其核心来实现索引和搜索的功能,但是它通过简单的RestfulAPI和javaAPI来隐藏Lucene的复杂性,从而让全文搜索变得简单. 起源:Shay Banon.2004年失业,陪老婆去伦敦学习厨师.失业在家帮老婆写一个…

性能相关的数据指标 通过Redis-cli命令行界面访问到Redis服务器,然后使用info命令获取所有与Redis服务相关的信息.通过这些信息来分析文章后面提到的一些性能指标. info命令输出的数据可分为10个类别,分别是: server clients memory persistence stats replication cpu commandstats cluster keyspace 这篇主要介绍比较重要的2部分性能指标memory和stats. 需要注意的是info命令返回的信息…

c#类的定义规范 字段与属性的比较: 字段: 字段主要是为类的内部做数据交换交互使用,字段一般是private 字段可以赋值,也可以取值 当字段需要为外部数据提供数据的时候,请将字段封装为属性,而不是使用公有字段,这是面向对象所提倡的. 属性: 属性一般是向外提供数据,主要用来描述对象的静态特征,所以,属性一般是public的. 属性可以根据需要设置为只读,只写,提高数据的安全性 自动属性: 属性编写新语法(自动属性:.NET3.0及其后续版本) private double height;//…

常见聚合方法 方法 说明 count 计数 describe 给出各列的常用统计量 min,max 最大最小值 argmin,argmax 最大最小值的索引位置(整数) idxmin,idxmax 最大最小值的索引值 quantile 计算样本分位数 sum,mean 对列求和,均值 mediam 中位数 mad 根据平均值计算平均绝对离差 var,std 方差,标准差 skew 偏度(三阶矩) Kurt 峰度(四阶矩) cumsum 累积和 Cummins,cummax 累计组大致和累计最小值…

在NumPy中,所有的标准三角函数如sin.cos.tan等均有对应的通用函数. 一.利萨茹曲线 (Lissajous curve)利萨茹曲线是一种很有趣的使用三角函数的方式(示波器上显示出利萨茹曲线).利萨茹曲线由以下参数方程定义: x = A sin(at + n/2) y = B sin(bt)利萨茹曲线的参数包括 A . B . a 和 b .为简单起见,我们令 A 和 B 均为1,设置的参数为 a=9 , b=8 import numpy as np import matplotlib…

matplotlib API入门 使用matplotlib的办法最常用的方式是pylab的ipython,pylab模式还会向ipython引入一大堆模块和函数提供一种更接近与matlab的界面,matplotlib API函数位于matplotlib.pyplot模块中,其通常的引入约定是:import matplot.pyplot as plt 1.Figure和Subplot matplotlib的图像都位于Figure对象中,你可以用plt.figure创建一个新的Figure,不能通过…

NumPy(Numerical Python的简称)是Python数值计算最重要的基础包.大多数提供科学计算的包都是用NumPy的数组作为构建基础. NumPy的部分功能如下: ndarray,一个具有矢量算术运算和复杂广播能力的快速且节省空间的多维数组. 用于对整组数据进行快速运算的标准数学函数(无需编写循环). 用于读写磁盘数据的工具以及用于操作内存映射文件的工具. 线性代数.随机数生成以及傅里叶变换功能. 用于集成由C.C++.Fortran等语言编写的代码的A C API. 由于NumP…

本章讨论Python的内置功能,这些功能本书会用到很多.虽然扩展库,比如pandas和Numpy,使处理大数据集很方便,但它们是和Python的内置数据处理工具一同使用的. 我们会从Python最基础的数据结构开始:元组.列表.字典和集合.然后会讨论创建你自己的.可重复使用的Python函数.最后,会学习Python的文件对象,以及如何与本地硬盘交互. 3.1 数据结构和序列 Python的数据结构简单而强大.通晓它们才能成为熟练的Python程序员. 元组 元组是一个固定长度,不可改变的Pyt…

现在GWAS已经属于比较古老的技术了,主要是碰到严重的瓶颈了,单纯的snp与表现的关联已经不够,需要具体的生物学解释,这些snp是如何具体导致疾病的发生的. 而且,大多数病找到的都不是个别显著的snp,大多数都找到了很多的snp,而且snp都落在非编码区了,这就导致对这些snp的解读非常的困难. 目前,已经有非常傻瓜式的GWAS pipeline了,比如:A tutorial on conducting genome‐wide association studies: Quality contr…

NumPy(Numerical Python的简称)是Python数值计算最重要的基础包.大多数提供科学计算的包都是用NumPy的数组作为构建基础. NumPy的部分功能如下: ndarray,一个具有矢量算术运算和复杂广播能力的快速且节省空间的多维数组. 用于对整组数据进行快速运算的标准数学函数(无需编写循环). 用于读写磁盘数据的工具以及用于操作内存映射文件的工具. 线性代数.随机数生成以及傅里叶变换功能. 用于集成由C.C++.Fortran等语言编写的代码的A C API. 由于NumP…

NumPy(Numerical Python的简称)是Python数值计算最重要的基础包.大多数提供科学计算的包都是用NumPy的数组作为构建基础. NumPy的部分功能如下: ndarray,一个具有矢量算术运算和复杂广播能力的快速且节省空间的多维数组. 用于对整组数据进行快速运算的标准数学函数(无需编写循环). 用于读写磁盘数据的工具以及用于操作内存映射文件的工具. 线性代数.随机数生成以及傅里叶变换功能. 用于集成由C.C++.Fortran等语言编写的代码的A C API. 由于NumP…

我们会从Python最基础的数据结构开始:元组.列表.字典和集合.然后会讨论创建你自己的.可重复使用的Python函数.最后,会学习Python的文件对象,以及如何与本地硬盘交互. 3.1 数据结构和序列 Python的数据结构简单而强大.通晓它们才能成为熟练的Python程序员. 元组 元组是一个固定长度,不可改变的Python序列对象.创建元组的最简单方式,是用逗号分隔一列值: Python的数据结构简单而强大.通晓它们才能成为熟练的Python程序员. 元组 元组是一个固定长度,不可改变的…

  数据不完整在数据分析的过程中很常见. pandas使用浮点值NaN表示浮点和非浮点数组里的缺失数据. pandas使用isnull()和notnull()函数来判断缺失情况. 对于缺失数据一般处理方法为滤掉或者填充. 滤除缺失数据   对于一个Series,dropna()函数返回一个包含非空数据和索引值的Series,例如: 对于DataFrame,dropna()函数同样会丢掉所有含有空元素的数据,例如:   但是可以指定how='all',这表示只有行里的数据全部为空时才丢弃,例如:…

  一.IPython 简介 IPython 是一个交互式的 Python 解释器,而且它更加高效. 它和大多传统工作模式(编辑 -> 编译 -> 运行)不同的是, 它采用的工作模式是:执行 -> 探索 ,而大部分和数据分析相关的代码都含有探索式操作(比如试误法和迭代法),所以 IPython 能大大提高编码效率. IPython 发展到现在,它不仅仅只是一个加强版的 Python shell 了, 它集成了 GUI 控制台,这可以让你直接进行绘图操作:它还有一个基于 Web 的交互式笔…

1. 引言 Pandas是一个开源的Python数据分析库.Pandas把结构化数据分为了三类: Series,1维序列,可视作为没有column名的.只有一个column的DataFrame: DataFrame,同Spark SQL中的DataFrame一样,其概念来自于R语言,为多column并schema化的2维结构化数据,可视作为Series的容器(container): Panel,为3维的结构化数据,可视作为DataFrame的容器: DataFrame较为常见,因此本文主要讨论内…

声明:本篇博文根据http://www.ctocio.com/hotnews/15919.html整理,原作者张萌,尊重原创. 机器学习无疑是当前数据分析领域的一个热点内容.很多人在平时的工作中都或多或少会用到机器学习的算法.本文为您总结一下常见的机器学习算法,以供您在工作和学习中参考. 机器学习的算法很多.很多时候困惑人们都是,很多算法是一类算法,而有些算法又是从其他算法中延伸出来的.这里,我们从两个方面来给大家介绍,第一个方面是学习的方式,第二个方面是算法的分类. 博主在原创基础上加入了遗传…

HTTP状态码 当浏览者访问一个网页时,浏览者的浏览器会向网页所在服务器发出请求.当浏览器接收并显示网页前,此网页所在的服务器会返回一个包含HTTP状态码的信息头(server header)用以响应浏览器的请求. HTTP状态码的英文为 HTTP Status Code 下面是常见的HTTP状态码: 200 - 请求成功 301 - 资源(网页等)被永久转移到其它URL 404 - 请求的资源(网页等)不存在 500 - 内部服务器错误 HTTP状态码分类 HTTP状态码由三个十进制数字组成,…

http://www.cnblogs.com/batteryhp/p/5046450.html 对数据进行分组并对各组应用一个函数,是数据分析的重要环节.数据准备好之后,通常的任务就是计算分组统计或生成透视表.groupby函数能高效处理数据,对数据进行切片.切块.摘要等操作.可以看出这跟SQL关系密切,但是可用的函数有很多.在本章中,可以学到: 根据一个或多个键(可以是函数.数组或DataFrame列名)拆分pandas对象 计算分组摘要统计,如计数.平均值.标准差.,或自定义函数 对Data…

http://www.cnblogs.com/batteryhp/p/5000104.html 第四章 Numpy基础:数组和矢量计算 第一部分:numpy的ndarray:一种多维数组对象 实话说,用numpy的主要目的在于应用矢量化运算.Numpy并没有多么高级的数据分析功能,理解Numpy和面向数组的计算能有助于理解后面的pandas.按照课本的说法,作者关心的功能主要集中于: 用于数据整理和清理.子集构造和过滤.转换等快速的矢量化运算 常用的数组解法,如排序.唯一化.集合运算等 高效的描…

多元分析的主要思想之一就是降维,我们已经讲过了很多降维的方法,例如因子分析.主成分分析,多维尺度分析等,还有一种重要的降维方法,就是聚类分析. 聚类分析实质上就是按照距离远近将数据分成若干个类别,使得类别内的差异尽可能小,类别间的差异尽可能大,它也是一种描述统计方法,并没有涉及假设检验. 由于聚类是根据数据间的距离来进行分类的,因此如何定义距离就成为聚类分析首先要确定的内容,统计学中定义距离的方法有几十种,最常用的是欧氏距离. 聚类的方法体系主要有三种1.非层次聚类代表方法有K-均值聚类法,基本…

常见http status code 常见的状态码: HTTP: Status200– 服务器成功返回网页 HTTP: Status404– 请求的网页不存在 HTTP: Status503– 服务不可用 ———————————————————————————————— HTTP: Status 1xx(临时响应) ->表示临时响应并需要请求者继续执行操作的状态代码. 详细代码及说明: HTTP: Status 100(继续) -> 请求者应当继续提出请求. 服务器返回此代码表示已收到请求的第…