1.qsub.sh for i in `ls`;do if [ -d $i ];then cd $i if [ -f *.sh ];then qsub -cwd -pe smp -q asm.q,all.q *sh fi cd .. fi done 2.…

参考: Oracle Grid Engine qsub命令 SGE - qsub使用范例 SGE作业基本用法 qsub是最为稳定的底层任务投递系统,就是把一个脚本投递到集群的计算节点上运行. 注意,只有登录节点才有资格投递任务,计算节点没有权限投递任务,只能执行,所以千万不要在投递的脚本内嵌套投递,会报错的. 下面是我最为常用的投递命令: qsub -cwd -l vf=5g -P 任务单元 -q 队列名 先逐条解释: -cwd: 就是 current working directory,从当前…

cd /xxx/genome_stat/Annotation ln -s /xxx/02.annotation/gff_v2/*.homolog.v2.gff /xxx/genome_stat/Annotation ls *.gff | while read l;do echo "perl /xxx/02.annotation/build_pipeline/bin/stat_gff.pl $l" > $l.sh;done ls *.sh | while read l;do qsu…

How to install PBS Pro using the configure script. . Install the prerequisite packages for building PBS Pro. For CentOS systems you should run the following command as root: yum install -y gcc make rpm-build libtool hwloc-devel \ libX11-devel libXt-d…

三代纠错的重要性不言而喻,三代的核心优势就是长,唯一的缺点就是错误率高,但好就好在错误是随机分布的,可以通过算法解决,这也就是为什么现在有这么多针对三代开发的纠错工具. 纠错和组装是分不开的,纠错就是为了组装,单纯的为了纠错而纠错是没有意义的. 目前的算法大致可以分为三种:1.三代数据自纠:2.二代对三代纠:3.二代三代混合纠错. 目前已有的三代纠错程序: PacBioToCA 自纠(falcon也是用MHAP,SMRT的HGAP使用的是另一种速度慢的自纠算法,自纠的核心是多重序列比对) CCS…

不少同学抱怨,在集群的GPU节点上运行caffe程序时,经常出现"Out of Memory"的情况.实际上,如果我们在提交caffe程序到某个GPU节点的同时,指定该节点某个比较空闲的gpu id,便可以避免"Out of Memory"的情况.步骤如下: 1. 在提交任务前,制作一个带有“nvidia-smi”命令的run_gpu.sh文件 #!/bin/bash #$ -V #$ -cwd #$ -j y #$ -S /bin/bash nvidia-smi…

R 是一个比较不错但是有时候操蛋的语言,不错是因为用着爽的时候真的很爽,操蛋是因为这种爽不是什么时候都可以的,比如说在cluster上批处理跑R脚本. 当然说这话有些在上面跑过的各种不服气,你丫傻逼吧这么简单都不会,呵呵,别急,我今天就是来看看怎么在cluster上提交R脚本的. R有几种命令行处理模式,典型的是 R COMMAND BATCH "--args arg1 arg2.." *.r *.out R --vanilla --args arg1 arg2 ... <*.r…

目录 . Linux文件系统简介 . 通用文件模型 . VFS相关数据结构 . 处理VFS对象 . 标准函数 1. Linux文件系统简介 Linux系统由数以万计的文件组成,其数据存储在硬盘或者其他块设备(例如ZIP驱动.软驱.光盘等).存储使用了层次式文件系统,文件系统使用目录结构组织存储的数据,并将其他元信息(例如所有者.访问权限等)与实际数据关联起来,其中采用了各种方法来永久存储所需的结构和数据Linux支持许多不同的文件系统 . Ext2 . Ext3 . ReiserFS . XFS…

shell========================== echo 1 > /proc/sys/vm/drop_caches 清理内存 free -m du -h --max-depth=1  folder awk '$0 ~ ">hsa" { print $0; getline str; print str; } ' 20150417.fa 只取文件名: ll *tsv | sed 's/.*://g' | sed 's/.* //g' R: letters[1:2…

系统环境: rhel6 x86_64 iptables and selinux disabled 主机: 192.168.122.121 server21.example.com 计算节点 192.168.122.173 server73.example.com 计算节点 192.168.122.135 server35.example.com 调度节点(注:时间需同步) 所需的包:icpi-64 torque-4.1.2.tar.gz 相关网址:http://www.clusterresour…