picard对bwa生成的sam文件进行reorder时,报错如下: Getting Help Exception in thread "main" htsjdk.samtools. SAM Format Exception: Error parsing text SAM file. MAPQ should be 0 for unmapped read.; File B2.sam; Line 18676 Line: ST-E00126:284:H37TJALXX:8:1101:4158…

/home/yueyao/bio/anaconda2/bin/java -jar /home/yueyao/bio/anaconda2/share/picard-2.14.1-0/picard.jar MarkDuplicates I=/home/yueyao/11.BSA/outdir/04.preresult/L-pool/A10/L-pool.A10.sort.rg.bam O=/home/yueyao/11.BSA/outdir/04.preresult/L-pool/A10/L-poo…

运行一下程序时出现“java.lang.AssertionError: SAM dictionaries are not the same”报错 java -jar picard.jar SortVcf \ I=1000G_phase1.indels.hg19.sites.vcf \ O=1000G_phase1.indels.hg19.sites.sorted.vcf \ SEQUENCE_DICTIONARY=hg19.dict 说明要先更新hg19.dict,在做上步之前,先运行如下命令:…

在运行如下程序时出现“Exception in thread "main" java.lang.OutOfMemoryError: Java heap space”报错: java -jar picard.jar SortVcf \ I=hg19.sites.vcf \ O=hg19.sites.sorted.vcf \ SEQUENCE_DICTIONARY=hg19.dict 出现这种报错说明内存不足.因此我们可以加上“-Xmx”参数 java -Xmx60g -jar picar…

在Windows 7 SP1 电脑上执行Cake的的例子 http://cakebuild.net/docs/tutorials/getting-started ,运行./Build.ps1 报下面的错误 PS D:\Workshop\GitHub\cakebuildexample> ./build.ps1 -Target Default Preparing to run build script... Join-Path : 无法将参数绑定到参数"Path",因为该参数是空值.…

调试环境:VS2015 数据库Mysql  WIN10 在调试过程中出现类似下两图的同学们,注意啦. 其实也是在学习的过程中遇到这个问题的,找了很多资料都没有正面的解决添加控制器的时候报错的问题,还是在后来看到了问题所在,其实是在创建页面之前先创建控制器是不行的除非是空的时候,其实遇到这种问题直接在Views文件夹下新建(例如我的实例中是)'Employee',然后在这个文件夹下创建Index,然后再去重新创建对应的控制器就可以成功了.…

刚才在写验证码的时候,发现报错,然后排查分析了一下,原来是所用的php版本(PHP/5.3.13)没有开启此扩展功能. 进入php.ini 找到extension=php_gd2.dll ,将其前面的 ‘;’ 去掉即可.…

环境:RHEL6.5 使用scp命令报错: [root@oradb23 media]# scp /etc/hosts oradb24:/etc/ -bash: scp: command not found 查看openssh相关包: [root@oradb23 ~]# rpm -qa openssh* openssh-5.3p1-94.el6.x86_64 openssh-server-5.3p1-94.el6.x86_64 发现服务器默认没有安装openssh的客户端. yum 安装opens…

1.在程序最前面加: #define _CRT_SECURE_NO_DEPRECATE 2.在程序最前面加: #pragma warning(disable:4996) 3.把scanf改为scanf_s: 4.无需在程序最前面加那行代码,只需在新建项目时取消勾选"SDL检查"即可: 5.若项目已建立好,在项目属性里关闭SDL也行:我用的VS是中文版的 (1).我将"是"改为"否",编译同样的代码时出现了如下的警告,不是报错: (2).如果不改,…

Nuget官网下载Nuget项目包的命令地址:https://www.nuget.org/packages 今天就遇到一个比较奇葩的问题,折腾了很久终于搞定了: 问题是这样的:我的解决方案原本是好好的,但是其他朋友加个一个项目,我获取最新后,编译始终报错,说是这个项目缺少Nuget包引用,可是我在编译时明明已经还原了该项目引用的nuget包,同时也手动就行了nuget的包还原都不行,百思不得其解.报错如下: 报错信息说是:本计算机上面缺少此项目Seagull2.YuanXin.WebApi引用的…